總體看來，自主招生中的論文造假問題並不陌生。調查顯示，我國存在大約產值100億元的論文代寫市場，而之所以存在代寫論文，是因為我國的學術評價體系存在問題，在評價一名學者的學術能力、學術貢獻時，只看論文發表，而不重視論文本身。重視論文發表和重視論文本身是不一樣的。重視論文發表，主要關注論文發表的數量以及期刊檔次，而重視論文本身，則關注論文本身的創新價值。由於只重視論文發表，因此很多人就在炮製論文、運作論文發表上做文章，代寫論文的機構也「應運而生」，這些機構與一些劣質期刊勾結，打造出代寫論文產業鏈。
自主招生論文造假現象，是代寫論文產業鏈的下移。可以說，凡是有論文要求的地方，都會滋生出論文造假亂象。針對代寫論文等論文造假問題，我國必須改革學術評價體系，推進專業同行評價，要用學術標準評價一名學者的真實學術能力與學術貢獻。
而具體到自主招生，高校更應該關注論文本身所展現的學生的學術潛能，而非是否發表論文。如果只看論文是否發表，那麼，就會給代寫論文提供很大的運作空間。這要求高校在對自主材料進行審核時，組成獨立的專家委員會，按不同學科審核學生論文的真實性和質量。也許有人會說，自主招生申請的學生太多，審核的工作量太大，但其實，申請自主招生學生平均到一個校不到一萬人，這些學生中提交論文的只有一部分，把這一部分學生的論文分散到各學科進行評審，並不會耗費太多時間。不願意耗費時間審閱論文，那麼處理論文的辦法就只有看是否被期刊錄用了。所以，在自主招生論文涉嫌造假被質疑後，有高校就把責任推給學術期刊，說它審核不嚴，並稱高校沒有責任去審核學生提交論文的真實性。這其實是不負責的，也表明有的高校失去了獨立評價的能力，把期刊發表作為學術評價的唯一標準。
再就是要加大對自主招生論文造假的處罰力度。針對自主招生論文造假問題，2017年4月， 就在當年所有高校自主招生報名結束之際，教育部辦公廳下發《關於嚴格高校自主招生資格審查和考核工作的通知》，要求嚴厲打擊自主招生中的證書、發明、專利、論文買賣和造假等違規違紀行為，堅決斬斷「利益鏈條」。該通知強調，不宜簡單以賽事證書、發明、專利、論文等作為報名條件，而要結合本校相關學科、專業特色及培養要求，科學合理確定報名條件，突出對學生的學科特長和能力要求。［2］
2018年3月，隨著新一年高校自主招生工作的啟動，教育部專門做出部署，要求堅決打擊自主招生作假。教育部強調，對在自主招生中提供虛假報名材料的考生，將按照《國家教育考試違規處理辦法》和《普通高等學校招生違規行為處理暫行辦法》有關規定嚴肅處理。相關要求細化了對自主招生申請材料弄虛作假的處理，明確在報名階段查實的，取消其自主招生報考資格，同時取消其當年高考報名資格；在入學前查實的，取消其入學資格；入學後查實的，取消其錄取資格或者學籍。對學校、單位和個人在自主招生中徇私舞弊或協助考生弄虛作假的，將嚴肅追責問責，絕不姑息；涉嫌犯罪的，依法移送司法機關處理。［3］按照以上規定，只要學生提交的自主招生論文被查實造假，不管他是否通過初審，或者通過初審後是否獲得資格，以及最終被錄取，都應該視為高考作弊處理。只有嚴格處理，才能對造假者產生震懾作用。
對於公開宣稱運作自主招生論文代寫的機構，也應該依法追究負責人的刑責。我國已將組織作弊罪入刑，由於自主招生申請材料造假已被作為高考作弊處理，那麼，有組織有計劃地幫助自主招生論文造假，就是組織作弊。因此要按組織作弊罪追究有關機構負責人的法律責任。