生物進化論自發表以來一直被認為是權威，但是近年以來也是爭議不斷，尤其是近幾十年來由於人類這一物種的存在，對生物進化論也提出了一些挑戰，這些發生的事情讓我們疑惑究竟是人類打破了自然法則還是生物進化論存在局限。
最主要是人類這一物種比較特殊與其它所有在太陽系的這顆藍色星球生存過的其它物種有非常大的不同，生物進化論用在其它物種上確實沒有太大的瑕疵，然而在人類上似乎又存在一些局限也或者是人類打破了這一自然法則。
曾經在這顆星球上活動過的所有生物幾乎都嚴格受到自然的支配與調控，大自然都能毫不費力的完成對所有生物的發展的制約，生物進化論就是在一切均在大自然力量支配的基礎上體出的，生物進化論認為所有生物都需要經歷自然的選擇「優勝劣汰，適者生存」它的一切主宰都是自然。
但是近年以來似乎有一些矛盾出現，由於人類得到了智慧這項特殊能力並將其大加利用，特別是上兩個世紀以來各種人類智慧的成果—科學技術的快速發展，人類快速壯大並且人類這一物種開始挑戰自然並試圖改造自然，並且確實在某些方面改造了自然：比如人類可以進行人工降雨，人類面對各種病毒不是完全依靠自身免疫力系統而是各種進行外部輸入抗體的治療，生物進化論認為所有物種都會存在食物不足從而淘汰一些個體，而人類卻通過勞作種植作物實現了不會因為食物不足而淘汰個體的目標。
其次，生物進化論認為所有生物都會經過漫長時間積累變異而後經自然選擇發進行進化，然而近年來人類突破了這一領域，基因編輯技術的日漸成熟，生物進化也不再受到時間限制，不在需要漫長的時光，只需要進行各種變異誘導、或者直接進行基因編輯就能獲得我們想要獲得的樣子，不僅如此遠緣雜交不親和的障礙也被打破了，我們不在只服從自然的意志而能任意決定生物進化的方向，生物不在是進化而是純粹定向的改造。
就進化論而言，地球上所有物種都能有生存的空間並與天敵不停競爭而獲得生存機會，然而現在由於人類活動各物種生存空間被無限壓縮，加上環境汙染大量物種滅絕，直接將生物滅絕速度提高了幾千倍，由於環境變化速度過快很多物種還來不及進化就滅絕了，
現在很多的物種都只能在人類的庇佑下才能勉強維持極少數的個體，所有的進化方向被打亂，很多物種正面臨瀕臨滅絕的邊緣，各物種的生存困難進化方向也變得模糊，更有甚者是完全人類圈養，從前貓是老鼠的天敵而今天確相處和諧同為人類寵物，貓也不在以鼠為食物，現在除了與人類親近的物種滅絕者甚多。
生物進化論自然條件下確實很有說服力，然而在人類這一智慧物種強烈改造的環境下又只得另當別論，生物進化論最重要的是自然條件，而人類卻有改造自然的能力，不得不說這確實是一大局限，它注重自然對生物的選擇但忽略了生物同時也能改造自然。