宮崎駿用《幽靈公主》闡述人與自然的關係，描述了人類為了發展技術力量不斷破壞自然，從而受到自然的報復為之付出代價的故事，這部片子是宮崎駿的巔峰之作，雖然它的海外聲譽不如之後的《千與千尋》但它深刻的內涵是《千與千尋》所遠遠不能及的，本片充滿了宮崎駿對人與自然的深刻思考，並不是單純好處上的對人類破壞環境的聲討，而是發人深省的一部人與自然的杯具。一向以來，我也在思考一個問題也能夠說的一個悖論，就是關於人類發展的問題。
我覺著最後結局是一個悲劇，阿西達卡到最後都沒有得到自己的答案，但是他本身是人類，所以他才會告訴幽靈公主，自己會在人類那兒一直等著她。而小桑則堅定不移地會站在自然這邊。這個故事結局情緒是上揚的，故事卻是輪迴的。最後人類重建家園，人類的最先立場依舊是人類而不是自然。只是他們會重新思考怎麼對待自然，但即使有阿西達卡作為使者，這個結局又能好多少呢？這才是宮崎駿的「最後之作」，寄託了他的期許，雖然我們曾經很糟糕，未來一定會更好。
《幽靈公主》是一部可多方面解讀的作品，可以說是一部可以拓展很多的奇幻寓言，包含了創作者各個方面的思考，比如為什麼設計的反派是官方？煉鐵廠代表的是什麼訴求？可以說創作者的矛盾心理就體現在其中了。
電影結局可算圓滿但非常不童話，多次一同面對生死的兩個人決定分開居住，原因當然不是感情不夠好，而是大立場下的最基本的矛盾沒有因為森林的復生而解決，人類要發展進步擴張繁榮會不可避免地對自然造成破壞。到底人與自然能夠和諧共存互不侵犯？宮老安排兩個人分居也是給這個問題一個他自己的回答，那就是無解，至少現在無解。
說到這就必須提一下宮老連載了十多年的《風之谷》漫畫一共七卷，而電影版的風之谷劇情只到2卷左右，且大部分劇情刪減被簡化處理，幽靈公主和風之谷漫畫的內核很像，有很多能反映這兩部作品的關聯之處。比如幻姬和風之谷漫畫中戲份與刻畫超多的庫夏娜公主人物定位，遭遇和性格都極其相似，而阿西達卡更像男版的納烏西卡，漫畫的最後的極其深刻和陰暗的劇情（就不劇透了）也提出了類似人與自然的共存問題且非常直接露骨，而風之谷連載完結的時間正是幽靈公主開始製作的前夕，宮老應該也算是用幽靈公主給自己一直的思考做一個回應。
這個故事其實有兩條明線，三條暗線：明線是小桑-阿西達卡的感情發展，以及人獸（還不是人與自然，自然規律是像山獸神那樣無悲無喜、絕對獨立的物質力量，用列寧的定義是「不依賴人的意識而存在」屬性的集合，就是物）的爭鬥；三條暗線是：動物內部的路線鬥爭、人類社會內部的階級鬥爭（黑帽大人其實有點原始社.會主義的意思——煉鐵廠裡是集體勞動，按勞分配的，人盡其才、物盡其用，生產資料集體共有，相比起武家橫行、地主盤剝的現實世界，這裡就仿佛是一個世外桃源。
而朝廷武家和唐傘連則是剝削階級的代表，還有那些因為利益矛盾而不得不向達達拉宣戰的破產武士——煉鐵阻斷了上遊河流，而下遊武士的土地無法耕種而破產），以及原始的原始公有制社會（阿西達卡）與私有制社會（疙瘩和尚）的對立統一，這是一部具有史詩氣質的群像劇，它在討論的是人如何在生活目標空洞化和激蕩的運動中自處，但是老公畢竟不是哲學家，他也只能是鼓勵大家努力活下去，用夢來鼓勵人們堅強地活下去，但是他無法給出現實的答案，最終還是要靠自己才做得到。
宮崎駿的每一部作品對每一個人的影響和感觸都是不一樣的，我們不能籠統地就這樣把它所有的作品都劃了等級和排名，所以不要輕易加上所謂的巔峰，只能說是這部作品對大多數人的影響比較深，這也是對作者本身的一種尊重。