魚類的雜交育種已經成為普遍現象，許多雜交培育出的新品種的魚類顏色亮麗，體態各異，受到廣大魚友的喜愛。雜交育種最重大的意義就在於增加生物變異，可以使一個群體的基因轉移到另一個群體，如果子代繼承了父母不同的優良基因，則會使非常強悍的新一代。但如果繼承了雙親的劣勢基因，產生的子代則成了悲劇的物種。
雜交培育新品種最典型的當然是金魚了，但是熱帶魚中也有很多品種都是雜交出來的，其中最典型最具代表性的當屬鸚鵡魚跟羅漢魚了。
一、鸚鵡魚。
鸚鵡魚，因其色彩豔麗，體型漂亮而被廣大魚友喜歡。但是鸚鵡魚原產臺灣，是由紅魔鬼和紫紅火口魚雜交而成。據說是臺灣的蔡建發偶然將紅魔鬼和紫紅火口雜交得到，最開始還是商業機密，直到後期才公開。
但由於鸚鵡魚是不同品種間的雜交種，所以雄性血鸚鵡是不具備生殖能力的。魚卵的染色體也就無法整齊配對，所以胚胎不能發育成為仔魚。
二、羅漢魚。
我們熟悉的羅漢魚也是雜交出來的品種，是由水族業者經過不斷的雜交選育，才培育出一種全新的魚種，並引發一鼓養殖羅漢魚的熱潮。羅漢魚主要由青金虎（Cichlasoma trimaculatus）、紫紅火口（Cichlasoma synapilum）、九間波羅（Cichlasoma nigrofasciatum）、金錢豹（Cichlasoma acrpinte）和金剛鸚鵡、紅魔鬼等等通過複雜的雜交過程，才配出我們現在所看到的英偉雄壯的羅漢魚，但羅漢魚的育種仍屬於一門非常新的學問，各繁殖場都將親魚的來源視為最高機密，因此在魚種的親代來源上我們只能推斷，而不能確定。
雜交出的優良子代自然有明顯的優勢，比如生長速度快、繁殖能力強，抗病性強等等。一般而言，差異較大的雙親培育出的子代能夠繼承父母的雙重優質，但如果子代繼續進行雜交，培育出的第三代、第四代，很可能是一代不如一代。
雖然我們現在看到的培育出來的成品都很漂亮，但雜交出現的失誤遠遠大於成功。比如鸚鵡魚似乎是受到魚友的喜愛，但公鸚鵡魚沒有繁殖能力，這其實是一種殘疾。再比如羅漢魚的額珠，也是雜交形成，從觀賞性來說也許是有所價值，但對魚類而言，未嘗不是一種基因突變導致的畸形。