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之前，周老師跟大家分享過植物病原互作的KEGG map，但是很多同學表示膝蓋中了一箭……我們也是為大家操碎了心。今天周老師分享一點經驗，如何簡化尋寶KEGG map信息，哼哼~
首先我們應該明確，KEGG map是根據學者們已發表的文章，已有的大量數據畫出來的。所以也就意味著，一張map圖包含信息量很多，但同時對我們而言，有些信息太冗餘了。所以你的文章要扯通路，那麼簡化KEGG map圖就很有必要了喂。
之前我們就介紹了植物病原互作的KEGG map（回複數字「33」查看哈），今天我們繼續以這個map為例，看看如何能簡化map圖。
在網頁上登陸KEGG資料庫，搜索植物病原互作map圖，即「Plant-pathogen interaction」，找到這個通路的map。Map中所有的基因都是有超連結的。例如，我想了解FLS2這個基因，可以點擊圖片中的圖標。
跳轉後的頁面，就有這個基因的介紹頁面，裡面會提供這些基因的名稱、所屬通路、在各個物種中的同源基因、基因序列等信息。
非常很重要的一點，這裡還會提供與這個基因功能相關的參考文獻。畢竟KEGG提供的map圖片還是比較抽象，要弄清楚還是要依靠原文獻的幫助才可以。
很多時候，你要搞懂一個通路map，需要看許多通路相關基因的文獻，同志們，不用在谷歌那裡大海撈針哈，別忘了在這裡找參考文獻。（這裡的參考文獻直接、權威。）
如果在map圖裡的參考文獻找不到你要的信息，這時候就要找谷歌學術幫忙了。（輕鬆上谷歌學術用www.gfsoso.com，我們都用哈哈）
打個比方就是，KEGG map就如同一個尋寶圖，圖上給了你寶藏的線索（基因、酶等等），要真正找到你的寶藏（與你研究相關的東東），還需要一段艱辛路程（閱讀大量文獻），以及盟友谷歌君的補血啊。
OK，閱讀文獻誰不會啊？但是問題來了，為什麼我看到別人文章裡的通路信息圖如此簡單粗暴高效，而我打開KEGG map卻總是山路十八彎！！！其實很簡單，作者只展示了與自己研究相關的通路變化。比如之前我們分享過的風信子花色決定機理研究的文章（回複數字「32」查看哈）。
在文章裡，作者的呈現的這個通路的形式大概是這樣子，次奧，這也太簡單了吧，居然還能發5.7分？！！
但是當你打開花青素代謝通路（花色決定機理）KEGG map，你會看到實際上通路圖是下面這個樣子的，呵呵噠~
是不是很複雜？你會發現這張圖的過程涉及了3個KEGG 通路：類黃酮合成通路、花青素合成通路、黃酮和黃酮醇合成通路（再次呵呵噠）。其中類黃酮合成通路屬於上遊通路，其生成的產物會流入後續兩個下遊通路。
這個時候你就需要淘寶了。首先別罵娘，冷靜然後深呼吸，再好好找找與自己研究相關的東西。我們前面說簡化KEGG map就是一個尋寶的旅程。
第一，根據線索（自己研究相關的基因或者酶或蛋白）對應到map上。以花色機理研究的文章為例，首先明確花青素合成與map有什麼關係。
這佔據了這個map的一小部分。這個通路合成的產物pelargonidin（花葵素），cyanidin（花青素），Delphinidin（飛燕草素）流入下一個通路，成為anthocyanin biosynthesis（花青素合成）通路的原料。
比較map裡的3個通路後，你也會發現類似的內在關係。當你找到這些內在邏輯後（閱讀文獻+谷歌補血），就可以從map 提取關鍵信息，忽略或合併某些次要的信息，來簡化這些路徑（例如風信子文章，作者就使用「飛燕草色素衍生物」，來統稱下遊的所有相關產物）。
不過，這項工作也是一件非常耗時的事情。上次周老師為了弄懂plant-pathogen interaction的一部分，就花費了幾個星期，閱讀了N篇綜述和N篇研究論文，才慢慢理清了邏輯（原諒我們也有不懂的領域）。
最後很重要，在科研的道路上，沒有捷徑，因為很重要再重申一遍，真的沒有捷徑！！只有一條路，多看paper，多鑽研，誰讓我們是科研狗呢哈哈~
下一期，周老師將解讀效應蛋白觸發的免疫通路，走過路過飄過的同學們不要錯過了~~
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