百邁客雲平臺——助您輕鬆搞定GO、KEGG富集圖繪製

2021-01-11 百邁客雲

GO、KEGG分類富集圖繪製工具對給定的基因集結合注釋信息繪製GO分類富集圖、KEGG分類富集及通路富集圖。GO分類富集圖是通過對基因進行GO terms 富集度統計學的分析，計算出基因的P_value和Corrected_P-value，定位基因最可能相關的GO term。KEGG分類富集圖是可以把顯著的pathway進行富集，有助於找到實驗條件下顯著性變化的生物學調控通路。

適用數據類型：轉錄組研究數據和基因組研究數據

軟體：R包（ggplot2）

操作步驟

登錄百邁客雲首頁（www.biocloud.net）——分析——工具——繪製GO和KEGG富集圖。

操作方法

1.輸入文件

Anno: 是所有基因功能注釋的結果總表，一般百邁客的有參、無參項目中會有這個數據，通常的命名為All_Database_annotation.xls。

Genes_id: 指需要進行分析的基因集文件，txt文本格式，每一行是一個基因的名字。

GO_top_lines：指定前多少行用於GO富集繪圖，在進行GO富集分析的時候，會將結果按P值進行排序，然後挑選前n行進行繪圖，默認為20。

2.注意事項

（1）注釋總表（All_Database_annotation.xls），該文件包含Integrated_Function.anno、Function_anno.stat、GO.list、GO_tree.stat、Kegg.pathway、Kegg.ko等6個工作表，其中GO.list、GO_tree.stat、Kegg.pathway、Kegg.ko這四個必須包含，且命名完全一致。

（2）Genes_id和注釋總表的基因ID相對應；

（3）文件名稱：包含字母數字以及下劃線，不能以數字開頭，不能有空格，不能有特殊字符等。

（4）如果是在百邁客雲上分析的結果，只需要在項目結果中找到All_Database_annotation.xls文件輸入即可。如果不是在百邁客做的項目，沒有這個文件，您需要先將FASTA格式的文件在雲平臺的「基因功能注釋」小工具中得到All_Database_annotation.xls，如下示意圖。

3.結果說明

該結果包含兩個文件GO和KEGG

GO包含以下文件:

其中go_enrichment.png是GO富集結果圖，選擇置信度Pvalue最高的20個繪製通路富集圖；GO.Classification.png是GO分類圖。

KEGG包含以下文件：

KEGG.Classification.png是KEGG分類圖

案例展示

百邁客雲平臺的GO、KEGG分類富集圖繪製小工具得到了許多老師的認可，目前已經有一些老師運用這款小工具發表了文章，比如鄭州大學安秀麗老師課題組對四倍體與二倍體蕪菁轉錄組比較分析的研究中運用了GO、KEGG分類富集圖繪製工具，文章發表在《Frontiers in Plant Science》雜誌上。

此外，中國農業科學院油料作物研究所的胡瓊老師課題組對參與油菜分櫱調控相關信號通路的研究中也運用了GO、KEGG分類富集圖繪製工具，文章發表在《Int J Mol Sci》雜誌上。

1. Zhao R, Feng J, Yin X, et al. Antibiotic resistome in landfill leachate from different cities of China deciphered by metagenomic analysis.[J]. Water Research, 2018, 134:126–139.

2. Cheng H, Hao M, Wang W, et al. Integrative RNA- and miRNA-Profile Analysis Reveals a Likely Role of BR and Auxin Signaling in Branch Angle Regulation ofB. napus:[J]. International Journal of Molecular Sciences, 2017, 18(5):887.

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