明清交替之際，在中國西北誕生了一個準噶爾汗國。準噶爾部就是明朝時期的瓦剌，瓦剌強盛時期曾吊打大明，還俘虜過大明皇帝。不過瓦剌衰落後，在向西遷移的過程中分裂了，準噶爾部就是其中之一。
清朝忙著入主中原，穩定全國統治。也就是在這個期間，準噶爾強大了起來，開始向周邊擴張，還曾連續打敗了俄國入侵者。尤其是噶爾丹統治時期，準噶爾達到了巔峰，此人野心非常大，妄圖統一蒙古各部，與大清漸漸矛盾加劇。
康熙曾三徵噶爾丹，後來又歷經雍正，到了乾隆時期，才最終平定了準噶爾叛亂。
乾隆把這片土地命名為「新疆」，取因「故土新歸」之意。那麼乾隆消滅了準噶爾汗國，為什麼還有大小和卓叛亂？
說起大小和卓，就不得不提一下葉爾羌汗國。這個名字估計很多人沒有聽說過，葉爾羌汗國的創立者是賽義德汗，他的祖父羽努思是東察合臺汗國的可汗。
察合臺汗國其實就是成吉思汗當時分封的四大汗國之一，只不過後來由於不斷衰落，分裂為了東西兩個汗國。
素丹·賽義德汗早期，察合臺汗國已經形同虛設了，他也一直在致力於恢復曾經的輝煌。但怎奈面對烏茲別克人的進攻時，力不從心。賽義德汗放棄了在中亞復興察合臺汗國的嘗試，他帶領他殘餘的人民進入天山南路（當代南疆），並在此地，建立了葉爾羌汗國。
在阿布都克裡木汗時期，伊斯蘭教的「和卓」一派開始進入葉爾羌汗國。和卓家族分為黑山派和白山派，兩派互鬥不已。
準噶爾汗國崛起後，翻過天山，徵服了葉爾羌汗國，還將黑山派與白山派的「和卓」們一起抓到了伊犁關押。
等到乾隆徹底消滅準噶爾汗國的時候，被關押的白山派首領已經傳到了波羅尼都和霍集佔兩兄弟，因此波羅尼都被稱為「大和卓」，而霍集佔被稱為「小和卓」。
清軍攻破伊犁後，釋放了作為人質禁錮於伊犁的大小和卓兩兄弟。
大清不僅放了大小和卓兩兄弟，還讓他們返回南疆，招撫舊部，統領維吾爾民眾。但沒有想到，這兄弟倆不知天恩，恩將仇報，舉兵反對清政府，並控制了天山南麓的大部分地方，史稱大小和卓之亂，又稱回部叛亂。
這讓乾隆大為惱火。在1758年，乾隆命雅爾哈善為靖逆將軍，率軍入南疆平亂，一直到次年大小和卓之亂平定。這兄弟倆率殘餘勢力逃往了中亞，巴達克山國王將兩人處死，並將霍集佔的人頭獻給清朝向清朝稱臣。
這之後，清朝設伊犁將軍統轄新疆各部，設總理回疆事務參贊大臣管理回部。至此，困擾大清近百年的西北邊患消失了。
但是清政府並沒有徹底剷除大小和卓勢力。尤其是大和卓的兒子逃到了浩罕國。清政府每年都要拿一萬兩白銀，讓浩罕國國王代為監視。
我們知道大和卓的後代張格爾也是野心勃勃，一直希望繼承祖業。而浩罕國看到大清羸弱後，也開始膨脹，支持張格爾企圖吞併新疆。
所以到了晚清時期，又一次爆發了張格爾叛亂。