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2019年10月，美國國防部官員表示2019年不會批准F-35戰鬥機開始全速生產，這一裡程碑節點甚至可能將推至2021年1月。美國國防部原本打算在2019年底前做出全速生產的決定，但是由於聯合仿真環境（Joint Simulation Environment，JSE）仍然面臨的延期問題等原因，美國防部將不得不推遲長達13個月的時間。JSE是美國國防部測試F-35任務系統的關鍵設施，大量的測試、驗證工作需要在JSE中完成，目前尚不清楚這種延遲是否會導致F-35項目計劃成本的增加。據洛克希德·馬丁公司稱，儘管本應在2019年夏天完成的測試延遲，但生產仍在繼續，2018年年產91架，到2023年目標年產160架。
F-35的初始作戰試驗與鑑定（IOT＆E）目的是驗證武器系統的作戰效能，確保其能滿足作戰使用。 IOT＆E由五角大樓作戰試驗與鑑定總監羅伯特·貝勒（Robert Behler）負責，在該工作未完成之前，F-35仍然按照低速初始生產（LRIP）階段去生產。當前，物理訓練環境太有限，無法全面測試先進的第五代飛機和其他先進平臺。在未來作戰中將出現的一系列高威脅情況下，需要JSE對F-35進行仿真評估。JSE包含了現代化的空中威脅和密集的綜合防空威脅、天氣，地理和航程限制等特徵，從而可用來證明飛機具有應對各種威脅和複雜場景的能力。
JSE正在整合洛克希德·馬丁公司的F-35數位化模型（F-35 In A Box, FIAB），該仿真模型將F-35的傳感器系統集成到了整個飛機系統中，FIAB在JSE環境中用於完成對F-35飛機的模擬。F-35這種極其複雜的飛機所需要開發和測試環境遠遠超過傳統飛機所需要的能力。除了現有的用於飛機系統、任務系統和作戰分析的實驗室外，F-35項目還包括互用性和自主化後勤保障專業。這種需求導致了需要眾多的實驗室一起配合，其中許多實驗室需要結合非常詳細的設計。之前的項目大部分的複雜性體現在實驗室硬體配置中，但隨著五代機能力的增加，其複雜性也體現在了要測試任務系統模型、飛機系統模型與環境（自然和戰術環境，包括大氣、地形、目標、武器和威脅）的交互。洛克希德·馬丁公司的F-22戰鬥機的作戰試驗與鑑定驗證了測試五代機能力的重要性。F-35將吸取 F-22的經驗教訓，爭取試驗得更加充分。
各代戰鬥機能力及複雜性演進示意圖（美國洛馬公司圖片）
美軍先後多次給F-35項目有關仿真工作的合同，用於測試戰鬥機的高度複雜的軟體和硬體系統。合同主要包括全任務模擬器（FMS）、虛擬仿真模型（Virtual Simulation，VSim）等方面。VSim 的模型開發、集成工作正在德克薩斯州的沃斯堡、馬裡蘭州的帕圖克森特河海軍航空站和加利福尼亞的愛德華茲空軍基地進行。
VSim目標能在各種作戰條件下測試F-35高度複雜的軟體和硬體系統的功能。F-35配備了戰鬥機上最複雜的傳感器和電子戰系統，在整個壽命周期中，其軟體和硬體（例如健康監測系統和傳感器）之間的集成一直存在問題。儘管VSim面臨著反覆的延期，但是該仿真模型對於完成IOT＆E至關重要。洛克希德·馬丁公司最初為F-35的測試提出了虛擬驗證方案。但是在2015年，美國防部為了更好的測試F-35作戰所要求的威脅密度和複雜性，將測試工作改為要結合JSE，並移交給馬裡蘭州的帕圖克森特河海軍航空站和仿真和分析設施（SimAF）。但是這兩處設施的JSE功能有限，美空軍提倡建設新的JSE設施，一處是加利福尼亞州的愛德華茲空軍基地（JSE面積2,1988平方米），另一個位於內華達州內利斯空軍基地（JSE面積1,5535平方米）。JSE設施也在設計中考慮到靈活性，這兩個設施都將採用相似的硬體和軟體配置，因此兩個環境將能夠增強彼此的能力。愛德華茲空軍基地將專注於開發測試，內利斯空軍基地將專注於作戰測試。JSE是一個可伸縮的、可擴展的、高保真的政府所有的、非專有的建模和仿真環境，能解決物理實驗環境中存在的空域限制問題、GPS幹擾限制以及其他安全問題等。JSE的總體目標是支持軍方測試人員和工業部門工程師在裝備的開發和測試階段測試多個平臺。美空軍的長期目標是不僅僅在F-35項目中使用JSE，還考慮將JSE用於F-22傳感器升級的作戰測試，以及F-15E紅外搜索和跟蹤測試，和F-15的具備主動幹擾功能的飛彈來襲告警系統測試。甚至還可以將JSE用於未來的B-21轟炸機和其他未來戰鬥機平臺的開發與測試。
場景驗證示意圖，圖中藍方可見1架B-2A轟炸機和4架F-35戰鬥機（美國洛馬公司圖片）
F-35任務的複雜性也導致了其實驗室的複雜性。一方面，必須在實驗室中複製 F-35用於飛行的複雜戰術環境，方便對飛機任務系統進行測試，另一方面，飛行員可以利用試驗環境，開發新的作戰概念，主動尋找飛機的能力邊界。此外，F-35項目需要驗證飛機的全部功能。儘管使用實際飛機在國防部的測試場內執行了許多這些驗證任務，但是複雜戰術任務需要實驗室環境的配合，開展虛實混合驗證。F-35項目利用人在環（MITL）和硬體在環（HITL）仿真與系統集成實驗室，在全壽命周期中從支持系統開發到售後服務。包括研究和開發、威脅分析、概念探索、業務發展、系統採購研究、需求開發、設計評估、開發測試、集成測試、驗證和確認、作戰試驗與鑑定、作戰訓練、持續保障等。飛機系統實驗室包括如飛行控制、剎車系統、液壓、推進、起落架、空氣動力學和能源系統等。任務系統實驗室包括如戰術和導航設備、武器和武器管理、傳感器和數據融合以及戰術通信設備。戰術模擬實驗室將飛機系統和任務系統模擬結合在一起，模擬飛行器真實狀態，並添加對戰術任務環境的模擬，包括目標、武器、威脅、地形、情報信息和天氣。自主後勤保障實驗室包括自主後勤集成系統（ALI）、飛行員訓練系統以及非機載任務服務（如任務規劃）等。其他實驗室還包括機上環境、燃料系統模擬器和機載任務的可視化系統測試臺。軍方實驗室為建模和仿真提供資源支持，一方面提供了用於飛行試驗任務的飛機系統模擬器，另一方面萊特-帕特森空軍基地提供了作戰協作環境（Strike Warfare Collaborative Environment，SWCE）模型，包括很多模塊／插件，毀傷仿真（FASTGEN-用於快速生成彈道、 COVART-毀傷計算和修復時間），交戰仿真（BRAWLER，ESAMS-增強的地空飛彈仿真，MOSAIC-先進的反偵察建模系統，RADGUNS-雷達瞄準火炮模擬），維護保障仿真（LCOM-後勤綜合模型）和戰役模型（THUNDER），以及使用這些模型的人員。還提供了任務分析和環境數據，包括聯合集成任務模型（JIMM）分析支持和多光譜環境（MSE）管理。毀傷分析人員還與第46聯隊的測試聯隊合作，在萊特-帕特森空軍基地的範圍內進行了實彈試驗與鑑定。模擬和分析設施（Simulation and Analysis Facility，SimAF）具有F-35項目所需要的多種功能。多光譜環境團隊在SimAF為可見光（OTW），紅外（IR）和雷達任務環境模擬生成多光譜資料庫。SimAF可以把F-35的模擬器集成到虛擬任務環境中，任務集中在人在環的空對空評估模型、聯合過渡任務模型（JIMM）和增強型地對空飛彈仿真（ESAMS）的建模和分析。在測試中還要驗證與空軍的分布式任務作戰網絡（DMO）的連接性和互操作功能，為F-35參加模擬器聯網對抗或者加入LVC訓練網奠定基礎。F-35模型、仿真和實驗室的發展已經為這些驗證任務建立了一個全面的基礎環境。與過去傳統飛機系統相比，F-35項目在建模和仿真方面進行了大量投資。這種投資非常成功，發揮了重要的作用。這項投資幫助F-35在實驗室環境中進行更全面的測試，減少了在飛機上的測試時間。此外，F-35項目中的許多模型都可在多個實驗室重複使用，避免了在重複開發、重新驗證和再集成驗證的大量工作。由於許多模型都是源自設計環境中，因此它們不僅逼真度高，而且在重用之前經過了大量驗證。基於設計環境，它們還受益於從飛行和靶場測試數據中獲取更新，有助於整個重用鏈條的一致性。F-35強調根據合同規範驗證系統能力。約43%的測試任務將在F-35實驗室中進行。這些測試任務中的許多只能在實驗室綜合環境中完成，例如擁有全套飛行硬體、F-35高保真模擬器和大型綜合戰術環境模型的實驗室。JSE這種虛實結合的測試、訓練方法是外場測試的一種增強和補充，在一定程度上緩解了可用空域不足的問題，是一種科學的IOT&E環境，能夠有效模擬在外場中無法模擬的高級威脅環境以及其他大量的敵我雙方實體，給五代機全面的作戰測試。
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