在講具體的病機之前，先來複習一下小腸的生理功能。
小腸者，受盛之官，化物出焉，主分清別濁，水液之清者往前滲入膀胱，濁者則向後直入大腸。小腸與心相表裡，心為五臟六腑之大主，君主之官，所以不能直接受邪，小腸則承擔一部分代心受邪的任務。小腸為火腑，所以其病也以火熱實證為主。最常見的病機就是小腸熱盛，也可以見到小腸虛寒。
所謂小腸實熱，就是指熱結小腸而引起泌別清濁功能失常的病理變化。小腸的實熱通常來自心經或者胃腑。因為心與小腸相表裡，所以心火亢盛的時候，火邪可以循經下移於小腸，使小腸代心以受邪氣，這也是邪氣有所出路的一個方式。
小腸受心經之熱以後，不能正常地泌別清濁，則水液代謝失常，表現為小便赤澀、疼痛，甚至尿血。同時在上的心火亦未完全消失，所以還有心火上炎的表現，比如心煩，口舌糜爛，失眠等。這種心與小腸同時出現的火熱擾動在導赤散的方歌裡就說得非常清楚：「口糜淋痛兩經火，清熱通淋有奇功。」所以可以用清熱通淋的方法來治療它。
如果是小腸陽氣不足，失於化物，就會表現為小腸虛寒。小腸虛寒證與脾胃中焦的虛寒有關。其病因也非常類似，只是病位有所不同而已。所以症狀表現也就有所區別。小腸虛寒也會有腹痛，但是就以少腹和小腹隱痛或冷痛為主，也是喜溫喜按，也會有腸鳴洩瀉，甚至是下利清谷。
接下來看看大腸的基本病機。
大腸的主要功能是傳導糟粕。當然，這些糟粕也是在大腸裡最終成形的，這就是「大腸者，傳導之官，變化出焉」。大腸還與肺相表裡，是肺主通調水道功能的重要協助者。大腸氣機通降也是六腑氣機通降的最後體現。畢竟只要大腸不通暢，其它六腑氣機再通降，也有限。所以大腸的功能對六腑乃至對五臟都非常重要。所以《內經》中說「魄門亦為五臟使」，魄門就是大腸的下口。而大腸的各種異常，也都最終表現為大便的異常，或者是洩瀉，或者是便秘。
如果寒溼水飲留於大腸，或者脾腎陽虛，大腸失溫，就可能引起大腸寒溼，或大腸虛寒證，表現洩瀉，寒溼者瀉出清稀，兼見腹中隱痛喜暖。虛寒則易下利清谷，或者是五更作瀉，甚至滑脫不禁。若陰寒內盛者，還可以有四肢不溫，畏寒喜暖等全身的寒證表現。
更常見的大腸病機是由於飲食不潔，溼熱下迫而引起的大腸溼熱證。其典型表現就表現為洩瀉，甚至洩痢，大便出而臭穢。大便當然都是臭的，但是這種病人的大便特別臭，還有肛門灼熱感，裡急後重感，總覺得有大便，還沒解乾淨。甚至是下利膿血，嚴重的還會有全身的發熱症狀。
如果是燥熱盛而無溼邪，或者是大腸津液已傷，就會形成大腸液虧的病機。大腸中的津液不足，就不能濡潤腸道，大便就燥結難出，而表現為便秘。前面說過小腸有泌別清濁的功能，把水液中濁的一部分直接下傳大腸以濡潤之，如果小腸失於泌別清濁，把本來應該到大腸的這部分水液也送到膀胱，大腸也會津虧而結，導致便秘。這種情況下，最直接的病機當然是在大腸，但小腸是更重要的環節。小腸的功能失調是由脾主升清的功能失調引起，是脾不能約束水液正常運行的結果，所以被稱為脾約證。這個證就涉及到脾、小腸、大腸三個臟腑。可見在臨床上，多數疾病都不是只病在一髒一腑，而是複合的，變動的。這也是看病的難點所在。當然學習的時候，還是只能一個一個地學，然後再試著把他們排列組合，最後融會貫通。這是恰好講到這兒，舉個例子。
再看膀胱的基本病機。膀胱是藏津液，出氣化的腑，它的藏津液出氣化的功能，最終是靠正常排尿體現出來的。所以膀胱最基本的病機就是膀胱氣化不利，而引起膀胱氣化不利的最常見原因就是溼熱。膀胱的溼熱，主要來源有兩個方面，可以從上、下兩個方向來說。在上，是中焦脾胃的溼熱下移而來；在下，則是外感的溼熱毒邪直接由下竅而入。溼熱留於膀胱，就會影響膀胱的氣化功能，膀胱氣化不利就會出現尿頻、尿急、尿痛、排尿困難等幾乎所有的排尿異常。
溼熱之外，腎陽蒸騰無力或者脾氣清氣不升，或是肺熱灼傷津液，都會引起膀胱氣化功能異常。大體來說，熱者，如肺熱症則以淋痛為主；寒者，如脾腎的虧虛，則以排尿困難或失禁、遺尿為主要表現。
最後一個腑是三焦。「三焦者，決瀆之官，水道出焉」，具有主氣化，通行元氣、水液的功能。所以三焦的病機主要表現在氣化異常。但氣化異常總是要通過具體臟腑表現出來。所以臨床運用時，往往把三焦病機都歸結到具體臟腑上。比如在上焦則病在心肺，中焦則病在脾胃，下焦則病在肝腎，比較少單獨講三焦的某個病機。這也與在實際臨床中把三焦演變成了部位概念有關。雖然並不準確，但因為臨床上用起很順手，大家也就這麼接受了。對於實際使用基本沒有影響。
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