藥師佛的淨土位於東方十方諸佛各有依自己的願力而成就的淨土，藥師佛的淨土又稱「東方淨琉璃世界」、「琉璃光世界」、「琉璃世界」、「東方淨土」。
東方三聖《藥師經》提到：「東方去此過十殑伽沙等佛土，有世界名淨琉璃，佛號藥師琉璃光如來……。」
「殑伽沙」是「恆河沙」的異譯，「十殑伽沙」即是指「十恆河沙」。藥師佛的淨土位於我們所在的娑婆世界東方，距離十恆河沙佛土以外的地方，名為「淨琉璃」，也就是「常寂光淨土」，與阿閦佛的妙喜世界同是東方世界。
在藥師佛的淨土裡，除了藥師佛之外，另有日光遍照、月光遍照兩大上首菩薩，以及八位引導眾生進入淨土世界的大菩薩。此外，還有誓願護持藥師法門的十二藥叉神將，他們各率七千藥叉眷屬，護佑受持藥師法門的眾生。
琉璃淨土的正報與依報
就如同極樂世界一樣，所有的佛國淨土都是正、依報莊嚴的。
琉璃世界的正報是藥師琉璃光如來，其莊嚴圓滿已在前文（見檔案2〈藥師佛的形象〉）所述；在依報莊嚴方面，《藥師經》中佛陀告訴文殊菩薩：「然彼佛土，一向清淨，無有女人，亦無惡趣，及苦音聲。琉璃為地，金繩界道，城、闕、宮、閣、軒、窗、羅網，皆七寶成。亦如西方極樂世界，功德莊嚴，等無差別。」
據《藥師經》所說，東方淨琉璃世界清淨無染，光明透徹，照亮無量無邊世界。其地面是由琉璃所鋪造，金繩作為分界，宮殿、樓閣、軒窗、羅網皆以七寶所成。
此外，生於琉璃國土的眾生已經消除業障，善根具足，無諸欲染，因此國土無三惡趣，也就沒有苦惱之聲。國土眾生全是自然化生，如藥師佛般，身如琉璃，光明熾燃，內外明徹。且國土中沒有女人，超越男女相的差別。
《藥師經》說東方琉璃世界功德莊嚴，與西方極樂世界等無差別。這是因為釋尊在宣說藥師法門之前，已經先宣說了西方極樂世界的淨土法門，因此就不再詳述琉璃世界的樣貌，再者佛佛道同，因而說東方琉璃世界與西方極樂世界等無差別。
真言宗的《淨琉璃淨土摽》則描述琉璃世界：
其的紺琉璃色，塵數無量寶花樹，樹華葉形，
或佛形，放無量光明，名佛波羅蜜；或菩薩形，
生無量伎樂，名三昧總持；或金堂形，放無
量百寶雲，名菩提妙嚴；或寶塔形，生無量
天眾，名覺智樹漠日雨輪樹。無量百千幢幡
行列，無量寶網、寶鬘、鈴、鐸等莊嚴。……
佛前左右外院，作無量天眾妓樂形。……外
院上下八方，作十二神將眾，無數金剛童子
眾以為眷屬也。
由此可知，琉璃世界極為莊嚴殊勝，恰好與阿彌陀佛西方淨土，相互輝映。
藥師法門（2）—「藥師琉璃光如來」消災延壽、解厄、增福增慧！
藥師法門：感召「消災、除障、祛病、延壽、納福」的功德利益！