祖大壽在大凌河被圍困，山東孫元化奉旨讓孔有德從陸路支援，但是糧草不齊，大雪紛飛，這支軍隊忍飢挨餓，得不到糧草只得賣馬，但是還被壓價，而且山東人和遼東人多有不和，甚至閉市不願意與之交易，士兵太餓忍不住偷了一隻雞吃，恰好這隻雞是山東望族王象春家僕一雞，這個士兵被穿箭遊營，這是軍隊中僅次於砍頭的刑罰，先打完軍棍，然後把箭穿過耳朵遊營，這是一件非常羞辱的事情，這名士兵後來殺了那個家僕，王象春之子豈能罷休，他們本來就覺得這些人是丘八，於是孔有德等人在吳橋起兵叛亂，這就是吳橋兵變，孔有德等人回師萊登，最後從海上逃走投靠了後金。
孔有德的部隊都是遼東人，按理說和後金是有深仇大恨的，努爾哈赤對於漢人實行鎮壓和屠殺政策，強制剃髮易服，漢人都是奴隸，而且努爾哈赤曾經下令清查「無谷之人」，就是沒錢的人，不足五金鬥都是屬於沒錢的，全部殺了，這是赤裸裸的種族屠殺，遼東地界的遼人十不存一，幾乎每個逃出去的遼民都有家人死在了後金的手裡，甚至說一家人只有自己逃脫，所以遼人非常仇恨後金，朝廷就提出「以遼人守遼土，以遼土養遼人」，關寧軍和毛文龍的東江鎮兵大多都是遼兵。可是既然遼兵與後金有深仇大恨，為何最後投降了後金呢？
其實這個孔有德以前都是跟著毛文龍在東江鎮抗清的，袁崇煥擅自殺了毛文龍導致東江鎮人心渙散，其他人根本沒有威望來統一東江的各個軍頭，東江自保都已經不足。孔有德對於毛文龍不僅信服而且崇拜，他被毛文龍收為養孫，孔有德非常感激毛文龍，以至於在貴為清朝藩王后依然「每言（毛）大將軍時事，輒於色不自勝「。毛文龍死後孔有德感到十分心寒，認為毛文龍是忠義之輩卻橫遭劫難，於是跟著孫元化到了萊登。
東江鎮在毛文龍死後更沒有軍餉，以前毛文龍要軍餉就如同乞丐一樣，層層剝奪到了他手上大半已經沒了，但是靠著屯田和臨海還能勉強，而現在軍餉更拿不到，東江鎮已經到了吃人肉的地步，紛紛偷船渡海到山東，活下來的皆是骨瘦如柴的男子，因為女人和孩子都被吃掉了。而到了山東又受欺凌，所以他們是十分的仇恨朝廷，外人對自己的欺壓自己還能夠反抗，而這些人對自己的欺壓是一點一滴的積累下來的怨恨，這種怨恨甚至更甚於對後金的怨恨。
這場兵變雖然是由一隻雞引起的，但是其實更多的是積怨已久。
遼東兵都是失去了家鄉的遼民，他們失去了家只得跑，山東地區就有很多遼人，遼東人比關內人身體更強壯，而且更吃苦耐勞，古代做活不像現在這樣，工廠很多，做工也是要搶的，這些遼民要價極低而且又能幹，所以頂了很多山東人的崗位，而且地方上有小偷他們自然不會想到是自己的街坊鄰居，那一定是遼民幹的，因為他們是外來流動人口，會遭到很多非議，即使是在現在的社會也是這樣，所以山東人對這些遼人很不待見。
大凌河被圍困朝廷也知是圍點打援，對於當時的兵部尚書來說他寧願聽到大凌河被破的消息也不至於如此煎熬，崇禎每天督促關寧軍去解救，但是這些軍頭都不願意去，因為大家都知道這是圍點打援，誰都不願意去送死，野戰這些關寧軍也不敢和清軍打，但是不得已還是出兵，後來證明其實都是送死而已，而孔有德就是在這樣的情況下被派往戰場的。
孔有德走陸路，走著走著連吃的都沒有了，因為他們是客軍，所以根本就沒有朝廷的糧草供應，明朝的規定是軍隊到一個地方，第一天地方是不供應吃的，因為怕軍隊在一個地方吃了然後又跑到另一個地方再吃一頓，這樣就有一個問題就是如果軍隊每天行軍，如果自身糧食不夠就要每天都是餓著的，即使走一天停一天也是兩天才能吃上一天的飯，而山東人又仇視他們，這些地方也不喜歡他們，根本不給他們供應糧草，都趕著他們走，這才有了後來的吳橋兵變。
孔有德等人也並非一開始就是想要投靠後金。
前年，也就是崇禎二年的時候，清軍繞過山海關圍困北京城，祖大壽也跟著袁崇煥來勤王，袁崇煥死了祖大壽直接跑回了遼東，崇禎沒有法子，但是又不能殺他，還得安撫，而經過這件事也是讓孔有德等人明白了只要自己有地盤，有軍隊，就算是皇帝也不能拿他們怎麼樣，所以孔有德是打算打回山東，做個土皇帝，到時候同意招安，聽封不聽調就是了，但是孔有德對於山東得破壞太大了，而且當上強盜以後就財迷心竅了，最後被圍剿，無奈從海上投靠了後金。
造成的後果
孫元化徐光啟都是西學的忠實粉絲，可以說是個科學家吧，所以山東有很多傳教士，而且有很多造炮的工人，這些人都被孔有德帶走，大大加強了清軍的攻城能力，如果沒有那麼多工匠，皇太極也不一定會出城十裡迎接他們了。
山東本是支援遼東的重要防線，由地圖也能夠看得出來，遼東和東江鎮山東形成一個三角形，山東就是替補隊員，當遼東或者東江出現什麼問題時可以從山東救援，但是因為袁崇煥擅殺毛文龍再加上孔有德的叛亂，三角中的東江和山東都廢了，而陝西叛亂越來越如火如荼，宣府等軍隊也沒有辦法再支援遼東，其實關寧軍已經是類似於孤軍了。