聽說Excel表格動了你的基因名?

2021-02-25 生信技能樹

很簡單啊，修改回來啊！！！

幫同學處理一下他從公司拿到的差異分析結果，當然，給我的是Excel表格，老規矩，導出csv然後讀入R，然後準備順手畫個火山圖，PCA圖，熱圖，做個GO/KEGG富集分析。下意識的看了看數據結構，然後順手按照基因名排序了一下，哈哈哈~

這是一個大坑。

就因為這個還有兩篇文章；

也有人在論壇上面發問，高達2K的閱讀量： https://www.biostars.org/p/211861/

Some gene names start with APR/MARC/SEPT* etc default converted into date format.

我們生信技能樹論壇也有人分享過： Excel-坑你的基因名沒商量！

隨意篡改20%的遺傳學論文!
可就在今年8月份，三位科學家在《Genome Biology》期刊上發表論文，稱他們發現20%的遺傳學論文包含了Excel軟體導致的基因名轉換錯誤。他們對論文進行的掃描顯示，科學文獻中的基因名錯誤十分普遍，在默認設置下Excel軟體會將基因的名字轉換成日期或浮點數。
舉例來說，基因名字SEPT2和MARCH1會被分別轉換成2-Sep和1-Mar;標識符2310009E1被轉換成浮點數2.31E+13。

但是，如果你會編程的話，事情就很簡單咯，一句話搞定！

a$Gene.Symbol=unlist(lapply(as.character(a$gene_assignment),function(x){trimws(strsplit(x,'//')[[1]][2])}))

編輯：jimmy

點擊下面的閱讀原文，上面的連結都是可以跳轉的！

如果你對上面的圖表完全無法理解，那麼你可能需要下面的課程：

不點讚也不打賞，為什麼呢？

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