東京Re最終章已經更新，由於劇情還剩下很多，所以終章會採取壓縮劇情的方式，來保證動漫的順利完結。在動漫第一集中可以看出，這是動畫組倒敘劇情的描寫，金木因為暴走的原因，已經成為了敵我不分的黑山羊幼仔，肆虐東京。這種不可名狀的恐怖存在，正是來源於克蘇魯神話。
在克蘇魯神話中，人類僅僅是看到這些魔物，就會陷入自我的恐懼之中。黑山羊幼仔是宇宙三柱原神莎布尼古拉斯的子嗣，屬於上級僕從種族的存在。孕育萬千子嗣的森之黑山羊母神雖然不可能降臨，克蘇魯神話的恐懼卻降臨在了東京。
從高槻泉撰寫的《黑山羊之卵》，到金木創建「黑山羊組織」，這都是借鑑了克蘇魯神話的設定。因為克蘇魯神話中的神不同其他神話，他們是真正恐懼的存在。金木在開頭變成的怪物，無數的眼睛和觸手，符合黑山羊幼仔的特徵。
故事回到主線劇情，金木找回記憶，成為喰種中的黑色死神。潛伏在CCG總部，只為和高槻泉演一齣戲。人類和喰種無法共存，高槻泉在電視臺採訪中呼籲人和喰種應該和諧共處，引起粉絲和民眾的一致認可。對於CCG把高槻泉抓入大牢，民眾的反映異常激烈，打爆了CCG的電話。
此外，金木留在CCG還有一個原因，那就是拯救被CCG關押的雛實。另一方面，CCG總部已經開始了流島作戰，人類和喰種的最後決戰要來了。這場大戰，白色死神有馬貴將也將參與其中。在確定SSS級喰種神代叉榮的位置後，有馬帶人討伐。
雖然神代叉榮曾經吊打金木，但是無法戰勝白色死神，實力不在一個層面。最終，神代叉榮為了保護自己的女兒神代利世，被有馬徹底殺死。與此同時，舊多二福去看望被關押的泉姐，並開啟自己的嘲諷模式。不過泉姐的回擊令舊多陷入瘋狂，泉姐表示，每天看到自己的和修爸爸，卻不能叫父親的感覺如何？
舊多聽到後怒了，趴在玻璃前一直詛咒泉姐死去。儘管舊多很憤怒，但為了後面的計劃，舊多並沒有做出過分的事情。接下來，才是正片的開始。人類打響了與喰種的最後一戰，所有勢力均參與其中。這場混戰，代表了各自的種族存亡。對與錯不重要，勝利者才能掌握世界的秩序。