韓天峰將秦明帶到步兵教授遇害的蘆葦叢旁，實際上是為了給李偉宏換車的機會，讓林濤等人無處追蹤得到，幸虧我們的秦科長聰明，看了看車牌號，裡面包含著931三個數字，於是秦明將自己的手錶調到931，留在了現場。詩羽也通過視頻中的眼神向林濤傳達了劉傑明在場的消息，林濤通過劉傑明車的跟蹤定位以及秦明留下的手錶對其所在位置進行了調查。
在秦明和韓天峰的對峙中，韓天峰一再挑戰秦明的底線，反駁秦明說：「上天並不會眷顧好人」，步心瑤就是個例子。秦明雖然氣急，還是怒吼道：「詩羽在哪兒！」韓天峰將當時捅死步老師的刀和步老師的手指遞給秦明：「懲罰我，成為我」。
秦明質問韓天峰：「你給我的東西是不是少了什麼？」「你爸的手指呢？」韓天峰一下子不淡定了。原來當年韓天峰殺自己爸爸的原因，是因為爸爸出獄後對何世偉將名字改成韓天峰的事情特彆氣憤，不停地扇打韓天峰的耳光，並拿著食指指著韓天峰的鼻子罵。
韓天峰一怒之下便殺了自己的父親，並且將父親的手指割了下來。從此，韓天峰便將殺惡人來彌補自己弒父的罪惡感，用暴力來懲治暴力，其實一直都是一個特別可憐、特別沒有安全感的人。
最後韓天峰準備跳樓來結束這一切，就在韓天峰跳下去的那一刻，秦明緊緊抓住了韓天峰的手，並怒斥韓天峰準備一死了之的行為是多麼愚蠢，並將自己手上的手銬和韓天峰的捆綁在一起，這一行為也可能感動到了韓天峰吧。幸好林濤及時趕到，才讓兩人都獲救。
後來，秦明去探望韓天峰的母親。在母親墓前的香灰爐裡找到了他父親的那根手指......
《法醫秦明》就這樣結束了，但是它卻留給了我們很多道理，什麼是安全感，並不是像韓天峰一樣利用做自己所謂對的事情來彌補，而是用愛。韓天峰母親的母愛，步兵教授的關愛，唐思思的情愛，這些都是周遭人給予韓天峰的安全感，但是韓天峰卻一直活在自己的世界裡，活在母親去世的那一天，不願走出來，悲慘的童年對一個人的影響是多麼的大啊。
在道德面前，清道夫是懲惡揚善；在法律面前，清道夫是蔑視法律。《法醫秦明》留下的不只是一部片子，更是留給我們一段思考.......