印度尼西亞群島在咖啡種植上的首次嘗試便遭受挫折。1696年，雅加達（當時名為Batavia）總督收到印度馬拉巴荷蘭總督所贈予的咖啡樹苗當禮物，不過這些新樹苗卻在雅加達一場洪水中喪失殆盡。第二批樹苗則是在1699年送到，這一次，這些咖啡樹蓬勃生長。
印度尼西亞咖啡的外銷始於1711年，當時是荷蘭東印度公司（Vereenigde Oostindische Compagnie，簡稱COV）管理。運送到阿姆斯特丹的咖啡可以賣到相當高的價格，一千克的售價將近每人年均收入1%。即使咖啡價格在18世紀下跌，毫無疑問，對VOC來說，咖啡可謂搖錢樹。不過當時的爪哇島是在殖民統治下，因此對咖啡農可一點好處都沒有。1860年，一位荷蘭殖民官員寫了一部小說《馬克斯·哈弗拉爾：或荷蘭貿易公司的咖啡拍賣》，描述了殖民體制如何濫用。這本書為荷蘭社會帶來深遠的影響，使大眾對咖啡貿易與殖民體制開始有所了解。現今，馬克斯·哈弗拉爾已經成為咖啡產業的一種道德認證。
印度尼西亞一開始僅生產阿拉比卡，不過咖啡葉銹病在1876年流行，只能將許多咖啡樹剷除。有人嘗試改種Liberica品種，但同樣男對葉銹病免疫。因此眾人開始改種對疾病有抵抗力的羅布斯塔。現今，羅布斯塔仍然佔印度尼西亞咖啡的絕大多數。
溼剝除法
印度尼西亞咖啡豆的製作特點，也是使印度尼西亞咖啡口感可以如此變化多端的原因之一，這在於採收後所使用的溼剝除法。這是融合水洗與日曬處理法的元素而形成的咖啡處理過程（生豆精製處理 Processing （下））。這種半水洗過程對咖啡質量有至關重要的影響。因為一旦跳過此程序，咖啡的酸度便大大降低，但似乎同時增添醇厚度，創造一種口感柔順、圓潤、醇厚的咖啡。
這樣的方式也為咖啡帶出多樣化的口感，有時充滿植物或藥草香氣，或帶著木味、黴味或土壤氣息。但這並不表示所有使用這個方式處理的咖啡都有相同的質量和口感。這類咖啡的質量差異甚大；半水洗咖啡口感的分歧在咖啡業內是出名的。倘若來自非洲或中美洲的咖啡出現這樣的風味，不論過程多嚴謹，都會被視為瑕疵品，立即遭潛在買家拒絕。然而許多人卻認為這樣濃鬱而醇厚的印度尼西亞半水洗處理的咖啡相當美味，因此業界購買慾望仍然興旺。
近幾年來，精品咖啡買家開始鼓勵印度尼西亞的咖啡生產者嘗試以水洗法處理咖啡豆，以便使品種本身以及產地風味（而非僅是來自處理手法）得以顯露。
貓屎咖啡（Kopi Luwak）
在印度尼西亞，貓屎咖啡指的是收集吃了咖啡果實的麝香貓糞便而製成的咖啡。這類僅半消化的咖啡果實在與糞便分離後，會經處理而後乾燥。過去10年，這類咖啡被視為新奇有趣，加上某些人毫無根據地宣傳此類咖啡口感絕妙，因此貓屎咖啡得以賣出高價，繼而造成兩大問題。
首選，這類咖啡的偽造司空見慣。市面上售賣的數量遠超過於實際生產量，而且多數由等級低的羅布斯塔冒充。
其次，這樣的風潮也鼓勵了島上的商人非法捕捉並囚禁麝香貓，強迫餵食咖啡果，而且動物生存環境相當惡劣。
產區
蘇門答臘：
蘇門答臘島上有三個主要產區：北部亞齊省、略往南的多巴湖區域。近年來咖啡也被種植在南部的Mangkuraja周邊。
過去常見的「蘇門答臘曼特寧」為名銷售的咖啡。曼特寧不是地名，而是島上的一個族群。曼特寧多半會帶著數字等級，像1或2，這樣分級基本上是根據杯測質量而非生豆（較為普遍的分級方式）。
蘇門答臘的咖啡品種名稱可能有些難懂。大部分阿拉比卡的種子最初應該都源自葉門的帝比卡株種。在蘇門答臘，這類咖啡多半稱作DjemberTypica，但也要特別注意，Djember也是在蘇拉威西島上發現的另外一個完全不同品種的名稱。在此有一個常見的情況，不同品種在不同時期多半都曾與羅布斯塔雜交過，其中最有名的要屬Hybrido de Timor，也就是更常見的卡帝莫品種之母種。在蘇門答臘此品種又稱Tim Tim.
老布朗爪哇（陳年曼特寧）：
有些位於爪哇的咖啡莊園選擇在出口前讓咖啡先行熟成最多五年時間。咖啡生豆的顏色會從一般半水洗程序的藍綠色轉變為棕土色。經過烘焙後，咖啡變得毫無酸度，留下的僅是某些人會欣賞的濃鬱辛辣與木質氣息。
爪哇：
在爪哇島上找到咖啡莊園要比其他島來得簡單。原因一方面在於此區的殖民歷史，另一方面則在於這是荷蘭人慣有的做法。島上四個最大的農場，總面積達4000公頃。