清代的烏裡雅蘇臺俗稱外蒙古，分為喀爾喀、科布多與唐努烏梁海三部分，自古以來就是中國的領土。清政府直接派遣烏裡雅蘇臺將軍、烏裡雅蘇臺參贊大臣、科布多參贊大臣與庫倫辦事大臣等官員，並通過蒙古王公、活佛、喇嘛等上層貴族對蒙古進行統治。日俄戰爭之後，外蒙古成為俄國的主要侵略目標。為了阻止俄國對外蒙古的滲透，1910年，清政府在外蒙古實行「新政」，設立巡警隊、審判廳、衛生局、商品陳列所等機構。沙俄乘機煽動一部分封建領主和活佛，醞釀叛亂。1911年7月，杭達多爾濟親王糾集四盟王公，在庫倫召開會議，密議外蒙古「獨立」。會後派「代表團」赴俄，並許以優惠貿易、修築鐵路、開辦郵政、印刷鈔票、設立軍事學校等種種特權，換取俄國對外蒙古「獨立」的武力支持。很快沙俄派兵千餘人進入外蒙古，清政府被迫於9月13日停辦新政。10月，沙俄又要求清政府承認外蒙古「獨立」;不在外蒙古駐軍和建立行政機構;不得到俄國同意不準在外蒙古進行任何改革。清政府予以嚴正拒絕。
武昌起義爆發後，清政府無力北顧，沙俄認為是它「吞併中國領土而能達到其宿願的大好時機」。它藉口保護領事館，增派俄軍侵駐庫倫，並撥給外蒙古杭達多爾濟集團大批軍械彈藥。10月18日杭達多爾濟集團宣布「獨立」，與俄軍一同進攻庫倫辦事大臣衙門，驅逐辦事大臣三多。12月1日，他們發表「獨立宣言」，宣布成立「大蒙古國」。庫倫活佛哲布尊丹巴舉行登基典禮，自稱為「皇帝」，年號「共戴」，車林齊密特任「總理」兼「內務大臣」，杭達多爾濟任「外務大臣」。同時，科布多的封建領主和烏裡雅蘇臺扎薩克圖汗也在沙俄策劃下，佔領科布多和烏裡雅蘇臺，俄軍驅逐了科布多參贊大臣傅潤和烏裡雅蘇臺將軍奎芳。
俄國隨即於1912年1月發表聲明表示支持，並稱俄國將與外蒙古實際的政府發生關係。6月，沙俄再次提出:如果中國承認外蒙古「自治」，不在外蒙古設治、駐軍和移民，它願進行「友誼調停」。中國政府拒絕了沙俄幹涉中國內政的無理要求。7月，第三次《日俄密約》籤訂，把我國內蒙古分為東西兩部分，俄國「承認」日本在東部內蒙古的「特權利益」，日本支持沙俄對西部內蒙古和外蒙古的侵略。9月間，俄、英就英國侵略西藏和俄國侵略外蒙古達成了「諒解」。中國政府於8月13日對英、俄、日三國發表了關於《滿蒙藏之主權五事》的聲明，指出滿蒙各地皆為中國領土，凡有關滿蒙各地之條約，未經中國政府承認，不得私訂;滿蒙各地之礦產，無論何人不得私自抵押;中國政府在滿蒙各地有自由行動之主權，外人不得幹預;各國不得以護僑為名向中國增派軍隊;現蒙藏地方少數王公貴族反對中國政府的行動是非法的，外人不得主使挑撥。沙俄無視中國政府的嚴正聲明，於11月3日與外蒙古當局非法籤訂了《俄蒙協約》及《商務章程》，宣稱「蒙古對中國的過去關係已經終止」，俄國政府「扶助蒙古的自治」，並為其編練軍隊，不準中國軍隊「進入蒙境」，不準漢人「移居蒙地」;俄人在蒙古享有特權，其他外國人不得享有超於俄人之權利;不經俄國政府允許，蒙古不得與「中國或別國立約」。以後，又籤訂了有關鐵路、礦山、電訊等條約，沙俄在外蒙古取得了廣泛的特權。
中國政府在《俄蒙協約》籤訂前即向沙俄提出抗議，聲明對俄蒙所訂「條約」概不承認。「協約」籤訂後，中國政府於11月7日發表聲明，重申「概不承認」俄國與外蒙古所訂任何條約，抗議沙俄「侵犯中國主權」。中國各族人民強烈反對「俄蒙協約」。北京市民舉行「反對俄國奸計大會」，報刊紛紛揭露沙俄侵略罪行，許多市民連日持票往俄國銀行兌換現金，商人抵制俄貨。孫中山致電參議院，要求「否認俄蒙協約，堅持到底」。在日本的中國留學生和愛國華僑3000多人在東京集會，強烈譴責沙俄。蒙古愛國王公宣布「蒙古擁護各族聯合一體的中華共和國，斷無獨立之理」，強烈要求哲布尊丹巴取消「獨立」，並以「蒙古王公聯合會」的名義，通告世界各國，絕不承認沙俄炮製的「俄蒙協約」。中俄於1912年11月開始在北京舉行談判。1913年11月，袁世凱政府與沙俄籤訂《中俄聲明》，追認了《俄蒙協約》及其附件，「承認外蒙古的自治權」。聲明雖然載明「俄國承認中國在外蒙古的宗主權」，外蒙古是「中國領土的一部分」，卻規定中國政府不能在外蒙古設治、駐軍、移民。在中俄互換的照會中，還規定以後「凡關於外蒙古的政治、土地交涉事宜，中國允許和俄國政府協商，外蒙古亦得參與其事」，[24]實際上承認了沙俄對外蒙古的控制。根據《中俄聲明》，自1914年9月起又舉行中俄蒙恰克圖會議，並於1915年6月籤訂了《中俄蒙協約》。沙俄承認中國對外蒙古的「宗主權」，哲布尊丹巴取消「大皇帝」稱號及「共戴」年號，由中華民國大總統冊封，用中華民國年曆，兼用蒙古幹支紀年。北京政府承認外蒙古的「自治」和沙俄在外蒙古的各種特權。但是，會後沙俄唆使外蒙古當局借詞「謝絕」接受冊封專使，並多方阻撓外蒙古派員來北京，以致冊封儀式延至1916年7月方始舉行。
十月革命爆發後，沙皇政府垮臺，外蒙古傀儡政權失去了靠山。1918年，北洋政府派軍隊開進庫倫，恢復了對外蒙古的主權。沙俄在策動外蒙古「獨立」的同時，還強佔了我國外蒙古西北部的唐努烏梁海地區。沙俄通過1864年的《勘分西北界約紀》，早就強佔了包括原屬定邊左副將軍管轄的唐努烏梁海的十個佐領、原屬科布多參贊大臣管轄的阿爾泰淖爾烏梁海的兩個旗，以及科布多以西的大片我國領土。1907年，沙俄在烏梁海中部一帶地方建立殖民據點。武昌起義後，沙俄派出「邊疆特使」竄入該地區，發號施令，阻撓我國政府派官員進入該地區行使主權。1914年6月，大批俄軍侵入，沙皇尼古拉二世宣布唐努烏梁海地區歸俄羅斯所有，強行霸佔了我國唐努烏梁海地區17萬平方公裡的領土。對此，不僅當時中國的北京政府未予承認，以後歷屆中國政府也從未聲明放棄中國對這一地區的主權。
與此同時，俄國還加強侵略我國內蒙古地區。我國內蒙古呼倫貝爾盟與俄國的邊界，早在中俄《尼布楚條約》和《布連斯奇條約》中便作了明確的規定。但沙俄任意破壞界標，派遣間諜分子進行顛覆活動。1900年沙俄出兵東北時，竟在我國邊境城市滿洲裡建造營房，駐紮軍隊。清政府不得不提出中俄雙方根據條約重新勘界立標的要求。1911年12月，在齊齊哈爾籤訂了中俄《滿洲裡界約》，兩國疆界雖基本上按照舊約，但沿著這條邊界線，沙俄又侵佔了我國1400平方公裡的領土。1912年7月，第三次《日俄密約》籤訂，把我國內蒙古分為東西兩部分，俄國「承認」日本在東部內蒙古的「特權利益」，日本支持沙俄對西部內蒙古和外蒙古的侵略。
在沙俄和外蒙古叛亂集團的煽動下，呼倫貝爾盟陳巴爾虎旗總管勝福、車和扎等於1911年9月向清政府提出撤走政府官員和軍隊、不準移民、移交政權和財權等無理要求，均被清政府拒絕。他們勾結沙俄和外蒙古軍，於1912年1月佔領海拉爾，宣布「獨立」，接著進犯滿洲裡，被擊潰。俄軍和外蒙古軍增援反撲，佔領了滿洲裡。勝福等在滿洲裡成立「自治政府」。中國政府派兵平叛，沙俄以「調停者」出面幹涉。1915年11月，北京政府被迫與沙俄籤訂了《中俄會訂呼倫貝爾協約》，承認呼倫貝爾為「特別區域」;規定非經俄國準許，中國軍隊不得進入該區;將來中國「敷設鐵路，儘先與俄國借款」;承認沙俄與偽組織所籤訂的各項「合同」。1920年1月，呼倫貝爾盟重新回歸祖國。
內蒙古哲裡木盟科右前旗扎薩克圖郡王烏泰、科左後旗鎮國公拉喜敏珠爾等，在沙俄煽動下，於1912年8月舉兵叛亂，分三路進犯桃南府，散發所謂「東蒙古獨立宣言」。北京政府及時調兵平叛，叛軍敗逃外蒙古。10月底，沙俄派遣外蒙古軍數千人，分三路南犯內蒙古錫林郭勒盟浩濟特旗及蘇尼特旗，察哈爾都統調兵狙擊失利。昭盟郭爾羅斯左旗臺吉多爾濟公、扎魯特左旗協理臺吉官布札普於11月乘機攻陷開魯。熱河駐軍派兵平叛，官布札普敗逃外蒙古。外蒙古軍自1912年10月到1913年9月，在內蒙古的西二盟及錫林郭勒盟的全盟、昭盟的克什騰旗、巴林左旗、巴林右旗等許多地方，燒殺搶掠。北京政府出兵討伐，到1916年收復了內蒙古全境。
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