自明治天皇開始，神道教就成為了日本的國家宗教，興起「廢佛毀釋運動」，以致許多佛寺遭毀。雖然明治憲法承認宗教信仰自由，但崇拜神道成為日本國民的義務，成為統治國民的手段。當時在日語中稱為「國家神道」。明治維新執行王政復古、祭政一致，再次確立王朝時代以來的神社制度，展開神祇官復興運動，確立政教合一。在很多二戰前日本海軍拍攝的紀錄片中，常常能看到艦員和艦載機飛行員參拜艦內神龕的場面。
在這一大前提之下，日本的陸海軍也不免陷入到了神道教的氛圍之中。從二十世紀初開始，日本海軍的每一艘軍艦都會在艦內設立一個「艦內神社」，以求神明的庇佑。
「艦內神社」的正式名稱為「神宮別大麻奉齋所」，是設置在日本海軍艦艇內的神龕祠堂，作用是保佑艦艇武運長久和安全，也是賭上性命出戰的海軍將士們的精神支柱。艦內神社不單只把「別大麻」（特別的神符）貼在神龕進行供奉和參拜，可以說是把整個神社都「請」到了艦上，神龕裡放的是神社的模型，模型的大小則視軍艦的大小而定，驅逐艦、潛艇等小型艦艇一般只有神龕沒有宮殿模型。艦內神社的設置大致始於1905年日俄戰爭之時，但沒有詳細的記錄，最早供奉的記錄是1911年竣工的戰列艦「安芸」號的艦內神社，當時的神龕形式與之後的差別不大。
通常，軍艦在下水或竣工時，由神宮神部署（掌管伊勢神宮中附屬事業的政府機關）授予「皇大神宮別大麻」。這是皇大神宮（伊勢的神宮內宮）的祭神——天照大御神的神符中特別大但又限量分發的神符。根據神宮的宣傳雜誌《瑞垣》的「匯報」（每月的報告專欄）記載，不僅是戰列艦、航空母艦、巡洋艦、潛水母艦、布雷艦、炮艦、水上飛機母艦等鑲有菊花御紋章的軍艦，就連驅逐艦、魚雷艇、掃雷艇、特務艦及潛艇也供奉別大麻。
■ 保存至今作為博物館的「三笠」號戰列艦，它上面也有一個艦內神社，就是這個樣子。
■ 二戰時期在一艘呂級潛艇艙內拍攝的照片，艦內神社的神龕就在三名軍官的身後。
■ 1942年5月9日在馬紹爾群島誇賈林環礁，特設工作艦「浦上丸」號的艦員正在維修兵器，其後方就是該艦的艦內神社。
1930年制定的《神宮奉齋規程》第六條規定，皇大神宮別大麻在「軍艦或海外的公民團等」提交特別供奉的申請時「經審議後授予」，還另外規定了供奉別大麻的「初穗料」（祭祀錢物）。根據這項特別規定，1931年3月決定的「有關別大麻初穗料一項」中記載初穗料為「50日元」，這個金額相當於當時一名初級教師的工資。
不過，在此之前決議的「別大麻免費授予一項」（1924年4月）中記錄，通報艦「滿州」號艦長在申請領受皇大神宮別大麻之際，仿效之前海防艦「日進」號（第二代）、「金剛」號（第一代）的例子，希望在神宮神部署長判斷下同意「免費授予」，而且還希望今後再有軍隊申請也能同等處理。從此可知，之後關於艦艇的艦內神社都不再收取別大麻的初穗料。
在資料照片中常常看到的以白木模仿神社主殿製作的神龕通常祭祀3張神符，中央是皇大神宮別大麻，右邊是氏神神社（當地的神社）的神符，左邊則是崇敬神社（日常信仰的神社）的神符。
關於神社的選定，以水上飛機母艦「千歲」號（第二代，之後改裝為航母）為例，相關人員在調查第一代「千歲」號（1928年除籍的防護巡洋艦）的祭神時，連吳鎮守府也給不出明確的答案，故決定「重新選定祭神」，最後決定合祀「伊勢大神宮」和「本艦艦名來源的地方神社」。於是，1936年11月「千歲」號下水不久，久留米市市長在給吳海軍工廠廠長的信中說到，「千歲」是筑後河的古名，他推薦筑後河流域的高良神社（國幣大社）和水天宮（縣社）作為祭神。海軍方面也考慮到「筑後河是日本數一數二的名河，筑後流域也因為曾是南朝忠臣菊池一族奮戰之地而負有盛名」，便同意了市長的推薦。接下來，「千歲」號舾裝員長給久留米市市長發了一封公文——「千歲艦第三九之五（關於軍艦千歲祭神的決定）」（1937年7月23日），文中說：「（前略）本艦供奉的祭神決定合祀如下三社：（一）伊勢大神宮；（二）國幣大社高良神社（福崗縣）；（三）縣社水天宮（福崗縣）。」8月1日，《有關水上飛機母艦千歲的艦名與祭神》的冊子出版，除了派發給相關者、官公署學校，甚至還派發給500多名「筑後出身名人」。9月1日，「千歲」號舾裝員長池內正方大佐參拜了高良神社和水天宮，以及視察了筑後河沿岸。從這個例子當中能窺探到日本海軍與祭神所在的地域有著非常深厚的聯繫。
■ 伊勢神宮的神符，主要是貼在驅邪的玉串上。也是艦內神社供奉物之一。
關于氏神神社，如果是使用古國名為艦名的戰列艦，則從該國的一之宮（社格最高的神社）或艦名與社號（神社的名稱）相同的神社等請神。例如戰列艦「大和」號，從大和國的大和神社請神，「武藏」號從武藏國的一之宮——大宮的冰川神社請神，又如建造中途向航母改造的戰列艦「加賀」號，從加賀國（現石川縣）的一之宮——白山比咩神社請神，「山城」號戰列艦從山城國被敬為武神的男山八幡宮（現石清水八幡宮）請神。
■ 航母「加賀」號的艦內神社，規模較大，外面的神龕由白木製成，中間的供奉的是白山比咩神社，此模型也是由該神社贈送。
以山名作為艦名的戰列巡洋艦則從鎮守此山的神社請神。以戰列巡洋艦動工，中途改建航母的「赤城」號（赤城山的赤城神社）也是如此。在本文附錄中，介紹了在二戰中活躍的日本戰列艦祭祀的神社。
如上所述，關於艦內神社選擇哪個祭神，日本海軍沒有明確的規定，但通常會優先選擇艦名來源或與艦名有關的神社，當然，也有例外，特設水上飛機母艦「君川丸」號是由艦長與主計長商量後所選定的，與艦名完全無關，選擇的是主計長的父親任宮司的川崎稻毛神社，主祭神為武甕槌神。
此外，據說也有神社方面積極申請分祭神龕的例子，都農神社的永友謙二宮司回憶說：「我的曾祖父（第九代宮司）聽說長崎建造了戰艦（1918年就役的日向號），就寫信申請該艦供奉本神社的神龕。」
艦員對賜予神符的神社懷有強烈的崇敬心，每次在附近停靠的時候，艦長就帶領屬下前往參拜。據說全體乘員參拜氏神神社時，都會受到市鎮村長和實業家為首的當地人的熱烈歡迎。「我從祖父，也就是上一代宮司那聽說，昭和初期，戰艦金剛號停靠大阪港之時，乘員回收艦內神社的香錢箱裡的香錢，在艦長帶領下參拜神社（並供奉所回收的香錢）。」建水分神社的岡山博美禰宜（禰宜：神職的職稱之一，宮司的輔佐者）如是說。
另外，自1897年以來，事前提出申請即可允許軍隊參拜伊勢的神宮，但需要注意一些參拜的事項，如「軍隊參拜的位置注意區分內宮和外宮，前者的參拜位置在板垣南御門外石階下，後者的參拜位置在板垣南御門外」。在冠以神宮之名的戰列艦「伊勢」號上，艦隊每年一次停靠伊勢灣之時，就會從神宮招來神官，舉行一次艦內神社的臨時大祭，次日，「編成數百名的陸戰隊，軍艦旗在前，一面吹奏喇叭一面威風凜凜的在外宮內宮參拜，祈禱武運長久。」（摘自雷伊泰灣海戰時「伊勢」號艦長中瀨泝海軍少將的回憶）
■ 戰列艦「霧島」號捐獻給霧島神宮的「霧島」號模型。
戰時，各軍艦的情報屬於高度機密，特別是關於日美戰爭中軍艦戰沉的消息，就連神社方面即使過了很久也不知道這個消息。例如戰列艦「山城」號，1944年10月25日在雷伊泰灣海戰（蘇裡高海峽）中被擊沉，頗具諷刺的是，石清水八幡宮在「山城」號沉沒的第二天記錄的《社務日誌》如下所示：「10月26日 星期四 天氣晴朗。戰果公布：我艦隊24日向在比島東方海面的敵機動部隊及運輸船隊以海空聯手之勢發起猛烈攻擊，擊沉了敵空母、戰艦等7艘在內的16艘艦船。（後略）」想必石清水八幡宮做夢也沒想到「山城」號已戰沉。
■ 上兩圖為日本在戰後拍攝的電影《從夏威夷到馬來亞的海上戰鬥》截圖，表現的是襲擊珍珠港之前，日本飛行員在一艘航空母艦的艦內神社祈福。
戰爭結束後，根據GHQ（駐日盟軍總司令）的指令，即1945年12月下達的「神道指令」，日本推進政教分離。為此，1948年設立的海上保安廳和1954年成立的海上自衛隊的艦艇按照慣例設祈願航海安全的「艦內神社」之際，不能在政府（所管省廳）的關照下進行祭祀了。1947年5月施行的日本國憲法也有相關規定，如第二十條規定：「禁止國家機關進行宗教性活動」，第八十九條規定：「禁止向宗教組織支出公款」，這使得各護衛艦幹部只能私人出錢籌措「請神預算」。
關於艦員參拜元神社一事，戰後也與戰前不同，不再興師動眾，只是艦長與數名幹部前去參拜。這明顯是受到了反對公務員（當然包括自衛官）與神社過度關係的市民舉行的抗議活動的影響。
「神道指令」頒布後，全國的護國神社都不能舉行對戰死陸海軍將士的慰靈活動，甚至大部分神社被更改了社號。其中，戰前軍艦分祭神龕的神社也不得不做出相應的對策，或者從社號碑削去社格（戰前國家給予的神社的高低級別，如官幣社、國幣社、府縣社、鄉社、村社等），或者隱藏來自海軍的戰利品和捐獻品。日吉大社的須原紀彥權禰宜說：「10年前在翻新院內倉庫地板時，發現了戰艦比睿號的大型模型。據說是戰前艦員的捐獻物。」這番話很好的印證了上述神社的行為。
1952年，舊金山和約生效（日本恢復獨立），護國神社的名稱也重新恢復，雖然神社與國家、軍隊（自衛隊）的關係仍處於斷絕狀態，但是，在軍艦分祭神龕的神社到了戰後依然在該艦沉沒之日舉行由戰友會主持的慰靈祭。只是由於前述的各種限制，與在各地海軍墓地舉行的慰靈會不同，自衛隊相關人員和地方首長不能隨便出席而已。
如今，大和神社在每年的4月7日都會舉行「戰艦大和第二艦隊戰歿者慰靈祭」。大和神社的鹽谷陸男宮司說：「在我於2002年來到該社以前，慰靈祭就一直沒斷，2005年大和博物館建成後，詢問者和來訪者突然增多起來。」
另外，在橿原神宮，雖說該神宮沒有分祭神龕，但橿原卻是日本建國之地，從1981年起每年在若櫻友苑內舉行「軍艦瑞鶴戰歿者慰靈祭」。
■ 海上自衛隊補給艦「十和田」號上的艦內神社。
■ 在奈良縣天理的大和神社舉辦的「戰艦大和御靈祭」。
一、「金剛」號
建水分神社，位於大阪府南河內郡千早赤阪村水分357。原為府社，祭祀天御中主神等五神。是鎮守金剛山的神社，也是被敬為武神、忠臣的楠木家的氏神。大鳥居的扁額是江戶時代仿造楠木正行公捐獻的木額之物。該神社與日軍關係深厚，社號碑上的「府社」二字在戰後以水泥塗抹掩蓋。
■ 建水分神社
二、「比睿」號
日吉大社，位於滋賀縣大津市坂本5-1-1。原為官幣大社，據傳創建於崇神天皇7年（公元前91年），是日本全國近4000個日吉/日枝/山王神社的總社。平安時代以後，作為首都表鬼門（東北）的神社或者天宗臺的護法神受到崇敬。現在還保存有「比睿」號作為御召艦時代的紀念寫真帖和乘員捐獻的模型。
■ 日吉大社
■ 「比睿」號戰列艦上的艦內神社。
三、「榛名」號
榛名神社，位於群馬縣高崎市榛名山町849。據說綏靖天皇時期（公元前7~6世紀）開始供奉，主祭神為譽為火神的火產靈神與譽為土神的埴山姬神。從高崎站乘坐巴士到一之鳥居需要1小時，接著又需要2小時登上幽靜的山道到達正殿。這裡收藏了許多乘員志願捐獻的有著「榛名」號的繪畫。
■ 榛名神社
■ 1935年在「榛名」號上拍攝的祭典，此時艦內神社被請出擺放在甲板上。
四、「霧島」號
霧島神宮，位於鹿兒島縣霧島市霧島田口2608-5。這裡是對高千穗峰的山嶽信仰的起源，據傳社殿建於欽明天皇時期（公元6世紀）。主祭神為捧持三種神器與稻穗從天降到高千穗峰的瓊瓊杵尊，也為戰國時代稱霸九州的島津家的崇敬。這裡收藏有前乘員帆足宗次捐獻的「霧島」號大型模型。
■ 霧島神宮
五、「扶桑」號
扶桑神社。無法確認氏神神社，《扶桑應援歌》中有一句歌詞為「比富士山更高，那是我艦之名」，由此推測可能是臺灣（新高山或次高山）供奉的神社。
■ 無法確認該艦的氏神神社，此照是1934年8月11日該艦停靠伊勢灣時，從神宮招來神官在艦上舉行臨時大祭時所攝。
■ 「扶桑」號艦內神社近景。
六、「山城」號
石清水八幡宮，位於京都府八幡市八幡高坊30。原為官幣大社，為「二所宗廟」（祭祀皇祖神）之一，另一個為伊勢神宮。因為宇佐神宮（宇佐八幡宮）的神諭，貞觀2年（公元860年），清和天皇下令建造該神社，作為武神受到崇敬。據傳在元軍來襲之際，那場神風是該社射出的箭所引起的。
■ 石清水八幡宮
七、「伊勢」號
皇大神宮，位於三重縣伊勢市宇治館町1（神宮司廳）。該神宮可以說是伊勢的神宮（共125座）的中心，即「內宮」。除「伊勢」號以外，所有的軍艦都供奉別大麻（特別的神符），軍艦停靠伊勢灣之際，供奉軍艦旗，艦長等全體人員著陸戰隊的服裝到神宮進行特別參拜。這裡沒有任何海軍的慰靈碑、忠魂碑等。
■ 皇大神宮
■ 「伊勢」號戰列艦上的艦上神社，攝於1925年。
八、「日向」號
都農神社，位於宮崎縣兒湯郡都農町大字川北13294。既是日向國一之宮又是原國幣小社，祭神為大己貴命。相傳離開高千穗宮前去東徵的神武天皇在乘船離開之前順道進行了一次祭祀，另外又傳說社殿是在神功皇后越過日本海徵討三韓成功後所建造，因此，該神社一直倍受日本海軍崇敬。
■ 都農神社
■ 「日向」號戰列艦上的艦上神社。
九、「長門」號
住吉神社，位於山口縣下關市一之宮住吉1-11-1。既是長門國一之宮又是原官幣中社。仲哀天皇9年（公元200年），神功皇后徵討三韓之際，未傷一兵一卒就獲勝，為感謝神恩，在該神社開始祭祀住吉大神。之後，該神社也祭祀與三韓徵討有著深厚關係的神功皇后和竹內宿禰。「長門」號在停靠吉見灣時，相關者等進行了特別參拜。
■ 住吉神社
■ 1937年祭典時拍攝的「長門」號戰列艦艦內神社。
十、「陸奧」號
巖木山神社，位於青森縣弘前市大字百澤字寺澤27。既是陸奧國（津輕國）一之宮又是原國幣小社，於寶龜11年（公元780年）在巖木山山頂建造社殿，是守護日本北門的神社。祭神除了顯國魂神，還祭祀平安時代後期任陸奧鎮守將軍的坂上刈田麻呂。
■ 巖木山神社
■ 「陸奧」號戰列艦上的艦上神社。
十一、「大和」號
大和神社，位於奈良縣天理市新泉町306。原官幣大社，崇神天皇6年（公元前92年）創建。正殿祭祀日本大國魂大神等三神，在祖靈社祭祀第二艦隊戰歿者。如今每年的4月7日舉行「戰艦大和第二艦隊戰歿者慰靈祭」，8月7日舉行「戰艦大和御靈祭」。從一之鳥居到現在的正殿的距離等同於「大和」號的全長，為263米。
■ 大和神社
十二、「武藏」號
冰川神社，位於埼玉縣埼玉市大宮區高鼻町1-407。既是武藏國一之宮也是原官幣大社，是東京都、埼玉縣附近約200座冰川神社的總社。主祭神為治服八岐大蛇的須佐之男命等三神，與「大和」號同為當時最高軍機的「武藏」號的請神也是在極度機密的情況下進行。1994年10月24日進行最後一次慰靈祭後取消了祭祀活動。
■ 冰川神社
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