你一直沒學會的科研技能——GO分析和Pathway分析

解螺旋

當通過測序或者生信資料庫獲取差異基因後，go和pathway分析就是不必可少的步驟。通過GO富集分析可以找到富集差異基因的GO類條目，尋找不同樣品的差異基因可能和哪些基因功能的改變有關。Pathway分析可以找到富集差異基因的Pathway條目，尋找不同樣品的差異基因可能與哪些細胞通路的改變有關。（文末查看領取方式）

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單基因GO和Pathway分析

一般lncRNA下遊間接功能機制研究會通過敲減或過表達lncRNA後，再以高通量手段檢測下遊編碼蛋白RNA水平表達變化，設定閾值後則表達差異變化2倍或以上的分子可定為候選分子。

而對候選分子進行分析最常採用的方法是GO分析和Pathway分析。本節課程主要介紹單基因GO和pathway分析常用工具，並手把手傳授其使用方法。

GO分析的網站其實有很多，但是主要的網站有NCBI、Ensembl、AmiGo以及GoA。視頻中以DUSP6為例，詳細演示了各個網站的操作方式，方便學員們即學即會。

AmiGO2的搜索界面及GO分析結果：

GOA的搜索界面以及搜索結果：

至於單基因的Pathway分析，我們有基礎的KEGG入門訓練營（點擊即可報名），課程就不再贅述，而是聚焦Reactome網站，並詳細介紹該網站的使用方法。

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多基因GO和Pathway分析

當候選分子數量龐大時，單基因GO和pathway分析顯得效率不足。此時多基因GO和pathway分析顯得尤為重要。

課程仍以DUSP6為例，詳細介紹PANTHER、GOC、DAVID和Gorilla這4個生物信息學網站對lncRNA下遊信號通路和網絡的預測分析。

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資源領取方式

私信我回復口令「GO分析」 領取