芍藥是仲景方中常用的一味中藥，在《傷寒》、《金匱》兩書所載方中用芍藥者多達50餘首。但芍藥現分赤、白二種，而仲景原文僅以「芍藥」載之，那麼當時仲景所用到底是「赤芍」還是「白芍」呢？
1 南北朝時期
梁·陶弘景《本草經集注》是在《神農本草經》365種藥的基礎上，添入《名醫別錄》365種藥集注而成。其對芍藥的產地及形態等有所記載：「生中嶽川谷及丘陵。二月、八月採根，曝幹。今出白山、蔣山、茅山最好，白而長大，餘處亦有而多赤，赤者小利。世方以止痛」。其中中嶽即河南嵩山，白山即今江蘇南京市東，蔣山即今南京鐘山，茅山即今南京句容縣茅山。以上所述芍藥的分布區與現在亳芍、杭芍的產地相近，而與赤芍的產地相距較遠。
黃璐琦等根據芍藥的區域分布特性發現，赤、白芍的區域分布變化「大致隨緯度方向產生有規律的南北變化，即使在同一緯度如四川等地同時有赤、白芍分布，赤芍也是分布在2000m以上高海拔地區，與分布於500m以下海拔高度的白芍有著明顯的區別。」即赤芍一般分布在我國西北部海拔較高的地方，白芍則分布在我國東中部海拔較低的地方。而《本草經集注》中所記載的地點很明顯屬於白芍的自然分布區。另外，從「白而長大」等字也可以看出，此處芍藥指的即是白芍。從「赤者小利」可知赤芍當時也已被人注意到了，但附於白芍中，可知「赤芍」作為藥用還不普遍。
2唐朝
至唐代孫思邈時，醫家對赤、白芍的功效有了更深的認識，作者在《千金要方·論和合第七》中記有「凡茯苓、芍藥，補藥須白者，瀉藥須赤者」。其《千金要方》與《千金翼方》兩書中，註明用「白芍」者，有5首方，而有3首方註明用「赤芍」，其餘方中均以「芍藥」名之。稍晚於孫氏的王燾，在其《外臺秘要》中註明用「白芍」者有3首方，其中正有仲景的「真武湯」，而註明「赤芍」者有2首，餘用到芍藥者，仍以「芍藥」名之。這可能是赤芍當時在臨床應用中漸多，作者為強調該藥以示區別，故寫明。
3 宋朝
至宋代，醫家對赤、白芍的功效的不同有了普遍與深入的認識，在臨床用藥注意區分二者。如劉翰《開寶本草》明確指出 ：「芍藥有赤白兩種，其花亦有赤白二色，赤者利小便下氣，白者止痛散血。」另外，據《太平聖惠方》中引用安期生服芍藥法「芍藥有二種，一者金芍藥，二者木芍藥，救病金芍藥，色白多脂肉，木芍藥色紫瘦多脈」，安期生為秦漢時期人，《本草圖經》也有相同的引用。且晉崔豹《古今注》也記載「芍藥有二種：有草芍藥、木芍藥。」其中金芍藥和草芍藥即今之白芍，而木芍藥即今之赤芍。從上可知，秦漢間民間對赤、白芍早已有區分，只是治病一般用白芍。後來醫藥發展，人們逐漸認識到赤芍臨床功效，到唐宋時期赤芍也漸被用於用於臨床，這就導致後世醫家對《傷寒論》中的芍藥產生疑惑。
宋許叔微也發現過該問題，並從功效的角度作過探討，「仲景桂枝湯加減法，凡十有九證，但云芍藥，聖惠方皆用赤芍藥，孫尚方皆用白芍藥，……然赤白補瀉，極有利害，常見仲景桂枝第四十七證雲，病發熱，汗出，此為榮弱衛強，故使汗出，欲救邪風，宜桂枝湯，蓋風傷衛而邪乘之，則衛強，榮雖不受邪終非適平也，故衛強則榮弱，仲景以桂枝發其邪，以芍藥助其弱，故知用白芍藥也。榮既弱而不受病，乃以赤芍藥瀉之，決非仲景意，至於小建中，為尺遲血弱而設也，舉此皆用白芍藥。而仲景亦止稱芍藥。可以類推矣」。許氏根據赤、白芍功效的區別，從方證相應的角度對芍藥的應用作了詳盡的探討，很明顯，仲景方中芍藥為白芍藥無疑。