第二次世界大戰末期，隨著戰局對日本越來越不利。1944年一個將日本大本營轉移到長野縣松代的秘密計劃開始推進。
日軍「松代大本營」是一個總長度達13公裡，能承受十噸TNT爆炸當量炸彈攻擊，建造于堅硬巖盤下的一個大型地下要塞。
1944年11月11日，在圍繞著松代盆地的群山中傳出了炸藥爆炸聲，「松代大本營」計劃正式啟動。該計劃當時預算高達2億日元，預計動員勞動力300萬人次。當時對外宣稱在這裡建造的是松代倉庫工程，其真實目的對所有參與工程的居民都是嚴格保密。
當時計劃著本土決戰的陸軍首腦們悄悄計劃著大本營的遷移，在日軍大本營遷移的同時也意味著天皇也需要跟著一起遷移。
根據原本計劃，在舞鶴山下修建天皇和皇后居住的皇居和日軍大本營，在象山下則是政府相關部門和宣傳報導機關，妻女山下為印刷局、皆神山下則是戰備倉庫。皇太后和皇太子的居所則在善日隧道內。
「松代大本營」中皇后的御居間
在日本一旦進入本土決戰階段後，為了保證各個山體內要塞的通信，日軍通信部隊預先在整個「松代大本營」埋設了電話線，讓整個松代盆地一帶成為了真正的「地下帝都」。
為了建設「松代大本營」，日本在全國進行了大規模動員，在日本隧道和水庫工程專家的指導下，大批的朝鮮勞工和當地工人陸續聚集到了這裡。
1945年4月，日軍大本營和皇居所在的舞鶴山周邊的西條村130戶居民被強制搬遷。
「松代大本營」中天皇的御居間
6月8日，日本御前會議確定了本土決戰的大綱後，松代盆地一帶被更加緊張的氣氛所包圍。當時擔任日本首相的鈴木貫太郎因為害怕民心動搖，提出了堅守東京的主張，這與主場大本營遷往松代的陸軍首腦意見對立。不過陸軍並沒有理會首相提出的意見，為了能夠在8月讓所有的設施能夠使用，獨自下達了加快工程進度的命令。
大量的物資本源源不斷地運往松代，這裡面包括了一般人無法得到的杉木、檜木、襖紙以及榻榻米等，當所有的建築材料都運進松代後，人們開始傳聞「大本營和天皇陛下都會來這裡」。儘管軍方一直對「松代大本營」的建設處於保密狀態，但不知從何時開始居民中已經傳開了。
可是沒過多久，8月15日，日本天皇便發布終戰詔書，宣布投降。「松代大本營」一處都沒有使用過，就被這樣永遠地擱置了起來。後來這裡成為了收留戰爭孤兒的設施，再後來「大本營」還成為了日本中央氣象臺的松代地震觀測所發揮作用。
1953年舞鶴山「松代大本營」舊址正式對外開放，現在這裡已經成為了一個旅遊觀光景點供民眾免費參觀。