解放初期，在大批武裝土匪被集中清剿後，各地還潛伏著許多國民黨特務及其他反革命分子。他們不甘心失敗，繼續進行造謠、煽動、攻擊和暗殺等活動。據不完全統計，1949年5月至12月，湖州、嘉興地區共發生殺害幹部案件120多起，被害幹部、戰士70多人；匪特內外勾結、破壞人民政權的事件20餘起；各種暴動、騷亂事件40多起。
1950年6月韓戰爆發後，這些反革命分子以為「第三次世界大戰」即將來臨，蔣介石「反攻大陸」的時機已到，因而加緊從事破壞活動，反動氣焰囂張。同時，舊社會遺留下來的「聖母軍」「一貫道」等反動會道門組織也大肆活動，編造「神言讖語」，詆毀黨的政策，造謠惑眾，擾亂社會秩序。因此，堅決鎮壓一切反革命活動，嚴厲制裁一切危害人民的反革命分子，成為鞏固新生人民政權的緊迫任務。
1950年7月13日，專署召開公安會議，研究部署鎮壓反革命運動，鎮反的主要對象是從事反革命活動的首惡分子、罪大惡極的惡霸和搶劫殺人、擾亂社會秩序的匪特。此後，各地開始清查搜捕各類反革命分子，並從8月中下旬起開展對反動黨團的登記工作，然後由各縣分別舉辦培訓班進行思想改造。
對反革命分子的清查搜捕和登記改造，初步安定了社會秩序，但因為不少幹部存在麻痺輕敵思想，在執行「鎮壓與寬大相結合」的政策時，「寬大」有餘而「鎮壓」不足，一些首要的反革命分子沒有受到應有的制裁，使群眾感到不安。這種情況在全國具有普遍性。1950年10月10日，中央發出《關於鎮壓反革命活動的指示》，要求各級黨委堅決糾正「寬大無邊」的偏向，按照「首惡者必辦，脅從者不問，立功者受獎」方針，全面執行「鎮壓與寬大相結合」的政策。
11月，地委和各縣委相繼成立鎮壓反革命活動指揮部，大張旗鼓地組織開展第一階段的鎮壓反革命運動（即高潮鎮反），打擊的重點對象是特務、土匪、惡霸、反動黨團骨幹及反動會道門頭子。各地按照專門機關與群眾路線相結合、鎮壓與寬大相結合的方針政策，召開各界代表會、幹部大會、控訴會和公審會等，揭發反革命分子的罪行，發動群眾同反革命分子作鬥爭，運動很快形成了高潮。到1951年1月下旬，共逮捕反革命分子2800多名，破獲潛伏匪特案14起，繳獲長短槍28支，子彈3000多發，反動證件1.18萬餘件，有力打擊了反革命勢力的囂張氣焰。
1951年2月，中央人民政府頒布《中華人民共和國懲治反革命條例》，為鎮反鬥爭提供了法律武器和統一的量刑標準。到5月，湖州地區清查隱藏在社會上的反革命分子基本告一段落。從6月起，高潮鎮反轉入重點清查隱藏在政府機關、工商企業、文教單位、民主黨派和群眾團體等內部的反革命分子，清查隱藏在共產黨內的反革命分子。
10月底，全區高潮鎮反基本結束，共逮捕反革命分子9684名，佔總人口的3.4‰。其中判處死刑2960名，死刑緩期執行243名，有期徒刑4366名，管制1323名。
從11月底開始，地區組織開展第二階段的鎮反運動（即中潮鎮反）。11月28日，地委制訂了鎮壓反革命運動的計劃，提出以取締非法宗教組織「聖母軍」「一貫道」等反動會道門組織為重點，堅決依靠群眾，把廣大群眾更普遍更深入地發動起來，儘快徹底解決鎮反不徹底的地區和問題，以保障國家經濟建設和社會安定。
1952年6月19日晚，公安部門公開逮捕湖州市和吳興縣、德清縣的「聖母軍」骨幹分子9名，對湖州市和吳興縣南潯鎮、雙林鎮及德清縣新市鎮等六處天主教堂依法進行搜查，繳獲軍用地圖、照片、反動文告、組織名單、軍旗、無線電器材等罪證。6月20日，湖州市軍管會和吳興、長興、德清三縣人民政府宣布取締「聖母軍」，要求該組織成員辦理登記退團。
在成功取締「聖母軍」之後，10月初，各縣（市）採取行動，以取締「一貫道」「同善社」「九宮道」「大刀會」等為重點，全面取締各類反動會道門組織。到1953年春，共取締反動會道門組織17種，封閉壇堂3800多個，逮捕反動道首347名，登記一般道首9400餘名，退道道徒21.4萬餘名，查獲道產房屋86間和大量金銀貨幣財物及道具。這樣，舊中國長期存在的各種會道門組織，遭到了毀滅性打擊。
從1952年11月起，地區的鎮反運動進入第三階段（即三期鎮反），也稱水上鎮反，主要任務是徹底肅清殘留在城鄉、水陸、山區、沿海的反革命分子，並開展鎮反覆查。
水上鎮反首先在湖州市試點。取得經驗後，1953年2月6日，地委成立民船改革委員會，建立運河水系和苕溪水系兩個指揮部，在全區開展水上民主改革及鎮壓反革命運動，打擊反革命分子、封建把頭及走私販毒活動，建立水上民主專政。7月底，全區水上鎮反運動基本結束，湖州地區共查出隱藏和潛逃在船上的反革命分子175名，逮捕判刑76名，其中判處死刑9名。
歷時兩年多的鎮壓反革命運動，徹底清除了舊社會遺留下來的殘餘反動勢力，各地城鄉出現了從未有過的安定局面，從而保證了土地改革、抗美援朝和其他社會改革的順利進行，保障了黨在恢復和發展國民經濟時期各項中心工作的順利實施，並為以後的社會主義改造和社會主義建設創造了有利條件。