天京城破，李秀成力保幼天王突出重圍，終君臣失散，自己筋疲力盡，失路被擒。
曾國藩將李秀成困鎖在一個狹小的鐵籠中，僅僅經過七天短暫的審訊，就將之凌遲處死。
處死了李秀成，曾國藩將一份聲稱為李秀成寫的《自述》整理謄抄、上交給了軍機處，自己保留了李秀成親筆所書的底稿。
曾國藩整理謄抄、上交給軍機處的謄抄文本後來由九如堂刊刻行世。
從此，這份《自述》為後來的歷史工作者留下了一份至為寶貴的太平天國研究資料。
但圍繞這份《自述》，歷史學界曾掀起過一場軒然大波，各路專家爭論不息，至今尚無定論。
首先，爭論的焦點之一是：《自述》到底是李秀成本人所作還是曾國藩或曾國藩託別人編寫的偽作。
懷疑《自述》作偽者認為，李秀成被捕後，先是受到了嚴刑拷打，渾身帶傷，時值盛夏酷暑，要在匍匐在方寸囚籠中寫下了這洋洋數萬言的《自述》，簡直是不可思議的。所以，這份《自述》，包括原稿、謄抄稿，根本就是曾國藩與其手下幕僚一手炮製出來的。
1956年，年子敏先生發表了《關於<忠王自傳原稿>真偽問題商榷》，直言不諱莫：《自傳原稿》是曾國藩等人偽造的贗品，因為李秀成是天京保衛戰的總指揮，在天京被攻陷以前，日夜督戰，疲憊已極。天京即將陷落時，又率隊保護幼天王突圍，其飢疲睏倦是可想而知的。被捕後，又被曾國荃「遍刺以錐，流血如注」，然後關押在囚牢之中。時值盛夏，囚牢裡蒸溽難當。在這種情況下，文化程度不高的李秀成還每天用毛筆寫七千字，簡直就是不可能的事。
但是，經過專家們輪番辯論，基本已達成共識：這份《自述》的確是李秀成在牢籠中所作。
理由如下：
1、 從內容看，原稿將金田起義到天京陷落這14年的每一個過程和細節都描述得非常清楚，很難想像會是曾國藩平白捏造的。
2、 在行文過程中，諸多稱謂上多遵循太平天國的制度，也非曾國藩所能知道的。
3、 從詞句來看，李秀成是農民、僱農出身，文化水平不高，雖然在太平天國起義的過程中得到一些鍛鍊，但他的自傳，仍然文筆不甚通順，而且錯誤字連篇，正體現了他的本色，不大可能是曾國藩等人偽造出來的。
4、 裡面用了很多李秀成家鄉的方言，也決非曾國藩等人所能偽造出來的。
5、 從情理上講，曾國藩為了保全自己的名位，必然有很多顧慮，他無此膽量偽造供詞，以犯欺君之罪。而且清朝督撫和統兵大員，不是一手遮天，為所欲為，而是督、撫、提、鎮、蕃、皋互相監督，如果他敢於丟掉李秀成原供而另行偽造假供，定然要被洩露，而致重譴。
其次，李秀成以非常之人奮非常之志在囚籠中完成了這看似不可能完成的任務——寫下了自稱五萬多字的《自述》，但九如堂刻本刊行的《李秀成自述》只有二萬多字，這就說明曾國藩在李秀成的親筆原稿基礎上刪減了近兩萬字，那麼，這兩萬字到底都是些什麼內容呢？
為此，史學界又是一番爭論，猜測不斷，臆想聯翩。
很多史學家認為，曾國藩要大刀闊斧地刪改李秀成自述，必有不可告人之處，其中最引人注目的一種猜測就是，李秀成可能在原稿裡勸曾國藩反清登基做皇帝。
著名的史學家孟森就猜測，李秀成「可能以種族之見動曾，其時漢人已握實力，不無動以取而代之說」。
陳寅恪也懷疑這種可能性非常大。
除此之外，也涉及李秀成是真投降還是假投降等諸多問題。
可是，那份被曾國藩私下保留了下來原稿已深藏曾家密室，由曾國藩的後人保管，秘不示人。
有什麼辦法能取到原稿一觀呢？
1944年，在廣西通志館工作的呂集義先生最先沉不住氣，千裡迢迢來到湖南湘鄉曾國藩老家，強烈要求曾國藩後人把李秀成原稿拿出來與刊行本對照。
曾氏後人左右推託，不肯出示。
呂集義抱定必得之志而來，態度堅決，賴在曾家不走。
雙方僵持了數天，最終，曾氏兄弟姐妹幾個敗下陣來。他們反覆商議，同意把李秀成原稿這個祖傳秘寶搬了出來，但是有個條件，只許在曾家藏書樓裡看，不能帶走。
呂集義驚喜若狂，連續兩天對照著刊行本進行緊張的補抄、改正。
在工作時，「曾氏兄弟輪流守在桌旁，跬步不離；每當休息、吃飯，則必將原稿攜入內室，扃之匣笥，護惜有逾珍寶」。抄補完畢後，呂集義還拍攝了稿本的照片14頁帶了回來。
兩下一對照：九如堂刻本原有27000多字，原稿是33000多字。
呂集義把補抄上的5000多字，合計33000多字，出版了《忠王李秀成自述原稿校補本》。
但是，不對，還存在問題！
李秀成明明說寫下了五萬多字，這三萬三千多字還是不合啊。
於是，曾家人給呂集義出示的《自述》是否真原稿呢？這件事就很值得懷疑了。
錢遠鎔、羅爾綱等人根據呂氏的校補本和這14張照片，從筆跡和內容兩方面作鑑定，最終鑑別結果是：曾家所藏的「原稿」是真品，曾國藩除了在某些地方進行了塗改刪節，還直接從某個地方抽毀了一萬多字。
不久，曾國藩的曾孫曾約農乾脆把呂集義曾經看過的那份「自述原稿」（以下簡稱「原稿」）拿出來影印，公諸於世，說是讓史學界可以更清楚地看到「原稿」的全貌。
影印的「原稿」共74頁，約36000字，比《校補本》更全面，但還是比李秀成說的五萬字少。
羅爾綱認真研究了影印的「原稿」，進一步確認說：「我鑑定曾國藩後人家藏的《忠王自傳》原稿確是忠王親筆。」
但有人研究了影印的「原稿」，反而懷疑這份《稿本》不是李秀成的親筆真跡。
因為，在《忠王李秀成自述原稿校補本》中，呂集義還特別寫了一篇《關於〈忠王李秀成自述校補本＞的說明》，特別指出：「在忠王寫自述的幾天中，忠王一面寫，曾國藩一面取閱，又一面與他的幕僚從事刪改；當忠王自述寫完時，曾國藩也就刪改完畢。」
史學家榮孟源通過分析，認為李秀成既然是每天隨寫隨交，真跡應是散葉或分裝為九本，不會是寫在一本裝訂好的「吉字中營」橫條簿上。而且，每一天寫的內容的末尾不可能總是寫到最後一行最後一字，可稿本裡卻是前後連成一氣的，根本沒有間隔，字跡與墨色相同。實在就難以使人相信它是李秀成的真跡。
還有，《稿本》現有七十四葉，後面還有被曾國藩撕毀的部分。羅爾綱先生估計，末尾被曾國藩撕毀了四五千字，則全稿應在八十葉以上。
但榮孟源認為，李秀成是初七日傍晚被害，死前還作了十句絕命詞，在初七日下午他不會半天全去寫供；而且最後一天所寫的為總結性的文字，不如寫敘事性的文字方便；那麼速度不會太快，現存稿已有二千多字，曾國藩撕毀部分可能不多。全稿不會有八十葉，離李秀成說的五萬多字還差很多。
再有，《稿本》用字、用詞與行款等等，確實保存了一些太平天國的制度和李秀成所用的廣西方音、方言。李秀成寫稿時不能完全合乎太平天國的制度，用字、用詞也不能完全統一，都是情理中應有的現象。《稿本》還是有許多錯誤讓人覺得太離奇。
榮孟源因此認為，《稿本》不是李秀成的真跡，而是曾國藩刪改後重抄的冒牌貨。
另一史學大師錢遠鎔卻對榮孟源的說法大不以為然。
錢遠鎔認為，李秀成不是「每天隨寫隨交」，曾國藩也不是「每天隨看隨改」，而是李秀成分「前部」（首頁—第五十頁）和「後部」（第五十一頁—末頁）兩大部分分兩次交上去的，所以「前部」第一頁的語句都是相通的，不存在先生所說的稿本是「曾國藩刪改後重抄的冒牌貨」的問題。「前部最後一頁的末尾是這樣一段文字：「紙盡情長，言不了完。煩列位師爺交部一本，又好筆一枝。此筆破壞了。今將三萬七八千字矣。筆壞不能，煩列位師爺轉稟老中堂及中承大人寬限，我亦趕寫。業今……」這幾十個字比《稿本》一般的字都大得多，而且墨色比較淡，又很潦草。證明是在同一時間用同一支『壞筆』寫的。後部的首頁是這樣的一段文字：「前部已呈，而今由此湊上合章，恐有言語，在昨日所呈之部，語句兩不合章，煩各師爺勞心，將前部鑑對，湊合成全……」，這些字都很正規，墨色也比較濃，可以明顯地看出，是在另一時間用一支『好筆』寫的。
不過，也可能是李秀成每天或二三天交閱一次，每次交閱多少由李秀成自己決定，在交閱時留下一部分或最後一二頁，以方便自己再寫時參考或便於文字上的銜接，所以看不出每天書寫的起止段落，看起來好像是一氣呵成的。
關於避諱問題，李秀成犯諱並不奇怪，因為「李秀成在皈依拜上帝教之前，已是一個二十六、七歲的成年人了，早有通行的書寫習慣，在加入拜上帝教之後，經歷了十餘年，儘管熟悉了太平天國規定的書寫格式，但有時疏忽，又回到早年的書法，犯了諱，也並不奇怪」。
錢遠鎔還進一步認為，「原稿」不但不是曾國藩「刪改後重抄的冒牌貨」，而且還是一個完整的真跡，曾國藩只在「原稿」上塗改，連抽毀都沒有，曾家所藏稿本是李秀成親筆的「全本」。
至於李秀成的「自述」原來有五萬多字，但今天所見「原稿」卻只有三萬六千字，這個問題是怎麼出現的呢？
實際上，《自述》到底有多少字，《稿本》、《刻本》和各人的記載各不相同，曾國藩一人就說了四個數字。
第一，曾國藩日記（影印本）載：七月初六日：「閱李秀成之供，約四萬餘字。一一校對，本日僅校二萬餘字。」初七日：「早飯後，校對李秀成供詞，約八九千字。」午後，「將李秀成之供，分作八九人繕寫，共寫一百三十葉，每葉二百一十六字，裝成一本，……封送軍機處備查。」（案此計算應是二萬八千三百四十字。）
第二，七月初七日曾國藩給曾紀澤寫信（《曾國藩全集家訓》卷下）說：「偽忠王自寫親供多至五萬餘字，兩日內看該酋親供，如校對房本誤書，殊費目力。頃始具奏洪李二酋處治之法。李酋已於初六日正法，供詞亦鈔送軍機處矣。」
第三，曾國藩複錢應溥函《曾國藩全集書札》卷二四）說：「自到金陵，遍歷各營，兼一巡視城內。近又定李秀成供，遂少暇晷。李酋八日之內在囚籠中共寫三萬餘字，刪其重複諛言，尚近三萬字，甫於七日出奏。其二十三日一疏，至今未接批旨。」
第四，曾國藩復彭玉麟函（《曾國藩未刊信稿》）說：「偽忠王在囚籠中寫親供至三萬餘字，業經抄送軍機處，擬即刊刻諮送各處，即於七月初六日正法。」
曾國藩的弟子、幕僚趙烈文不但看過李秀成的親供，還幫助曾國藩改定送軍機處的本子和分段付梓的本子，他在日記裡則記道：「偽忠王李秀成伏法，渠寫親供五、六萬言，敘賊中事自鹹豐四、五年後均甚詳，雖不通文墨，而事理井井，在賊中不可謂非桀黠矣。」
看，有二萬八千字的說法，有五萬多的說法，有三萬多的說法，還有六萬多的說法，為什麼差別這麼大呢？
原來，在「原稿」的第五十頁末，李秀成寫有「紙盡情長，言不了完。煩列位師爺交部一本，又好筆一枝。此筆破壞了。今將三萬七八千字矣。筆壞不能，煩列位師爺轉稟老中堂及中承大人寬限，我亦趕寫。業今……」。實際上，今天所見「原稿」前五十頁只有二萬四千六百多字，少約一萬四千字。
問題就出在這兒了。
誠如前面所說，盛夏酷暑，李秀成匍匐在囚籠中寫書，已殊為不易，對於自己所寫的字數，其實只是大概的估算，結果，將本來只有二萬多字的前部誇大為三萬七八千字。
曾國藩和趙烈文等人呢，應該也沒去數，而是輕信了李秀成的說法，用38000除以50（頁），得出每頁760的平均數，（曾國藩本人在刻本後也有批語說：「李秀成在囚籠中，親筆所寫，自六月二十七至七月初六日，每日約寫七千字。」）再以全部的74頁乘以760，得出全部為5萬多字的過高估計。
而曾國藩後來在校閱、抄寫的過程中，發現數字不對，所以他在給錢應溥等人的信中，又糾正了自己的錯誤，於是出現了曾國藩一人有四種不同字數的說法。
如果如羅爾綱等人所說，《自述》除末尾被曾國藩撕毀數千字外，中間也被曾國藩撕毀了一萬數千字，那麼，所保存的文字，上現末行與下頁首行必然不能銜接；既然撕毀者有一萬數千字，那就不會全是撕毀相連的一部分，應是有幾處被撕毀，那麼上下頁文字不能銜接者就要有多處。而細查《稿本》，頁頁文句相聯，中間並無撕毀的痕跡。這就說明曾國藩撕毀了一萬數千字之說不存在。
那麼，曾國藩有沒有刪改李秀成的真跡呢？
當然有。
檢查《稿本》，第六天所寫現有七千三百字，似無刪節。第二天與第七天，各有五千餘字，刪節似乎不多或者無刪節。第一天為全文開始，追憶太平天國起義根源，第八天為全部正文結束，只敘天京失陷與李秀成被擒事，可能只此三千餘字，沒有什麼刪節。第九天所寫的後半部分刪去了幾百或幾千字，其餘三、四、五幾天所寫的似被曾國藩刪節塗改最多。
第三十八頁後三、四兩行有：「中堂在祈門，被天朝之兵圍屯，此非中堂不可，別人祁門不能屯也。」曾國藩未刪，但《刻本》中卻刪去。
第三、四、五幾天所寫，正是李秀成身為主將與清軍作戰之事。趙烈文日記也說，李秀成敘太平天國「自鹹豐四、五年後均甚詳」。可是稿本中凡敘述太平軍與湘軍的主要戰役均略而不詳。以《刻本》又刪去《稿本》中曾國藩在祁門的記載為例，可以相信，曾國藩刪去了太平軍與湘軍作戰的重要部分。曾國藩是擔心清政府看到這些文字會責難他從前奏報不實，所以進行了刪減，也是這一原因，使他以李秀成「不宜使入都」為由，殺以滅口。
其餘太平天國的情況，李秀成乞求投降，都和曾國藩的利害無關，不用刪，也不用改，更不用偽造。
一句話，曾國藩所刪減的東西並不多，現在看到的《原稿》基本就是李秀成留下原汁原味的手稿。