近年來，海峽兩岸獸醫交流日益密切，研究人員通過與臺灣同行、科研院所、大學、動物醫院、獸醫師公會和動物產品銷售單位進行深入交流，詳細了解臺灣獸醫體系運行情況和獸醫行業發展情況，對大陸完善獸醫管理體制機制建設提供參考和借鑑。
獸醫法律制度
臺灣地區的獸醫法律制度較為健全，在「病」「醫」「藥」三個方面均有立法，其中包括《動物傳染病防治條例》及其施行細則、《獸醫師法》及其施行細則、《動物用藥品管理法》及其施行細則等。同時《畜牧法》對於畜禽屠宰管理、畜牧場配備獸醫師等獸醫業務亦有相關規定。此外，臺灣地區制定實施《動物保護法》，對經濟動物、寵物、實驗動物等的一般性保護、科學應用、繁殖買賣作出了規定。臺灣法律修訂較為頻繁，如《動物傳染病防治條例》自公布以來歷經7次修訂，《獸醫師法》歷經6次修訂，《動物用藥品管理法》歷4次修訂。
獸醫管理體制
臺灣地區實行檢疫與防治結合，內檢與外檢合一的獸醫管理體制。動物防疫主管機關為「行政院農委會」，下設防檢局和家畜衛生試驗所，在市、縣設有相應的動物防疫機關。防檢局設動物防疫組、動物檢疫組、肉品檢查組、企劃組等4個獸醫相關內設機構，並設基隆、新竹、臺中、高雄4個分局以及16個檢疫站，負責島內動物防疫、檢疫、動物用藥品管理及肉品衛生檢查等相關政策法規、方案計劃的擬定、執行及督導，動物疫情報告、諮詢及風險分析，科技研發及技術服務，進出境動物檢疫業務執行督導等，並對島內22個直轄市、縣（市）動物防疫機關進行業務指導。與大陸相比，獸醫人員編制較為充足，如「農委會防檢局」僅防疫組的正式編制就有20多個，另還有聘用人員20多個。
獸醫從業人員管理
準入方面。在臺灣地區，從業人員在動物診療機構、動物飼養場、動物衛生檢驗研究機構、動物檢疫機關、動物防疫機關、動物用生物藥品廠、農會、屠宰場等機構執業均需取得獸醫師資格。臺灣地區的執業準入制度始於1959年，歷經「核檢」「檢核考」等發展階段，目前只有受過獸醫專業五年本科教育的畢業生方能報考獸醫師。
從業方面。截至2014年，在臺灣地區登記的獸醫師共7482人，其中執業獸醫師4684人、動物防檢疫人員1496人、屠檢獸醫師575人，其他從事試驗研究、獸藥等方面工作以及退休待業等未執業的獸醫師共727人。
獸醫教育方面。目前臺灣「農委」正在積極推動將獸醫本科學制由5年改為6年，爭取與歐美等國的獸醫教育接軌。同時積極研究修正《獸醫師法》，以期加強獸醫師倫理和社會責任，建立執業獸醫師繼續教育及定期更新執照制度，改進診療收費標準，以及建立動物醫療糾紛協調機制。
行業協會方面。臺灣地區通過立法規定只有加入所在地獸醫師公會後方可執業。獸醫師公會在獸醫立法、維權、行業自律、醫療糾紛調解、獸醫師繼續教育等多方面發揮了重要作用。
動物防疫政策
臺灣地區對豬口蹄疫等動物疫病實施強制免疫政策，2013年以前，疫苗經費由政府部分補貼。由於近些年補貼的疫苗免疫率低，免疫效果不理想，2013年起臺灣地區全面取消口蹄疫疫苗補貼，改為對市縣政府動物防疫機關實施「競賽」獎勵，即通過抽檢，對免疫工作好的地方予以獎勵，此制度極大調動了地方防疫機關積極性，疫苗免疫率有了顯著提高。同時，將疫苗免疫與撲殺補償掛鈎，如果沒有按要求接種疫苗，發生重大動物疫情時將不予補償，這也在一定程度上促進了疫苗免疫率的提高。
畜禽屠宰管理
臺灣地區畜禽屠宰的主管機關為「農委會防檢局」。在臺灣，畜禽未經屠宰衛生檢查合格不得屠宰。臺灣地區共有屠宰場154家，年屠宰生豬800多萬頭。每家屠宰場都有專職屠檢獸醫師負責屠宰衛生檢查，檢查合格後在動物胴體上加施「防檢局屠宰衛生合格」章。所有屠檢獸醫師都是由「農委會防檢局」委託畜產會聘用的。聘用人員需取得獸醫師資格並經屠檢獸醫師資格培訓合格後，方能執行屠宰衛生檢查公務。目前全臺灣地區共聘有屠檢獸醫師575名，每年財政支付給屠檢人員的費用為4億多新臺幣。「農委會防檢局」負責制定屠宰衛生檢查收費標準，向屠宰場收取屠宰衛生檢查費用。
病死動物無害化處理
臺灣地區的《廢棄物清理法》和《畜牧法》對動物屍體處理、養殖汙染防治都有相關規定。養殖戶必須對病死豬進行委託化制或自行掩埋（焚燒）處理。在8000多家養豬場中有6000多家採用委託化制的方法。目前臺灣地區的病死動物無害化處理運行機制較為成熟，效果良好，主要有以下幾方面的原因：
一是社會監督到位。除了當局強有力的監督執法外，臺灣地區民眾的監督舉報也非常到位。該地區民眾有很強的環保意識，對隨意丟棄病死畜禽的行為都會舉報。民眾每發現舉報一起丟棄病死畜禽的行為，政府獎勵其25萬臺幣（約5萬人民幣）；如果丟棄者獲刑，政府將再獎勵其25萬臺幣，高額的舉報獎勵，讓丟棄行為無處可藏。
二是生豬保險配套。臺灣地區絕大部分30公斤以上的生豬都參加了保險，每頭保費為32.4元新臺幣，其中政府補助70%，農戶負擔30%。死亡1頭30~49.9公斤的生豬，保險公司賠償600臺幣；死亡1頭50公斤以上的生豬，保險公司賠償1200臺幣。有限的投入和可觀的賠償金使得養殖戶願意購買生豬保險，同時合理的保險制度和利潤空間也讓保險公司有積極性開展生豬保險業務。需要說明的是，生豬無害化處理後才能得到保險公司賠償，因此臺灣當局通過保險理賠槓桿有力地推動了無害化處理的開展。
三是當局扶持全面。臺灣當局在無害化處理場的設立和運行、畜禽收集點的建立以及運輸車輛配備等方面都給予相應扶持，有效保障了無害化處理這一公益性工作的順利開展。另外臺灣地區對病死畜禽處理後進行資源化利用，高溫化制提煉後的產物用於飼料、肥皂等產品的加工。寬闊的市場空間，使化制企業有利可圖，這也是無害化處理工作得以落實並可持續運行的一個重要原因。
獸藥管理
臺灣地區共有8家動物用生物製品企業，截至2013年，共核准動物用疫苗692種，其中禽用疫苗最多，佔總數的71%。近年來，臺灣地區疫苗出口量總體平穩，出口額維持在5000萬新臺幣左右；進口量則呈逐年上升趨勢，2012年進口額達到9.6億新臺幣，主要進口國為美國、荷蘭等國家。臺灣地區對轉基因獸用生物製品管理有比較詳細的規定，凡是基因剔除或插入外源基因的活菌（毒）疫苗，均要委託開展轉基因生物藥品試驗。試驗報告經主管機關審查通過後，才能委託開展轉基因生物藥品田間試驗。田間試驗報告通過審查後才能核發生產許可證。家畜衛生試驗所動物用藥品檢定分所承擔轉基因動物用生物藥品試驗。目前，臺灣地區共核准了16種轉基因獸用疫苗。
獸醫實驗室網絡
臺灣地區主要依託家畜衛生試驗所、財團法人農業科技研究院和四所獸醫大學獸醫實驗室，開展病原分離、抗原抗體檢測、分子生物學檢測分析等相關工作，直轄市、縣（市）動物防疫機構設立的實驗室，主要開展病理診斷和分子生物學檢測。目前臺灣地區獸醫體系中僅家畜衛生試驗所建有一個生物安全三級實驗室，主要用於開展禽流感、口蹄疫、豬瘟等動物疫病實驗活動。