在整個明清階段，廣東都是一個非常特別的省份。一方面，這裡的富庶程度遠遠超過國內許多城市，另一面卻是當地的海上私人貿易盛行與朝廷閉關鎖國的政策產生衝撞，於是朝廷常有「多盜之地」的偏見。
天高皇帝遠，又是一個如此複雜的地區，清朝對廣東的重視，在官職設立上可見一斑。
清朝沿襲明代制度，在各省設巡撫，巡撫以上設總督。對於大部分省份而言，常由總督兼任駐地巡撫的職務。如閩浙總督駐地福州，會兼任福建巡撫的職務。但是廣東卻不同。
順治年間，朝廷原是讓兩廣總督兼任廣東巡撫的職務，但後來考慮到當地情況特殊，便重新設立廣東巡撫職務，駐地廣州。而兩廣總督的駐地在不斷搬遷調整，從梧州、廉州、肇慶，最後確認廣州，與廣東巡撫同駐一城。
從官階而言，巡撫為從二品，總督為正二品，後來陸續各有兼職，但總督官階仍高過巡撫。
如果從一點來說，總督權力似乎天然大於巡撫，但在實際運行中，往往沒有那麼簡單。這需要追述總督與巡撫設立之初的目的有關。總督與巡撫原本都不屬於地方官行列，而是由朝廷委派高級京官到地方負責某項專屬任務。
一般而言，由總督負責軍務，巡撫負責民事。因為軍務打仗往往波及數個省份，需要由權限足夠高的官員在幾個省份中協調，所以才有總督。
換句話來說，廣東巡撫與兩廣總督雖然同駐廣州，但所負責的事務，仍有一定的分工。對於軍務，總督更有發言權。對於政務吏治，往往會更偏向於巡撫。
這種只是大致的劃分，對於總督、巡撫這樣的高級官員而言，他們之間的權力大小，主要取決於皇帝的信任和彼此的手腕較量。
尤其是康熙後期開始推行的「秘密奏摺」制度，更是賦予巡撫直接扳倒總督的可能。通過密折制度，皇帝允許四品以上官員給自己單獨寫奏摺匯報，並且整個過程都是保密的，旁人無法知曉。對於官員而言，意味著他們周圍都是可能舉報自己的同僚。皇帝正是藉助這項制度，讓官員之間互相制約，提高自己的權力。
而清朝令廣東巡撫和兩廣總督同駐一城，本就有讓他們互相制約的含義。以至於光緒年間，朝廷商議裁撤廣州巡撫時，便有大臣指出，裁撤廣東巡撫會讓兩廣總督事務驟贈，也削弱制約兩廣總督的效果。
當然這種變化也並非忽然產生，而是不斷演變的。清朝初期，常有兩廣總督和廣州巡撫通力合作的例子。
例如康熙二十年上任的廣東巡撫李士楨與兩廣總督吳興祚就是一個很好的例子。當時廣東剛剛經歷三藩之亂，戰亂之後，民生凋敝，百業待興，李士楨便提出了「厲官方、革火耗、禁私派、汰冗役、省差擾」等一系列整頓吏治，恢復民生的措施，而吳興祚也積極配合，並提出了禁止遷海、整頓吏治、恢復民生、整修武備等主張。
在他們的配合下，廣東很快從戰亂在局面中恢復起來。這樣的例子，在清朝前期的廣東是比較常見的。
在這種局面下，兩廣總督和廣東巡撫之間，就很難說是誰的權力更大或更小，而是一種彼此遷就的關係。
但是到了清朝中後期，隨著朝廷制約制度更加完善，督撫之間都有直接扳倒對方的利器後，雙方互相攻訐拆臺的情況愈加激烈。
如嘉慶年間，時任兩廣總督那彥成攻擊廣東巡撫百齡，致使百齡下臺，但是接任百齡的孫玉庭又向皇帝上奏摺，將那彥成逼到被罷免。可是頗有戲劇性的地方在於，百齡被重新升遷兩廣總督後，卻大肆彈劾孫玉庭，將這位廣東巡撫趕下臺。
出現這種情況，並非只是廣東巡撫與兩廣總督的私人恩怨，而是制度使然，將他們擺在了彼此的對立面。
如此混亂的局面，雖然達到了朝廷所希望的制約效果，實際上也讓地方政務陷入混亂，官場風氣也常因為地方長官的內鬥而陷入混亂。由於地方制約制度的日漸完善，到了清朝後期，廣東巡撫和兩廣總督互相內鬥的情況就越來越常見，雙方的權力高低更加取決於彼此的手腕和皇帝的信任程度，而非官階地位。
直到光緒年間，朝廷終於決議，裁撤廣東巡撫。至此，廣州巡撫與兩廣總督之間糾葛的關係，才告一段落。
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