一、源頭資料短缺
很多研究者認為，進化心理學的確非常強調對更新世時期的考察，認為這段進化歷史是理解現代人類心理的重要信息來源。由於目前人類對更新世時期的遠古生活環境還非常不了解，數據十分有限。這降低了進化形成的利他心理的解釋機制的實證性，讓人感到這種解釋機制只是用抽象的邏輯推理來建構理論。
二、進化心理機制的當代適用性問題:
進化心理學認為人類個體幾乎所有隱藏在利他主義、多元需求背後的無意識動機,所有對文化、習俗、社會意識形態的遵從以及所有看似非理性、非效用最大化的行為,最終都服務於人類本能和無意識中對生存利益及繁衍利益最大化的追求，指向生存及繁衍利益的最大化,即基因適存性的最大化。可在生存和繁衍問題得到極大解決的當代，這種基因適存的「慣性」解釋力減弱，如無意義與低欲望、藝術創作、高級娛樂活動等行為。
三、決定論與自由意志
進化心理學強調進化形成的心理適應器及環境輸入決定了人的行為，忽視了自由意志的影響。哲學上存在不相容論到經典相容論再到新相容論的思辨，新相容論認為決定論與自由意志是相容的：在決定論的背景下，我們仍然具有自由意志。進化心理學家們對於心理機制的看法確實是一種新思路，但問題在於進化心理學將全部人性歸因於進化而來的心理機制所帶來的問題：忽略了人類意識抑或人類理性的作用。人類擁有意識，擁有理性，具有反思的能力。舉一例子：小明準備參加某比賽為班級爭光（自然選擇中的群體選擇壓力形塑的利他心理機制），但當他知道了這種行為背後的心理機制時，他可能感到自身被規則驅使，產生荒唐感和逆反心態，降低集體榮譽的價值序次，拒絕為班級爭光。更複雜一些，他可能內心決定拒絕參賽而到了真正報名時再次轉換心態。
四、心理適應器：
對心理現象的解釋以適應器為基礎，對副產品、隨機影響的相關研究和解釋不足。進化心理學強盜心理機制的模塊化和專門化，但數量眾多的心理適應器之間各自獨立還是相互作用、有無優先級（如果有是怎樣的）、是否存在一般性心理機制等問題其尚未能給出明確的回答。
五、生理進化與心理進化是否遵循同一邏輯:
人類在身體和心理兩方面與動物都是存在著一定程度上的淵源關係。但淵源關係的存在並不代表人類與動物的本性遵循同一邏輯。有兩個假設：1.類似於生物進化，人類的心理可能也存在著進化的過程；2.心理進化與生理進化可能遵循著同樣的進化方式。人們很容易接受第一層意思，從而接受這個類比，因而忽略了第二層意思，對這個假設的兩層意思都不加反思地予以接受。並且連達爾文本人，也並沒有對此假設給以論證。實際上，進化心理學在與生存相關的領域如配偶選擇、性別差異等方面頗具解釋力，而對於那些遠離生存與繁衍的心理現象，進化心理學並不能提供令人信服的解釋，甚至某些現象，根本沒有統一的一種說法，比如同性戀現象。心理現象和物理現象具有本質的區別。心理現象的典型特徵在於，它總是「指向」某些事物，並伴隨著願望、信念和意向等過程。但是生理現象卻沒有意向性，所以進化心理學將心理機制還原為生理機制的做法，其實是抹殺了心理現象與生理現象之間的差別和界線。
六、文化的影響:
進化心理學將文化看作先天本能與生活環境相互作用、協同進化的結果。在進化心理學的理論中，文化的進化作用被忽視，基因的遺傳作用被提高，進化心理學家所理解的「進化」，往往過分地、單一地強調自然選擇的作用，卻沒有看到自然進化和文化變異之間的本質區別，而且對文化的相對獨立性語焉不詳。因此僅用自然選擇機制來解釋心理模塊的起源是無力的。人類文明的誕生，徹底改變了人的生存方式，使人類擺脫了自然力的盲目作用，並從自然界中突出出來而成為自然力的駕馭者。因此，在人的文明的歷史進程中，自然力的作用便隱退為人的存在的背景因素。此時，對人類歷史過程起主要決定作用的，就是人的自覺的實踐活動，而不再是盲目的自然力。所以，進化心理學對於複雜的活動（勾心鬥角的政治活動、多重人格、變態心理）往往只能停留在「背景」解釋層次，無法深入下去。同時，進化心理學將環境作為第二位的因素，因此文化往往成為其解釋的背景因素，這低估了文化的作用。
七、局限上的展望：
進化心理學或許並不是一場真正意義上的心理學革命。或者說，它擁有革命的潛力，但是卻並無革命的實質。這主要表現在，雖然進化心理學摒棄了行為主義和認知心理學的諸多弊端，也嘗試著從全新的角度來理解人類心理的結構和過程，但是總體上，進化心理學僅是對認知心理學進行了必要的反叛和修正：在心理結構方面，它提出了新的構想，但卻很難表述清楚，令人信服；在心理過程方面，它幾乎沿用了認知心理學的計算主義主張。
但它試圖整合來自多學科的研究成果以期解決自身問題：如考古學、認知神經科學和具身認知理論能夠從各自的視角出發，分別解決進化心理學理論框架中的部分問題。(考古學：提供關於遠古生活環境的更多資料，緩解「推論性」和「無法證明」的困境。認知神經學：深化對進化心理機制的生理認識。具身認知理論：雙重遺傳理論探討了遺傳和文化過程如何在進化時間上相互作用）
八、小結
進化心理學面臨著一些不可避免的理論困境：有些困境是源於進化論和認知心理學本身的局限（心理進化的特殊性討論、計算主義怪圈等），另一些困境則是進化心理學所獨有的（如進化心理學試圖通過簡單的模型去解釋現代複雜的心理互動，喪失了大量解釋力），還有一些是哲學上的困境（如建構主義認為：所有方法論都是人類了解世界的一種方式，人類對世界的理解是一種解釋性的，理論不是被發現的，也不是獨立於研究者而存在與數據中，任何理論提供的都是對被研究世界的一種解釋性圖像 ，而不是真實圖景）。但它從進化的角度開闢了一種新視角，對於理解人類行為具有積極意義。
參考文獻：
張勇.超越進化心理學的理論困境[C].華東師範大學,2014.
蔣琦哲.進化心理學中普遍人性觀的問題與出路[C].吉林大學,2018.
黃思宇.以進化心理學視角審視「理性經濟人」假設[J].現代交際,2018,No.486,257-260.
鄭善敏.自由意志與決定論的相容性研究[C].蘭州大學,2018.
曹愛仙.理性牢籠下的生存[C].福建師範大學,2010.