與傳統「臺獨」相比，蔡英文時代的「轉型正義新臺獨運動」，在終極目標追求、社會矛盾運用、基本依靠力量、政黨運作機制等方面並無區別，區別主要是策略方面，其特點十分突出、手法變化很大、靈活性務實性謀略性更強。
一是「臺獨」的實現形式更加靈活務實。不一定直接「建國」，不一定「法理建國」，不一定與大陸敵對，不一定尋求全面「國際全面承認」（「踏實」地默認有臺灣這個「獨立實體」即可）。更加務實，暫不求其名，但要求其實。這是大陸崛起、國際現實、「臺獨」自身長期教訓等因素制約下不得已的選擇。
二是「臺獨」的國際路徑更加以迂為直。偏重「從國際走向兩岸」，不再走先與中國大陸分家，再尋求國際承認的老路。而是反其道而行之，配合國際遏華戰略，加入遏華戰略體系，迎合對付中華民族需要，爭取成為國際反華圍堵圈中的正式一員。
三是「臺獨」的兩岸策略更加低調溫和。不再過分刺激大陸以求島內認同、凝聚「反中」民意，不唐突突進，儘量避免與大陸迎面相撞、戰略攤牌。而是先軟化大陸立場，以自認為大陸可以「忍受」的尺度推進「臺獨」，與大陸漸行漸遠。
四是「臺獨」在島內的推進路線更加講求章法。不再重複陳水扁時代用政治動員、「政府」權力強行塑造「臺獨」體系的老路，而是走「解構—重建—認同—新臺灣」路線。從瓦解主要政敵國民黨入手，從政治、歷史、文化角度解構國民黨、「中華民國」、「一個中國」既有體系，再造新的政治認同，進而逐步建構起「新臺灣」政治、歷史、文化、經濟、社會體系。「新臺獨運動」 是戰略清晰戰術詭詐的「臺獨」，是先解構既有歷史文化社會共識再推動政治「建國」進程的「臺獨」，是從「和平分立」到「和平分離」的「臺獨」。
五是推進「臺獨」的具體作為更加柔軟隱蔽。
一是以「『中華民國』是臺灣」為指向的「政治體制」改革。如「修憲」、「政治治理機制」改革、「行政體制」改革、「行政區劃」改革等。「修憲」重在強化「治權臺澎金馬化」，進一步淡化與大陸時代「中華民國憲法」的傳承關係；「政治治理機制」改革重在深化「本土化」，以落實「民主人權」、「公民社會」、「地方自治」等理念為由，強化政治治理的「在地化」機制；「行政體制」改革重在突出「臺灣主體性」，切割與大陸的兩岸一國關係。
二是不遺餘力在文化教育領域培植「臺灣主體意識」。開動宣傳機器，策動學生帶頭，利用民意做文章，在文化教育的研究、教學、展示、推廣等領域連續不斷、大力度進行。核心是修改教科書、突出臺灣文化、推出臺灣語言和文字範式。
三是相機在社會領域「去中國化」。包括「政府機構」、公共設施、媒體宣傳、官方活動、民間儀式，乃至涉及民眾衣食住行的制度、規範、行為準則、言行習慣等等，逐步清除其涉及「中國」、昭示「兩岸一中關係」的內容與形式，構建或濃厚「臺灣」、「本土」色彩。
四是深化「軍隊臺灣化」改造。包括調整臺軍的政戰教育、組織人事、軍事戰略、體制編制、建軍備戰、對外合作、兩岸互信機制政策等，以及換發各類涉及中國的衣飾標誌，更改有「中國」含義的各類符號、命名，重修源自大陸時代的表彰獎勵名稱規則等等。
五是修訂相關法律。通過 「修法」、「立法」、「判例」等手段，徹底梳理、清除不利「臺獨」生存發展、有利統一生根發芽的各層次法律規定，建構「中華民國是臺灣」的法律制度體系，拔除對「臺獨」的法制威懾，並在法律上建立起鼓勵「臺獨」在島內紮根、成長、壯大的保障機制。還會持續打壓反「臺獨」政黨、社會團體及統派。
總之，蔡英文和民進黨當局推動的「轉型正義」，表面上是清算國民黨「獨裁統治」，實質是藉助清算國民黨清算「一個中國」。蔡英文就職演說中反覆強調，要交給臺灣人民一個「新臺灣」。不是新「中華民國」，更不是「新中國」。現時的臺灣已經實現「民主化」，沒有清算的必要。那麼這個新臺灣概念的「新」字的內涵，就不會是更加「民主」，因為世界上恐怕沒有一個正常的地方比臺灣地區更「民主」了。蔡英文的這個「新」，只能理解為衝著「中華民國」這一「舊法統」、「一個中國」這一「舊憲政體制」而來。任何在臺灣島內長期生活過的人，不會有別的理解。從這個意義上說，蔡英文的「轉型正義新臺獨運動」的路線圖，更像英國戰略學家利德爾·哈特的「間接路線戰略」，她要效仿古希臘的帕裡斯。
從手段運用的變化看，「臺獨」大約經過武裝暴動、「社會運動」、「法理臺獨」、「轉型正義」四個發展階段，「轉型正義」是最新階段。早期「臺獨」分子幻想通過暴力推翻國民黨政權，建立「臺灣共和國」。1980年代臺灣逐步走向「民主化」過程中，轉而通過發動「社會運動」擴大影響，爭取民意支持。開放選舉後，在推動「社運」的同時進入「中華民國」體制，奪取各級政權，再利用政權力量推動「法理臺獨建國」。2000年至2008年陳水扁「執政」期間碰壁之後，「臺獨」經過一段被主流民意唾棄的「黑暗時代」。2010年代中期，以「太陽花學運」為標誌，新型「臺獨」異軍突起。進入蔡英文執政時代，轉而採取 「轉型正義」手段推進。這種「新臺獨運動」外柔內剛，欺騙性更強、危害更大。