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《禮記》中云：「有虞氏禘黃帝」，「夏后氏亦禘黃帝」，這是黃帝最早作為部落始祖為後人所祭祀。「禘」，是帝王對有血緣關係的始祖的祭祀。有虞氏是黃帝的重孫虞幕所立，其譜係為黃帝—昌意—顓頊—虞幕，其下五世孫為舜；夏后氏為大禹所立，大禹父親鯀的曾祖和虞幕同為顓頊的後代。故司馬遷云：「自黃帝至舜禹，皆同姓而異其國號。」其後的商朝、周朝雖不再「禘黃帝」，但從血緣關係上說，仍是黃帝的後裔，且三代王朝都建立在黃帝所開創的大部落聯盟基礎之上，故在周朝就已形成以黃帝為血緣「始祖」的華夏部落共同體的共識。
或許是因為黃帝這位始祖時空距離日漸遙遠的緣故，迨至後世，血親觀念逐漸淡薄，其形象乃與「上帝」合一。黃帝又成為了中國人精神信仰的始祖。《周官》云：「自古雍州積高神明之隩，故立畤郊上帝。」「畤」，帝王祭祀上帝之處。最早的「畤」，是為祭黃帝而建的「吳陽武畤」。黃帝更成為「五畤」所祭祀的「五帝」之一。公元前767年，秦襄公建「西畤」祀白帝（少昊，黃帝之子），秦宣公在渭南建「密畤」祀青帝（伏羲，黃帝之祖父），秦靈公於公元前422 年在「吳陽武畤」廢址建「上疇」祀黃帝、建「下畤」祀炎帝，秦獻公又建「畦畤」以祀白帝。漢劉邦建「北畤」以祀黑帝（顓頊，黃帝之孫）。漢初皇帝常遣使或親祭五畤。漢以「五帝」對應「五方」「四季」「五行」，其中黃帝對應的是「中央土」，位列「五帝」之首。古代曾有「天一而已，不應有五」的質疑，學者的解釋是：天雖一，氣之流行有所變異，以五人神配五帝，因各得其氣之盛的緣故。
漢武帝時，以「五帝」作為泰一神（漢代國家祭祀的天帝、至高神）輔祀，後逐漸形成祭天輔祀、明堂拜祀和迎氣祭祀的基本制度。明清兩代，祭天時甚至不再以「五帝」輔祀，黃帝更多供奉於歷代帝王廟中。
明清易鼎之際，王夫之慧眼獨具，其作於清朝順治十三年（1656年）的《黃書》中，首次將黃帝視為華夏生民之始祖。《黃書》跳出一家一姓朝代變遷的狹隘視角，將華夏生民世世代代生活於茲的「中區」「中邦」視為一個整體，講述的是從「軒轅肇紀」至明朝幾千年間的治亂規律。難怪章太炎《訄書》中云：「觀於《黃書》，知吾民之皆出於軒轅。」《黃書》中，王夫之尤其強調黃帝確立了「公天下」的典範，不像後世君主皆有「私神器之心」。
我們今天祭祀黃帝，更多是以黃帝為我中華文明之始祖。此兼取「信仰」「生民」與「民族」始祖之義而有餘義。「信仰」始祖者，謂以人配天，開啟了中華民族特有的天人合德的人文宗教信仰模式；「生民」始祖者，謂黃帝是「始於大公而終於至正」的典範，我生民乃得秉天地之正氣，繁衍生息於茲土歷數千年而日昌；「民族」始祖者，謂黃帝「存天地之純氣而戒其割裂」，從此奠定了幾千年來中華民族「大一統」的基本格局，構成了今天億萬中華兒女最為堅固的凝聚力與向心力。
我們今天祭祀始祖黃帝，是在呼喚民族最深層記憶中面對危難與挑戰時的勇武與血氣。古代祭黃帝文中常有「首弄兵戎」「鑄兵除暴」等詞句，蓋黃帝生處亂世，「諸侯相侵伐，暴虐百姓」，黃帝「憫阽危，鑄五兵」，最終轉危為安，變亂為治。從此，這種面對危難與挑戰時的勇武與血氣成為中華文明世代相傳的文化基因。魯迅詩云：「我以我血薦軒轅」，良有以也。
我們今天祭祀黃帝，更是在為今天中華民族的偉大復興鼓舞、吶喊。始祖「繼天立極，開物成務」「功化之隆，惠利萬世」，當時無論是馴養牛馬、打井養蠶的物質文明，設官治民、監於萬國的政治文明，還是發明文字、制定曆法的精神文明，都是當時世界上最先進的。故孫中山祭黃帝文曰：「世界文明，惟有我先。」始祖黃帝的「爰啟文明」之功，無疑是我們今天創造中華先進文明最為強大的精神動力之一。（文圖：張雲江、米廣弘）