2008年12月29日，臺北地方法院再度重新審理陳水扁洗錢案羈押案。特偵組主任檢察官兼發言人陳雲南（左）上班途中依然一套短袖標準衣裝，準時出現辦公室前，有「粉絲」追逐拍照留念。（視覺中國/圖）
「民進黨一上來就積極要把特偵組廢掉，民眾的感受是怎麼樣？你（民進黨）是不是有什麼非分之想？」
「其實沒有任何證據可以證明，特偵組有藍營、綠營的勢力介入，但人們永遠會猜測。」
「一根會打人的鞭子，揮向敵營的時候你當然覺得打得好，但回過來打到你身上你會不會痛？你的痛和對方是一樣的。」
2016年11月18日，臺灣地區立法機構三讀通過法院組織有關規定的修改，決議刪除有關特偵組的條款。從2017年1月1日起，成立九年多的臺灣「最高法院檢察署特別偵查組」將會成為歷史。
「表決時民進黨全部贊成廢掉（特偵組），國民黨全部反對。」國民黨籍民意代表林德福告訴南方周末記者。如林所言，投票當天，十餘名穿著統一黑色T恤的代表高舉紅底白字「反對」牌，頗有節律地高呼「反對」。兩三米之隔，幾名穿著西服套裝的代表，則手持白底黑字的「贊成」標牌。
據媒體公開報導，本屆立法機構的113個席位中，民進黨獲68席，國民黨僅獲35席。而當天出席會議的89名代表中，66人投票贊成，23人反對。
在綠營執政時孕育、誕生，又在綠營執政時消亡，特偵組的歷程就像一出反轉劇，可謂成也蕭何敗也蕭何。由於其偵辦高官貪瀆案件的特質，它註定要被各方政治勢力裹挾，無法改變，難以自拔。
「一根會打人的鞭子，揮向敵營的時候你當然覺得打得好，但回過來打到你身上你會不會痛？你的痛和對方是一樣的。」一名臺灣法治觀察人士表示，到最後兩個敵對陣營一起恨這根鞭子，這根鞭子就是特偵組。
從查黑中心到特偵組在臺灣政治大學社會科學學院院長江明修看來，特偵組的前身——「臺灣高等法院檢察署查緝黑金行動中心」（下稱「查黑中心」）更像陳水扁的形象工程。
2000年5月，臺灣政壇首次實現政黨輪替，民進黨籍的陳水扁當選領導人。江明修認為，「當時老百姓對民進黨的期待就是要矯治國民黨的貪腐」。期待之下，陳水扁的選擇是掃除黑金政治，尤其是查緝前執政者國民黨高官的黑金犯罪。為達成選前承諾，陳就任一個月後，行政機構便核定通過掃黑行動方案；不到兩個月，查黑中心便在高檢署成立。此外，臺北、板橋、臺中、臺南、高雄的地方法院檢察署內，還設置了「檢肅黑金專組」。
查黑中心存在期間，確實查辦了一批高官貪瀆大案，前教育主管部門負責人楊朝祥、行政機構前秘書長張有惠、民意代表何智輝、前財政主管部門負責人李庸三等人，均曾遭到偵查、公訴。用查黑中心檢察官沈明倫的話說，「偵辦重大黑金案件，對抗的不是政府高官、『民代』、財團，就是黑道勢力。即使有『檢察長&rs