艾灸時會產生大量的煙霧，人群中的確存在對艾煙過敏的情況。這是因為艾葉在燃燒時除了排放佔多數的有益成分外，還會排放出有一定不良反應的成分。艾煙及揮髮油中含有的一些成分，如α-側柏酮對神經系統有不良反應，大量服用會引起癲癇樣驚厥。艾燃燒過程中產生焦油、苯甲醛、苯酚、2,4-二甲基苯酚和綠花白千層醇等芳香烴物質，有可能對人體產生不利的影響。
大家可能最關心的是，既然艾煙中含有對人體不利的物質那我還敢艾灸嗎？
艾灸的時候一定要保障空氣通暢，有條件的家庭可以配備專用的吸菸或空氣淨化設備，也可以到廚房開著油煙機艾灸，如果室內的艾煙嗆得眼睛藍瘦香菇或呼吸困難，這就提醒煙霧嚴重超標了，然後自己想辦法解決吧！建議可以開窗通風，保持室內空氣的流通，平時多喝水，適當鍛鍊。
嚴格來說艾灸存在一定副作用，部分人群可對艾灸煙味產生不適，從而出現喉頭水腫；部分患者艾灸治療後，全身可出現瘙癢、起紅斑的表現，此為對艾草過敏症狀，與體內溼氣較重有關。當患者選擇的艾草質量不佳，也可導致副作用。因此，若需進行艾草治療，在選擇艾草時，需選用優質艾草，配合治療時間得當，且手法到位，一般副作用較少。
艾灸產生於中國遠古時代，因為它的作用機理和針療有相近之處，並且與針療有相輔相成的治療作用，通常針、灸並用，故稱為針灸。針灸治病在國內外有著深遠的影響，但現代人說針灸，多數時候僅指針療，已經很少包含艾灸的內容了。無艾不成灸、無火不成灸、無煙不成灸，也就是說有艾、有火、有煙、才能被稱為真正的艾灸法。
我國古代醫家中早就認識到預防疾病的重要性，並提出了"防病於未然"、"治未病"的學術思想，而艾灸除了有治療作用外，還有預防疾病和保健的作用，是防病保健的方法之一，這在古代文獻中有很多記載。早在《黃帝內經》就提到；在"犬所齧之處灸三壯，即以犬傷法灸之"，以預防狂犬病。《備急千金要方》有"凡宦遊吳蜀，體上常須三兩處灸之，勿令瘡暫瘥，則瘴癘溫瘧毒氣不能著人"。說明艾灸能預防傳染病。《針灸大成》提到灸足三裡可以預防中風。
民間俗話亦說"若要身體安，三裡常不幹"、"三裡灸不絕，一切災病息"。因為灸療可溫陽補虛，所以灸足三裡、中脘，可使胃氣常盛，而胃為水谷之海，榮衛之所出，五臟六腑，皆受其氣，胃氣常盛，則氣血充盈；命門為人體真火之所在，為人之根本；關元、氣海為藏精蓄血之所，艾灸上穴可使人胃氣盛，陽氣足，精血充，從而加強了身體抵抗力，病邪難犯，達到防病保健之功。現代，灸療的防病保健作用已成為重要保健方法之一。
歷經數千年的中醫傳統艾灸能夠提高人體的免疫力也是很多醫案和現代研究已經證明的。別因因為艾煙有害就否定艾灸療法了。