總督和巡撫是清朝管理地方的兩個要職，總督與巡撫都是地方大員、一屆封疆大吏，但總督是正二品（加兵部尚書銜後為從一品）、巡撫是從二品，總督的管理範圍、權利也要比巡撫大一點，可清朝卻經常出現巡撫不聽總督命令、不把總督放在眼裡的情況，這究竟是怎麼回事呢？
總督是管轄兩、三省的行政、軍事最高長官，相當於區域最高行政長官兼軍區司令，清朝一共設立了八個總督，分別是直隸 、陝甘、閩浙、兩湖（即湖廣）、兩廣、四川、雲貴等，由於總督屬於中央派遣性質，所以通常會加尚書銜，而且總督都是由文臣擔任，目前是利用文臣制約地方武將。
巡撫則是管轄一省的最高行政長官，擁有本身的最高行政權力，居於三司之上，相當於如今的省長，從二品，但是通常會加侍郎銜，變成正二品，但是絕大部分巡撫管轄的省份也屬於總督的管轄之內，而且巡撫的官銜也低於總督，所以名義上巡撫的等級是要低於總督的，但是也有兩個例外，一個是河南巡撫，另一個是直隸總督，河南省很特殊，因為清朝的八個總督所管轄的範圍都沒有覆蓋到河南省，所以河南巡撫又被成為天下第一巡撫，而直隸總督的管轄範圍覆蓋京畿，所以直隸總督在八大總督中排名第一。
雖然名義上總督的官職權利要比巡撫大，但是在清朝法律中，總督與巡撫並沒有規定明確的隸屬關係，總督與巡撫向中央奏報往往是雙方聯名上報，但是一旦出現總督與巡撫意見不同時，往往巡撫不聽總督的，總督管轄不了巡撫，那就會出現這樣一種尷尬情況，巡撫與總督對著幹。
例如在晚清時期，湖廣總督張之洞欽定了張三做某地知縣，但是本省的巡撫卻不同意，指定王三做此地知縣，這就讓負責官員任命的布政使十分為難，兩位都是最高長官，得罪誰也不行，於是上演了一場十分滑稽的鬧劇，那就是布政使任命張三與王三同時做知縣。