西班牙宗教裁判所不僅僅是一個廣受爭議的組織，而且眾人對他的了解也非常之少。這是一個被黑暗傳說所籠罩著的機構，在這些傳說中，經常包含著對他們或真或假的評判。
西班牙裁判所現場
宗教裁判所的起源
自羅馬帝國時代以來，死刑一直是處決犯人的刑罰。隨著歐洲各個國家逐漸被基督教侵入，信仰異教成為了當時的禁忌。人們把這種行為看做是異端，是對正統信仰的嚴重衝擊。異教徒則被看作是叛國者。
在十二世紀晚期，宗教裁判所首次出現，並將其稱之為助教審判，這個機構的設立是由當時教皇首次提出頒布詔書設立，並由教皇盧修斯三世傳播開來，一次作為當時法國南部出現的
宗教裁判所最初稱為主教審判，是從十二世紀晚期開始通過教皇詔書傳播的，並由教皇盧修斯三世傳播，作為對抗剷除當時法國南部隆格多克出現的卡特裡派異端邪說的工具。五十年後，教皇格雷戈裡九世頒布詔書創建了宗教裁判所。
之後，在中世紀，幾個歐洲基督教王國紛紛建立了宗教裁判所。而在伊比利亞半島，宗教裁判所只出現在當時的阿拉貢國王統治時期。
西班牙宗教裁判所的盾牌
西班牙的「軟」鎮壓
在西班牙，獵殺女巫實際上被稱為小型狩獵。因為儘管「女巫狂熱潮」席捲了整個歐洲大陸也延續了很長時間，在西班牙，這一潮流並沒有像歐洲其他地區發展那麼強盛。
自15世紀後期，西班牙宗教裁判所發起了獵殺女巫的行動，而這個時期正是歐洲巫師的鼎盛時期。
當時的教皇直接下達詔書要求獵殺任何可能是女巫的異端，而天主教修士兼宗教裁判官的克拉馬與司布倫格兩人在出版的《女巫之槌》一書中直言不諱地說：
「Haeresis est maxima opera maleficarum non credere」（最邪惡的異端便是那些不值得信任的女巫）。
在這本書中，一個最典型的案例之一便是著名的Zugarramurdi女巫。
歐洲其他地區的情況也是如此。例如，在德國西南部，從公元1560年到1670年，根據Jean Delumeu統計的數據，一共3,229個「女巫」遭到處決；在蘇格蘭，從1590年到1680年間，有4,400名女巫被殺害；
而在洛雷納，從1576年到1606年間，有2000多人被處決。但在西班牙，懲罰往往不那麼嚴厲，放逐的刑罰更為常見，女巫們被警告，譴責，罰款，還有被放逐一段時間（不超過8年），並經常被公開處以鞭打的刑罰。
事實上，從1478年開始到1834年廢除（近400年），在西班牙宗教裁判所，共有130,000人受到了宗教判決，而其中不到2％（不到2,600人）的人被判處死刑。在很長一段時間，人們的記載經常將被告人和被判處死刑的人混淆，進而統計出了一個荒謬和錯誤的數字，即有超過10萬人判處了死刑。
在當時，無罪釋放所佔比例反而很高，因為當時人們對女巫的傾向是相信這些被指控的女巫因喝多了酒而導致了對世俗的麻木。而即使被告女巫承認了自己與惡魔達成協議而獲得了巫術，宗教裁判官聲稱：
「 當他們被認為是巫師並且其罪行是通過道聽途說而來的，這種案件不予受理；只有當被告犯下的罪行被其他人目擊的時候，才可以進行案件受理，因為通常時候，原告人所做的指控只是在他們自己的夢裡夢到那些被告人做過或者說過一些事情而已，而並不是真正發生的事件。如果實際中被告人並沒有犯下罪行，那麼將會判決將導致對無罪者的迫害。「
Coven，由Francisco de Goya繪畫
除加泰隆尼亞和瓦倫西亞等地有相關記載外，沒有其他關於西班牙獵巫的明確數據。而在這兩個地方，則有對相關歷史有著較為清晰的描述，並大致分為了五個不同的獵巫階段：
第一階段（1560-1600），在這一期間有著非常低的數字記錄，五年內平均每年不到8名女巫。
第二階段是 17世紀，這一時期是女巫狂熱的鼎盛時期， 加泰隆尼亞共有60名被告女巫，而瓦倫西亞共有12名。
第三階段，從1610至1660年，加泰隆尼亞平均每五年有15名女巫被指控，瓦倫西亞每五年指控12人。
第四階段，從1660年至1670年十年間，獵殺女巫情況加劇，在1665 - 1670年這六年間，加泰隆尼亞有不少於53名女巫被指控。
最後階段，每五年有不到20名女巫受到指控。
而上述數字皆是被指控的人數，並非是那些被定罪的人，更不用說是被處以死刑。
當被告被判有罪時，最常見的處罰之一是「在街上行走並受到鞭打」，在這種情況下，如果是男性，則會被剝光衣服，騎在驢上，執行者會用指定數量的鞭子鞭打被告。在遊行當中，路人們則會向他投擲石塊以表現出對異教徒的仇恨和蔑視。
歐金尼奧盧卡斯的「宗教裁判所的譴責」
雖然宗教裁判所的建立是為了防止異端的進展，但它也處理了西班牙的各種犯罪行為。在1560至1700年期間共有49,092名被告人中，判決了以下罪行：猶太教（5007）；穆斯林教（11 311）；路德會（3499）；光明會（149）；迷信（3750；異教徒（14,319）; 重婚者（2790）；招攬行為（由教區牧師）（1241）；侮辱聖職（3954）；其他（2575）。
新教改革
在十六世紀，宗教裁判所被認為為一種有效的機制，可以遏制西班牙少數新教的爆發。而值得注意的是，這些「新教徒爆發」大多數都是猶太人。
在1558年至1562年間，主要發生了對路德教派的主要指控，並針對巴利亞多利德和塞維亞的兩個新教社區。在這些地區中，曾舉行了幾次裁決，並由一些由皇室成員主持，其中約有一百人被處決。1562年之後，儘管審判仍在繼續，但鎮壓程度要比之前小得多，據估計，儘管有200多人參加了審判，而只有十幾人被活活燒死。
天主教國王和猶太教
宗教裁判所並沒有直接針對猶太社區，而只是反對猶太皈依者。宗教裁判所的目的是糾正天主教信仰中的錯誤，即打擊異端邪說。
事實上，天主教國王最初對猶太教並沒有宗教偏見，且很多猶太人也在裁判所中工作。在卡斯蒂利亞和阿拉貢，大約有220個猶太教區。猶太人受到國王的庇護，他們有特殊法律對其保護，並對國王提供獨特的貢品。然而儘管如此，他們仍然是二等公民。
眾所周知的是，在之後1492年，Sephardim（西班牙猶太人）被天主教君主驅逐，此前其它歐洲王國如英國和法國等同樣採用了相同的政策。特別是在1492年3月31日，在徵服摩爾人格拉納達王國三個月後，天主教國王頒布了阿爾罕布拉法令，命令將猶太人驅逐出他們所在的王國。
阿爾罕布拉法令的印章
伊莎貝爾和費爾南多非常清楚，從經濟發展角度來看，這一決定是非常錯誤的，因為許多猶太人從事貿易，並掌控者金融活動，但這並不足以改變人們對猶太人在宗教和社會影響方面的考慮：人們擔心猶太人皈依是暫時的，因為他們希望能夠避免人們對猶太社區做出的暴力行為。因此，為了解決猶太公民問題，最後給出的方案是，或者接受洗禮或者遭到流放。
Transito猶太教堂的內部
Sephardim所居住的特殊區域也是如此，第四拉特蘭議會（1215）敦促他們使用外部標記將他們與基督徒區分開來，但對這種標記的應用並沒有在整個西班牙範圍內傳播，且這種行為只是一種宗教行為，並非有著歧視的目的。
而離開西班牙的猶太人數量尚不清楚，但亨利卡門給出的估計是，大約80,000猶太人（約總人口的一半）的人口選擇了移民。西班牙猶太人主要移民到了葡萄牙（1497年也被驅逐出境）和摩洛哥地區。
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