基因通路富集分析 (gene set pathway enrichment analysis) 是在一組基因或蛋白中找到一類過表達的基因或蛋白。一般是高通量實驗，如基因晶片，RNA-Seq，蛋白質組學（質譜結果）的後續步驟。常見的就是GO功能注釋和KEGG通路富集分析。通過基因通路富集分析，我們可以初步分析基因可能參與的生物學過程或者信號通路。下面將手把手為大家介紹6種常用的基因富集通路分析方法，總有一款適合你！
1.David
DAVID是最早也是目前最經典的做富集分析的資料庫，它整合了大量生物學數據和分析工具，為大規模的基因或蛋白列表提供系統綜合的生物功能注釋信息。
基因通路富集分析步驟圖解：
第一步：打開網址，點擊Functional Annotation。
第二步：輸入基因集，選擇輸入類型
第三步：選擇物種，查看結果（包括GO和KEGG通路結果）
2.String
String資料庫是瑞士蘇黎世大學構建的一個搜尋蛋白質之間相互作用的資料庫。既包括蛋白質之間的直接物理相互作用，也包括蛋白質之間的間接功能相關性。它除了包含有實驗數據、從PubMed摘要中挖掘的結果和綜合其他資料庫數據外，還有利用生物信息學的方法預測的結果。
基因通路富集分析步驟圖解：
第一步：打開網站，輸入基因列表和選擇物種；
第二步：選擇資料庫內對應基因名稱；
第三步：結果下載－包括Go和KEGG通路。（如有需要還可以下載蛋白連接的結果）
4.Kobas
Kobas是北京大學開發的用於注釋和鑑定富集途徑和疾病的資料庫
基因通路富集分析步驟圖解：
第一步：打開網站，選擇Gene－list Enrichment
第二步：選擇輸入類型，物種，輸入基因列表，選擇資料庫，後可分析下載數據。
5.Metascape
Metascape是近年來新興的富集分析數據，數據不僅更新快，其覆蓋面也相當廣泛。從資料庫種類來說，Metascape整合了GO、KEGG、UniProt和DrugBank等多個權威的數據資源，使其不僅能完成通路富集和生物過程注釋，還能做基因相關的蛋白質網絡分析和涉及到的藥物分析，致力於為科研工作者提供每個基因全面而詳細的信息。
基因通路富集分析步驟圖解：
第一步：打開網站，輸入基因，選擇物種，開始分析。
第二步：結果下載－包括GO，KEGG分析結果；蛋白互作連接結果，並且都已經做好了圖，非常美觀。
5.Cytosacpe
Cytoscape是一款圖形化顯示網絡並進行分析和編輯的軟體，Cytoscape還能夠為網絡添加豐富的注釋信息，並且可以利用自身以及第三方開發的大量功能插件，針對網絡問題進行深入分析。
基因通路富集分析步驟圖解：
第一步：打開軟體，選擇Apps，點擊App Manager
第二步：安裝Apps。在搜索框輸入clueGo
第三步：點擊Apps的clueGo
第四步：輸入基因，選擇資料庫開始分析。
第五步：將網絡圖結果和Excel結果導出。
6.R
R是用於統計分析、繪圖的語言和操作環境。R是屬於GNU系統的一個自由、免費、原始碼開放的軟體，它是一個用於統計計算和統計製圖的優秀工具。至於使用，需要代碼，建議有興趣的小夥伴可以找找網課學習一下。R語言做出來的結果還是很好看的。