首先從現代角度看，巴基斯坦從1947年建國時起就是一個有著先天缺陷的國家，而且這個缺陷很直觀，就是它的東西兩個部分之間不連著，兩者之間的間距達到了1600公裡，而且阻隔著這兩部分的是巴基斯坦獨立之後長期的對手印度。而在近代歷史上，這種陸地領土不接壤，特別是被其它國家所隔開的國家，通常都是很難維持的。
（巴基斯坦先天的領土布局就是其致命弱點之一）
巴基斯坦這種領土格局的形成是巴基斯坦這個國家建立初衷的直接反映。因為巴基斯坦本質上就是英屬印度殖民地伊斯蘭教徒單獨組成的一個國家，而在英屬印度殖民地，伊斯蘭教徒恰好分布於東西兩端，中間地帶則是印度教徒的聚居地，所以巴基斯坦只能接受這種領土格局了。
而與領土間隔相伴的是，巴基斯坦東西兩部雖然都是伊斯蘭教徒，但民族構成卻差異極大。西巴基斯坦是一個民族構成非常複雜的區域，其最大的民族旁遮普人也只佔其總人口的40%多，除了旁遮普人之外，西巴基斯坦還有3個主要民族，另外還有幾十個小民族。而東巴基斯坦則是一個民族構成極其單一的地區，其主體民族孟加拉人在其人口中佔比超過95%。而且雙方的分歧還不止不此，因為巴基斯坦雖然是以伊斯蘭教立國，而且東巴基斯坦的主體民族孟加拉人主要也是信奉伊斯蘭教，但其中卻也有差不多十分之一是信仰印度教的。所以印度從一開始就在東巴基斯坦擁有一定的影響力，且西巴基斯坦的印度教徒比例則要低的多。
所以從巴基斯坦建國開始，東西兩部之間的矛盾就一個接一個。首先在建國之後，為了迎合西巴基斯坦多民族共存的現實，巴基斯坦就把烏爾都語定為了國語。而烏爾都語和印度的印地語基本一樣，只是文字不一樣，在巴基斯坦境內本來以其為母語的人很少，但因為歷史原因，這種語言成為了不同民族之間交流的通用語。所以將其定為國語在多民族共處的西巴基斯坦是各方都能接受的，但在民族構成非常單一的東巴基斯坦則受到強烈抵制，東巴基斯坦要求將其通用的孟加拉語也定為和烏爾都語並列的國語，但沒有得到接受，語言問題此後成為了東西巴基斯坦之間一個無法解決的長期爭議問題。
（巴基斯坦國父珍納宣布烏爾都語為國語的演講現場）
其次的一個矛盾是，東西巴基斯坦的雖然人口基本相當，東巴基斯坦可能還更多一些，但從巴基斯坦建國開始，巴基斯坦的核心區域就是西巴基斯坦，東巴基斯坦的政治勢力在巴基斯坦一直無法取得主導權，在財政撥款比例上也一直不如西巴基斯坦，而東巴基斯坦對此始終不滿。另外在巴基斯坦軍隊裡，來自東巴基斯坦的軍官比例也一直很低，到1965年只有5%左右。
另外東西巴基斯坦雖然都是伊斯蘭教地區，但東巴基斯坦人相對來說信仰宗教沒有那麼虔誠，其社會的世俗化程度要高一些，因此雙方之間也存在著一定的文化衝突。而這些矛盾，最終在1971年演變成了直接的軍事衝突。
導致東巴基斯坦局勢急劇緊張的直接起因竟然是一場大風。1970年11月12日，一個名為波拉氣旋的超強颶風在東巴基斯坦登陸，隨後很快在當地造成了巨大破壞，死亡人數可能高達30萬人到50萬人。而巴基斯坦政府在災難來臨時的應對引發民間廣泛不滿，導致東西巴基斯坦之間的矛盾驟然激化。
（1970年的超級颶風波拉氣旋）
孟加拉獨立運動在這種不滿情緒中迅速成了氣候，在不久之後舉行的巴基斯坦全國大選裡，東巴基斯坦政黨孟加拉人民聯盟贏得了東巴基斯坦169個席位中的167席，這甚至使他們在總共313席的巴基斯坦議會裡都成了第一大政黨。但西巴基斯坦地區的政治勢力是肯定不會把全國的政權交給東巴基斯坦政黨的。所以東西巴基斯坦之間又陷入了政治混亂之中。
1971年3月25日，孟加拉人民聯盟宣布東巴基斯坦獨立成為孟加拉國。之後巴基斯坦政府立即將其首領拉赫曼逮捕，東巴基斯坦爆發叛亂，巴基斯坦政府軍介入，但很快部分來自東巴基斯坦的士兵譁變，東巴基斯坦陷入了極其血腥的內戰之中。
（1971年12月16日，東巴基斯坦巴軍籤字投降現場）
而自印巴分治之後就和巴基斯坦競爭激烈的印度很快抓住了巴基斯坦的這一變局，迅速通過了支持東巴基斯坦獨立的決議，並以巴基斯坦政府在東巴基斯坦進行種族屠殺為由在印巴邊境部署了大軍，還在國際社會進行了大量的外交與政治準備。1971年11月21日，印軍向巴軍發起小規模邊境進攻，巴軍被迫還擊之後，印度以此為藉口對東巴基斯坦發動了全面進攻，並很快在東巴基斯坦戰場取得了絕對優勢。12月16日，東巴基斯坦巴軍向印軍投降。