↑↑點上面藍色小字 | 關注↑↑
引言
對分組變量的差異顯著性檢驗是微生物生態數據分析中常見的內容。T-test是最為常用的檢驗方法,但t-test要求數據符合正態分布,在不符合正態分布的時候檢驗準確性要大打折扣。檢驗數據是否符合正態分布的方法可見往期推文「看SPSS如何檢驗數據是否服從正態分布」。如果被檢數據不符合正態分布怎麼辦呢?
什麼是Wilcoxon test?
今天向大家介紹一種非參數檢驗——Wilcoxon test。Wilcoxon test無需數據服從正態分布,適合在數據總體方差未知或知道甚少的情況下使用。相應的缺點是,在數據符合正態分布的情況下,檢驗的準確性要比t-test低。下面介紹如何在R中實現Wilcoxon test。
用法
Wilcoxon test使用方法和t-test類似,在R中輸入『?wilcox.test()』即可查看使用方法。如下:
舉兩個例子:
①若要計算兩種處理(x和y)的效果差異是否顯著(獨立樣品),示例數據如下:
在R中執行wilcox.test(x, y, alternative ="two.sided")。這裡兩處理的樣品數目可以不等。我們不知道x和y誰大誰小,所以我們選擇雙尾檢驗(『two.sided』)。如果要驗證x是否顯著大於y,可以選擇『greater』;驗證x是否顯著小於y,可以選擇『less』。
②如果要計算處理前後各樣品變化是否顯著(配對樣品),示例數據如下:
則在R中執行wilcox.test(x, y, alternative ="two.sided",paired=T)。這裡各樣品處理前後數據要一一對應,數目相等。同樣地,用『greater』或『less』可以驗證x是否顯著大於或小於y。
今天就分享到這裡咯,若有任何問題或不足之處歡迎留言指出~
往期原創精選:(點擊藍色標題直達)
如何快速評估16S rRNA基因引物的覆蓋率及特異性
教你一鍵下載同一屬下不同模式種的16S rRNA基因序列
兩種土壤細菌群落結構高通量絕對定量方法
畫完gene map就過年啦!
內標法測序研究生物炭對大豆土壤細菌群落的影響
古菌漫談 | 深古菌門--Bathyarchaeota
簡單粗暴!系統發育樹的構建-MEGA篇
利用反向穩定同位素標記方法檢測微生物降解有機物的活性
蠟狀芽胞桿菌類群(Bacillus cereus group)分類研究
利用穩定同位素探針(SIP)揭示不可培養微生物的功能
如何用FAPROTAX預測微生物群落功能
海洋可培養微生物的鑑定與分類
教你用ggtree繪製高顏值進化樹
臨近畢業,微生物生態相關文章可以投稿哪些SCI雜誌?
教你如何簡單快速繪製heatmap圖
根據16S預測微生物群落功能最全攻略
Rhizosphere、Rhizoplane到底誰才是根際,根際土該如何取?
微生物生態領域專業SCI期刊
Springer發表第二版「宏基因組學」研究最新指導書
看SPSS如何檢驗數據是否服從正態分布
如何第一時間了解研究領域最新動態?
真菌也可以功能預測?FUNGuild教你從ITS到功能分類
簡單粗暴!系統進化樹的解讀
如何與國際科學界接軌?你需要ResearchGate!
簡單粗暴,微生物生態研究中常用資料庫簡介
從《你的名字》學做「網絡關係圖」——Gephi篇
16S多樣性測序,到底該選啥引物?!
STAMP也可以輕鬆搞定
嵌合體?也就那麼回事兒——高通量數據處理二三事
微生物培養的福音:一個直接用16S rDNA序列來預測其培養基配方的網站!!!
【特別策劃】霧霾中的微生物
本期排版:盧瑟菌
本期校審:盧瑟菌,參天大蔥,李小圓
這裡是「微生物生態」,「科學思想值得傳播」,
歡迎大家轉發、評論、投稿~