專業分子可視化軟體VMD教程預告

2021-01-13 3D科研繪圖


致各位關注小編的微信用戶：

不管你是跟隨我一路走來，還是昨天才關注的我，能在這裡相遇都是緣分。如果你足夠細心的話，應該會發現推文上方的圖片開始有水印了。沒辦法，盜用我教程的人太多，有興趣可以點這裡👉那些年都有哪些人搬運我的教程。


除此之外，上面的圖片還有一點變化。那就是多了一款新的軟體名字——Visual Molecular Dynamics（簡稱VMD），沒錯，我又要開始挖坑了。

▲VMD渲染的分子案例


熟悉我的人應當知道，我是不會隨便推薦軟體的。VMD是一款分子可視化程序，對於大型生物分子的編輯很有幫助。和PyMOL一樣，VMD也是基於Python代碼。考慮到VMD是開源的，可以在VMD官網上直接下載，所以我選擇它進行生物類分子繪製的教程講解（本系列教程不收取任何費用）。


這裡我使用的是Win版，下載地址如下

連結：https://pan.baidu.com/s/1qv2TuMkf5aT8sIsV9n5oXg

提取碼：5vkd


其實官網上有英文版的入門教程，網上應該也能搜到中文版的講解。但如果想要系統學習，肯定不是一朝一夕的事情。所以，關注3D科研繪圖的意義就在於此。我們會用專業的知識替你把關，把枯燥的文字轉化成生動形象的教程。


VMD打開之後有三個界面，分別是編輯、顯示和後臺程序運行界面。


舉個簡單的例子，比如我們要畫一個蛋白的模型。首先在Protein Data Bank（PDB）官網上下載對應蛋白的pdb文件，如2bce（膽甾醇脂酶），然後加載該文件（具體的操作我都會在以後的教程中演示）即可。


加載完之後的顯示界面如下


可以設置不同的顏色、材質、顯示方式等等。


還可以導出3D格式的文件，如obj格式。


然後導入3D軟體如C4D中進行更多樣化的材質編輯


關於VMD系列教程持續的時間我也不確定，有可能一兩個月之內就完結了。但如果是和其他教程穿插著進行的話，持續到明年也有可能。總而言之，這是一款值得了解的軟體。如果你是分子生物學相關專業，相信這個系列的教程對你的作圖會有很大幫助。


論科學可視化，我們絕對是專業級的！


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