16世紀歐洲列強憑藉其領先的航海技術和冒險精神，從西面和東面兩個方向來到了東南亞。歐洲人的到來，不僅帶來了東西方的相互貿易，也帶來了西方的文化，包括宗教、政治體制、文學藝術、生活方式等。經過約4個世紀的殖民侵略和統治，東南亞地區在固守原有文化的同時，或多或少也吸收了西方文化。尤其是在宗教方面，很多人皈依了天主教，其中菲律賓和東帝汶兩國則是變成了以信仰天主教為主的國家。葡萄牙一馬當先。在眾多侵略、佔領東南亞的西方殖民統治者中，葡萄牙儘管國家不大，但它是一馬當先，首先來到了東南亞。
1511年葡萄牙人佔領馬六甲，在馬來群島各地建立貿易站，但由於本國人口少、實力弱，難以長期支撐，加上粗暴傳教，反而使更多的當地人皈依伊斯蘭教。葡萄牙統治馬六甲達130年。到17世紀末，幾乎喪失所佔的東南亞領地，僅剩帝汶島的一部分。 西班牙跨太平洋而來。緊隨葡萄牙之後到東南亞的是西班牙人。與葡萄牙人往東跨印度洋來到東南亞不一樣的是，西班牙人是從美洲往西跨太平洋而來到東南亞。西班牙的麥哲倫率領的船隊，1521年橫跨太平洋，從東面來到馬來群島。
1529年，葡、西兩國籤訂協定，西班牙放棄摩鹿加群島，葡萄牙允許西班牙徵服菲律賓群島。西班牙人認為，要長期佔領菲律賓，唯有改變當地人的心態，也就是要讓菲律賓人信奉天主教。經過西班牙在菲律賓300多年的殖民統治，菲律賓已經成為亞洲一個天主教人口最多的國家，也是東方西化程度最高的國家。西班牙人1565年徵服宿霧島，1571年徵服馬尼拉，馬尼拉成為傳播天主教的總部，使當地的穆斯林逐漸消退，到1878年蘇祿蘇丹最終投降。西班牙殖民者很重視傳播天主教，梵蒂岡派駐馬尼拉的大主教的地位往往高於西班牙派駐菲律賓的大總督。由於西班牙殖民者吸取在中美洲的殖民經驗教訓，對菲律賓的統治很多是基於宗教的考量，儘可能不屠殺當地人，不極端地剝削勞動力，不開採礦藏，不建立種植園等，致使一直到西班牙人在19世紀末結束在菲律賓的殖民統治時，當地的經濟形態沒有大的改變。 荷蘭人唯利是圖的殖民統治。
16世紀末，荷蘭人和英國人同時來到馬來群島從事香料貿易。1602年，荷蘭成立「聯合東印度公司」，與此同時，英國人也成立「東印度公司」。1623年荷蘭人殺害了安汶島上的英國人，迫使英國人專心於印度的殖民統治，荷蘭人壟斷了印度尼西亞群島的貿易。尤其是1641年，荷蘭人從葡萄牙人手中奪去了馬六甲，從而控制了馬六甲海峽和巽他海峽。早期，荷蘭人在東南亞的活動主要是為了貿易，而不把重點放在領土上，也不關切傳播宗教和當地人的福利。荷蘭人主要是通過與當地的土著君王籤訂協約來控制該地區的行政。只要威脅到其貿易利益，荷蘭人就會全力以赴加以幹涉，甚至兼併其土地。到1770年，荷蘭確立了在印度尼西亞群島的權威。一直到18世紀末，由於荷蘭人只顧自己的經濟利益，很少直接管控當地居民，所以當地居民的經濟、文化生活未受到歐洲文明大的影響。伊斯蘭教在印度尼西亞群島得以不斷的傳播擴張。 英國人海陸進佔東南亞。英國人很早就來到了亞洲，但到東南亞是在葡萄牙、西班牙、荷蘭之後。
在大陸上，英國人很早就認為緬甸是在印度殖民統治的延伸。1753年，英國東印度公司就派軍隊攻佔內格瑞島。為了徵服緬甸，英國人發動了三次英緬戰爭，第一次是1824—1826年，第二次是1852年，第三次是1885年，緬甸終於成為英國的殖民地。至此，英國擁有了包括今天緬甸、馬來西亞、汶萊、新加坡等的殖民地。在海島方面，1819年，萊佛士宣稱與柔佛蘇丹達成協議，柔佛把新加坡島割讓給東印度公司。1826年，英國與荷蘭籤訂倫敦條約，荷蘭把馬六甲割讓給英國，從此英國一直支配馬來半島。而英國則承諾不與新加坡海峽以南的君王籤訂任何條約，為荷蘭統治印度尼西亞群島鋪平了道路。 法國人建立印度支那聯邦。英國人侵略亞洲，尤其是侵佔中國後鼓舞了法國人。法國人侵佔越南，目的是在此立足後佔領華南，與英國人爭雄。其實，法國人來到東南亞是比較早的。只不過，最初法國人比較熱衷於傳播宗教。
17世紀法國人就已來到越南傳教。越南寬容天主教的傳播，18世紀末越南就已有25萬人信奉天主教。在西方列強紛紛殖民佔領亞洲的大背景下，1858年藉口越南迫害傳教士，法西聯軍炮轟峴港。1962年迫使越南割讓嘉定三省，5年後佔領整個湄公河三角洲。1885年3月18日，中法戰爭中中國軍隊打敗法國人，贏得鎮南關大捷，但是6月9日的中法天津條約，中國卻承認了法國對越南的宗主權，從此越南淪為法國殖民地，越南結束了897年的作為中國的藩屬國的歷史。19世紀以前，越南已是東南亞政治最先進的國家。法國人在侵佔越南的同時，也染指柬埔寨和寮國。1863年法國強迫柬埔寨成為自己的保護國，1884年柬埔寨淪為法國的殖民地。1887年10月，法屬印度支那聯邦正式成立。
1893年寮國也淪為法國的殖民地，並加入印支聯邦。 到19世紀末，整個東南亞先後淪陷為歐洲列強的殖民地。由於西方殖民者的侵略統治，使東南亞地區的社會文化發展進程由東方傳統逐步轉向西化，這也成東南亞古代史與近代史的分水嶺，結束了中國與東南亞地區古國的千百年來的宗主國與藩屬國的關係，除泰國外，整個東南亞都成了西方列強的殖民地。過去該地區都是一些封建社會的國家，自給自足的經濟形態。西方人來了之後，引進西方的資本，開發當地的資源，輸入宗主國的商品，資本主義因素萌芽滋生，使當地的封建社會逐步走向衰亡。 在文化方面，過去東南亞地區受中國文化和印度文化影響兩千來年，隨著西方人佔統治地位，西方文化也逐步灌輸給東南亞人。
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