2009年
1月14日，菲律賓海軍正式組建了「海軍快速反應艦隊」，以應對「任何類型的國家安全威脅」。這支部隊的正式名稱是「菲律賓艦隊—陸戰隊戰備部隊」，總部設在首都馬尼拉，由預先部署的海軍和海軍陸戰隊組成，有隨時動用海軍、空軍和陸軍武器裝備的特權。對於作戰目標，「海軍快反艦隊」高級指揮官直言不諱地說：「我們就是為了強化對南海諸島各種威脅的反應速度。」
2月17日，菲律賓國會通過第9552號共和國法案《領海基線法案》，非法將中國的黃巖島和所謂「卡拉延群島」（即菲律賓聲索的中國南沙群島核心島礁）劃為菲律賓的「所屬島嶼」。
2月18日，中華人民共和國外交部就菲律賓國會通過《領海基線法案》發表聲明，指出：「中國政府在此重申：黃巖島和南沙群島歷來都是中國領土的一部分。中華人民共和國對這些島嶼及其附近海域擁有無可爭辯的主權。任何其他國家對黃巖島和南沙群島的島嶼提出領土主權要求，都是非法的，無效的。」
1967年5月菲律賓官方出版的菲海岸與地質勘測部門繪製的地圖，圖上菲律賓的傳統海疆不包括中國南沙群島（2009年2月23日新華社記者許林貴拍攝）
3月10日，菲律賓總統阿羅約籤署了國會通過的第9552號共和國法案《領海基線法案》。
3月12日下午，中國外交部部長助理胡正躍緊急召見菲律賓駐華大使布蕾迪，就菲總統阿羅約籤署《領海基線法案》一事提出嚴正交涉。胡正躍重申中方在南海問題上的原則立場，強調任何其他國家對黃巖島和南沙群島的島嶼提出領土主權要求，都是非法的，無效的。中方要求菲方恪守承諾，立即停止一切損害中國主權權益和使南海爭議複雜化、擴大化的行動。
3月13日～20日，中國噸位最大、設備最先進的漁政執法船——「中國漁政311」船（原中國海軍「南救503」）巡航我國南海的西沙海域，執行漁政管理任務，宣示中國對南海海域的主權。菲律賓GMA新聞電視臺網站16日報導，菲律賓國防部長吉爾伯託·特奧多羅（Gilberto Teodoro）稱，菲律賓政府不會被中國向南海派遣「中國漁政311」執法船的舉動所嚇倒。
南海區漁政局「中國漁政311」執法船（資料照片）
3月14日，中國駐菲律賓大使劉建超拜會菲律賓外交部長羅慕洛，雙方承諾將繼續為推進雙邊關係而努力。對菲律賓國會通過《領海基線法案》，劉建超大使重申了中方立場，強調黃巖島和南沙群島歷來是中國領土的一部分，中國對這些島嶼及其附近海域擁有無可爭辯的主權。劉建超說，中菲雙方應共同維護南海和平與穩定，致力於通過對話解決分歧。中方願本著擱置爭議、共同開發的原則，繼續推進同菲律賓等有關各方在南海的合作。羅慕洛表示，菲認真遵守《南海各方行為宣言》，願與中方繼續開展在南海的合作。
3月27日，香港知名專欄作家陶傑在香港英文雜誌《HK magazine》上誣稱菲律賓是「僕人國家」，蓄意挑起菲民眾反華情緒。他以「The War At Home」（家裡的戰爭）為題撰文稱，菲律賓聲稱擁有南沙群島主權，作為「愛國者」的他萬萬不能忍受，因在香港就有超過13萬名菲律賓傭工，「作為僕人國家，不能對主人還擊」。
4月8日，菲律賓政府向聯合國大陸架界限委員會提交了「大陸架外部界限主張案」，試圖將屬於我國的南海部分島礁作為菲領海基點以確定其大陸架外部界限，擴大管轄海域範圍。
4月26日，據菲律賓媒體報導，菲當局在菲北部的巴丹群島省海域逮捕了中國漁船上的4名漁民。巴丹群島省警方稱，4名中國漁民因在該省海域內非法捕魚而被逮捕，並準備以違反菲律賓漁業法的名義提起刑事起訴和行政起訴。
6月2日，美國國防部長蓋茨訪問菲律賓時，在一個公開的記者招待會上表示，美國對南沙群島問題不持立場。他說：「我們一直都希望所有有關方面能明確地、和平地解決問題。」這是2009年初南海爭議升級以來，美國政府最高級別官員在此問題上的首次表態。
6月11日，中國海軍一艘常規潛艇在菲律賓蘇比克灣附近海域與美國海軍「約翰·麥凱恩」號（USS John S. McCain，DDG-56）飛彈驅逐艦的拖曳聲納相撞。
美國海軍「約翰·麥凱恩」號飛彈驅逐艦（資料照片）
水面艦艇拖曳聲納反潛原理示意圖
8月14日，中國駐菲律賓大使劉建超就中國南沙禮樂灘石油問題接受菲律賓媒體採訪時表示，菲律賓政府不應批准企業在中國南海進行石油開採。劉建超表示，如果菲政府這樣做將被視為侵犯中國主權，導致地區關係再度緊張。
12月11日，廣東省海警第一支隊四大隊的「中國海警44101」艦和第二支隊一大隊的「中國海警44044」艇組成編隊，從深圳和汕頭港分別起航，遠赴巴林塘海峽及巴士海峽以西海域，與菲律賓海警船協同作戰，執行「70614E」號緝毒行動。我編隊在南海東沙群島海域抓捕了載有近兩噸古柯鹼的香港流動漁船「粵汕尾0655」號，抓獲船上5名犯罪嫌疑人。犯罪嫌疑人在落網前，將船上毒品全部拋入海中。