據地質考察證實，早在20億年前，喜馬拉雅山脈的廣大地區是一片汪洋大海 ，稱古地中海，它經歷了整個漫長的地質時期， - -直持續到3000萬年前的新生代早第三紀末期。根據古地理的研究，中國大陸西部塔裡木盆地於中新世晚期脫離地中海環境，在元古代末阿爾金古海洋曾向北俯衝和拼貼，致使塔裡術地塊形成。古生代末崑崙古海洋離塔裡木俯衝和拼貼，海洋封閉，崑崙山升起，阿爾金形成縫合線，祁連山一阿爾金山一西醌侖山構成了青藏高原的北界。印亞板塊持續的匯聚作用，導致了青藏高原物質沿邊緣幾條大型的走滑斷裂帶發生大規模的脫逸，在8 Ma左右，青藏高原南部由於青藏高原巖石圈下部上地幔因"對流剝離」而出現南北向的張性構造，而在青藏高原的北緣導致阿爾金斷裂出快速的走滑變形。阿爾金山和阿爾金走滑斷裂作為青藏高原的西北部邊界，分隔了塔裡木盆地和柴達木盆地， 是中亞大陸內一條重要的走滑斷裂帶 ， 是具有多期活動的主要由阿爾金主斷裂、且末隱伏斷裂、三危山斷裂、拉竹龍斷裂、紅柳淘-拉配泉斷裂及江尕薩依斷裂組成的多條斷裂組合斷裂帶，以直線狀、強烈的左旋走滑運動舉世矚目。
和田玉就是出產於崑崙山-阿爾金山一帶的玉石，由於受地質變化的影響，所以其成因有其獨有的特殊性。和田玉的礦物粒度極細，為顯微晶質和隱晶質，在偏光顯微鏡下見為纖維狀、針狀、葉片狀，在透射電子顯微鏡下為長柱狀、短柱狀纖維狀。結構有以毛氈狀為典型，粒度均勻，交織成氈毯-般， 這是玉石質地細膩緻密的主要原因。此外，還有顯微片狀變晶結構、顯微纖維變晶結構、顯微纖維-隱晶質變晶結構、顯微葉片-隱晶質變晶結構等。
一-些分析指出，新疆和田玉礦屬於層控矽卡巖型，礦體賦存在海西(晚古生代)晚期花崗巖與鎂質大理巖相接觸的鎂質大理巖-側，延長方向呈透鏡狀或團塊狀，時斷時續，是巖漿後期富矽的熱水溶液交代白雲石大理巖的產物。