大家在進行差異基因表達分析時,會得到一批顯著差異基因,接下來就需要分析這些基因參與了哪些功能,常見的就是GO功能注釋和KEGG(pathway)通路富集分析。那麼,啥叫GO功能注釋呢?啥是KEGG?
作為小白的我真是有點混淆呢!今天就給大家詳細介紹一下GO/KEGG的強大之處!以及我們如何從這批差異基因中如何得知他們參與的功能與通路。
GO(gene ontology)
先說說GO,GO(gene ontology)分別從功能、參與的生物途徑、細胞中的定位,對基因產物進行了簡單注釋。所以通過GO富集分析可粗略地了解基因富集在哪些生物學功能、途徑或細胞定位。
KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)
再來說說KEGG,大多數聽說過KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)的人都會把它當作一個基因通路(Pathway)的資料庫,其實它的功能遠不止於此。KEGG是一個整合了基因組、化學和系統功能信息的綜合資料庫。KEGG擁有好多子資料庫,而其中有一個資料庫叫做KEGG Pathway,專門存儲不同物種中基因通路的信息,也是大家用得最多的一個,所以,久而久之,KEGG就被大家當作是一個通路資料庫了。
現在問題來了,我們手握這麼一批差異基因該如何知道他們參與的功能和通路呢?所以主角閃亮登場,就是今天要給大家介紹的,可以找到差異基因參與的功能與通路的在線分析工具——DAVID與KOBAS。
GO與KEGG富集分析,往往同時出現在不同場合,DAVID其實就可以做GO與KEGG富集分析,但相比之下,KOBAS畫出的圖更賞心悅目,但KOBAS不支持直接輸入gene symbol ,所以我們常常聯合DAVID和KOBAS一起進行使用。
話說David到底有多神奇呢?據統計僅DAVID這一個軟體就發表了10篇sci文章,其中5分以上7篇,累計影響因子將近85分。其他用DAVID進行分析並發表的文章就更不計其數了。DAVID資料庫分為幾塊,分別是功能分析、ID轉換、基因功能分類、基因查找等。DAVID需要用戶提供感興趣的基因列表,在基因背景下,使用提供的分析工具,提取該列表中含有的生物信息。這裡說的基因列表和背景文件的選取對結果至關重要。我們得知他們參與的功能和通路後,可根據kegg/go結果來選擇自己的研究方向啦。那麼集萬千優點於一身的「大衛」,該如何操作使用呢?
今天給大家推送的就是關於DAVID&KOBAS的使用方法,希望能夠幫助大家在科研工作中少走彎路,都能早早的順利發表自己文章。以下為課程目錄。
DAVID使用教程(自製視頻教學&PPT)
DAVID資料庫簡介DAVID功能注釋DAVID基因ID轉換KOBAS資料庫使用教程(自製視頻教學&PPT)
KOBAS資料庫簡介KOBAS功能注釋KOBAS基因ID轉換