導語：新發地溯源迷霧重重，漏網之魚不可避免，全國各地都有可能再次拉起警報。
攝圖網
近期北京疫情因「新發地」相關多個聚集病例事件，出現疫情「小高峰」，受到全國關注。一方面是由於「新發地」在疫情爆發前10天，有超過百萬人去過「新發地」，這些人群中，被感染的人員可能帶來非常大的不確定風險。另外，不管是「物傳人」還是「人傳人」問題還尚不清楚，海鮮市場與百事廠區出現多人聚集性病例事件，引發公眾對海鮮等冷凍食品、可樂、薯片等安全性的擔憂。
北京市衛生健康委22日通報，21日0時至24時，北京市新增報告本地新冠肺炎確診病例9例、疑似病例2例、無症狀感染者5例，6月11日以來，北京市累計報告本地新冠肺炎確診病例236例，在院236例，尚在觀察的無症狀感染者22例。並有天津、河北、浙江、遼寧、四川多地發現超過20例的北京關聯病例，相關傳播溯源工作難度上升。
新發地與華南海鮮市場、中央公園面積比較，reuters.
中國疾控中心病毒病所專家先後在6月14日和15日、17日，3次進入新發地農產品批發市場，採集了數百份樣本，發現有不少陽性樣本，這些陽性環境樣本可以幫助研究者還原「案發現場」，鎖定傳染範圍甚至傳染源。專家傾向認為，「人傳人」與「物傳人」都可能發生，是物品或人將北京之外的新冠病毒帶入了「新發地」。
「新型冠狀病毒國家科技資源服務系統」http：//nmdc.cn/nCoV
6月18日晚間，中國疾控中心已通過「新型冠狀病毒國家科技資源服務系統」正式發布2020年6月北京新發地新冠疫情及病毒基因組序列數據。主要包括北京市確診病例基因組序列數據(NMDC60013902-01、NMDC60013903-02)以及環境樣本基因組序列數據(NMDC60013903-03)，這3個樣本均採集於2020年6月11日，為近期北京爆發的病毒樣本。同時中國疾控中心也向世界衛生組織及全球共享流感數據倡議組織（GISAID）提交了新冠疫情及病毒基因組序列數據，以全球共享數據。
nextstrain網站展示北京樣本基因組序列數據位置，https：//nextstrain.org/ncov
比對此前數據發現，最近發布的北京爆發3組序列病毒樣本均存在D614G突變，並落在同一個進化簇中，該進化簇中多為歐洲病例樣本，與前期採樣的3個輸入型的病毒的基因序列很不一樣，在全球冠狀病毒的進化架構中，和這3個北京的新冠病毒序列最接近的為來自中國臺灣、希臘和葡萄牙的新近發布的新冠序列。
bioRxiv preprint doi： https：//doi.org/10.1101/2020.06.14.151357
D614G流行變異情況，The D614G mutation of SARS-CoV-2 spike protein enhances viral infectivity and decreases neutralization sensitivity to individual convalescent sera，doi： https：//doi.org/10.1101/2020.06.20.161323
具有D614G突變的毒株於2月初開始在歐洲傳播，到5月成為世界範圍內的主流毒株，在歐洲和北美佔近70％的測序樣本。在印度，巴西、伊朗等地均有發現。
The D614G mutation in the SARS-CoV-2 spike protein reduces S1 shedding and increases infectivity，bioRxiv preprint doi： https：//doi.org/10.1101/2020.06.12.148726
美國斯克裡普斯研究所（Scripps Research）病毒學家Hyeryun Choe團隊在預印本網站bioRxiv文章稱發表最新研究表明，在整個歐洲和美國流行的 SARS-CoV-2變異體中的微小基因突變，有可能增加冠狀病毒上刺突蛋白的數量，這將大大提高了該病毒感染力，其感染人細胞的能力提高9-10倍。
D614G突變與感染力增強有關，bioRxiv preprint doi： https：//doi.org/10.1101/2020.06.12.148726
SARS-CoV-2分離株編碼病毒中的D614G突變隨時間推移，峰值（S）蛋白在發現它的位置上佔主導地位，這表明這種變化增強了病毒的傳播。Hyeryun Choe團隊比較了功能殘基上帶有天冬氨酸（SD614）和甘氨酸（SG614）的S蛋白的特性，觀察到以SG614偽病毒感染的逆轉錄病毒感染了ACE2表達細胞比使用SD614的細胞明顯更有效。使用類似病毒SARS-CoV-2 M，N，E和S蛋白的方法獲得了類似的結果，SG614確實做到了不能比SD614更有效地結合ACE2，並且包含這些S的偽病毒康復期血漿以可比的效率中和蛋白質。這些結果表明SG614比SD614更穩定，這與流行病學一致數據表明帶有SG614的病毒可以更有效地傳播。
D614G突變，bioRxiv preprint doi： https：//doi.org/10.1101/2020.06.12.148726
需要指出的是，該研究是使用製造關鍵冠狀病毒蛋白的無害病毒進行的，研究觀察到的變化是否還能轉化為現實世界中傳播能力的提高，還需要進行更多的流行病學研究。
The D614G mutation in SARS-CoV-2 Spike increases transduction of multiple human cell types，bioRxiv preprint doi： https：//doi.org/10.1101/2020.06.14.151357
6月15日，紐約基因組研究中心Neville E. Sanjana團隊基於偽病毒和人肺上皮細胞等細胞系，再次發現D614G變異讓偽病毒感染細胞的能力提升2.4-7.7倍，其中感染人肝細胞（Huh7.5-ACE2）最為顯著。
來自美國這些研究表明，這一新冠病毒變種與此前中國武漢發現的病毒不同（沒有這種刺突蛋白突變），這或許可以解釋為什麼新冠病毒能夠在歐洲、北美和拉丁美洲更廣泛地傳播。但也有其他科學家警告稱，要確定病毒差異是否影響爆發過程的因素，還需要進行大量研究。其他因素顯然也影響了這一傳播，包括封城時間、出行、社交方式和運氣等。
D614G流行變異情況，The D614G mutation of SARS-CoV-2 spike protein enhances viral infectivity and decreases neutralization sensitivity to individual convalescent sera，doi： https：//doi.org/10.1101/2020.06.20.161323
6月20日，重慶醫科大學黃愛龍教授團隊在預印本網站Biorxiv發表研究稱，新冠病毒刺突S蛋白D614G胺基酸殘基的突變可顯著增強病毒的感染能力，並且能夠降低對個體恢復期血清的敏感性。
這項研究再次證實美國斯克裡普斯研究所等機構對出現在S蛋白中的D614G變異做了初步研究，發現新冠病毒S蛋白的D614G變異會提升新冠病毒感染細胞的能力。
文章指出，介導SARS-CoV-2進入宿主細胞的刺突蛋白是疫苗和治療劑的主要靶標之一。因此，深入了解S蛋白的序列變異是了解SARS-CoV-2的感染和抗原性的關鍵。
黃愛龍教授團隊觀察到了S蛋白在614位的顯性突變（天冬氨酸對甘氨酸，D614G突變）。使用基於偽病毒的分析，發現S-D614和S-G614蛋白假型病毒共享一個共同的受體，即人血管緊張素轉換酶2（ACE2），該重組受體可以被重組ACE2與人IgG1融合的Fc區阻斷。但是，S-D614和S-G614蛋白表現出功能差異。首先，S-G614蛋白可以更有效地被絲氨酸蛋白酶elastase-2裂解，其次，S-G614偽病毒感染的293T-ACE2細胞比S-D614偽病毒更有效。
S-G614蛋白偽病毒顯示出更強的感染力，The D614G mutation of SARS-CoV-2 spike protein enhances viral infectivity and decreases neutralization sensitivity to individual convalescent sera，doi： https：//doi.org/10.1101/2020.06.20.161323
文章指出，迫切需要確定這種稱為D614G的突變會對從未有相關突變病毒中恢復的人們造成何種威脅。同樣令人擔憂的是，對於以前感染了較溫和毒株且已經康復的患者，新毒株實際可能導致第二次感染，但尚無臨床證據。他們的研究發現來自恢復期COVID-19患者的93％（38/41）血清可以中和S-D614和S-G614偽型病毒具有相當的效率，但約7％（3/41）的恢復期血清顯示出對S-G614假病毒的中和活性降低。這些發現對SARS-CoV-2傳播和免疫幹預具有重要意義。
黃愛龍教授團隊指出，鑑於SARS-CoV-2 RNA基因組的進化性質，可能需要進一步考慮抗體治療和疫苗設計，以適應D614G和其他可能影響病毒免疫原性的突變。
Spike mutation pipeline reveals the emergence of a more transmissible form of SARS-CoV-2，bioRxiv preprint doi： https：//doi.org/10.1101/2020.04.29.069054
今年4月份，IBM AI醫療團隊在四月份的一項研究中警告稱，D614G突變可能會降低針對該病毒刺突蛋白的疫苗計劃有效性。5月，洛斯阿拉莫斯（Los Alamos）國家實驗室的研究員貝特·科伯（Bette Korber）發表論文指出，歐洲和美國東海岸流行的是一種新型突變體病毒，其傳播力更強。科學家開始將注意力集中在D614G突變上。另外塞爾維亞一項研究中得出類似的結論。
但綜合多項研究來看，新冠病毒基因序列23403位點從A（腺嘌呤）突變成了G（鳥嘌呤）導致的D614G突變，相應的棘狀蛋白的第614個胺基酸從D變成了G D614G突變使病毒的棘狀蛋白增加4-5倍，並使這些蛋白更穩定、進而使病毒更容易侵入人體細胞，實驗室環境下可達9倍效率，D614G突變在現實環境下對新冠病毒感染力的影響仍待研究。
北京疫情病毒突變屬於D614G變異，並已有多地報告北京相關病例，諸如天津市疾控中心對天津第137例確診病例呼吸道標本的新冠病毒全基因組高通量測序和序列分析，並由中國疾控中心覆核，確認與北京新發地市場相關病例的病毒序列完全相同，屬於L基因型歐洲家系分支I。
這可能給防疫帶來困難。目前，北京市正加快儲備和加強北京核酸檢測的力量，以進一步擴大核酸檢測範圍，湖北、遼寧等多地也開始援助北京，以提升其檢測能力，並有強化社區管控趨勢。
因此，我們要準備應對病毒常態化與不確定性，從全球來看大流行遠還沒結束，大規模篩查後仍然存在漏網之魚，全國各地都有可能再次拉起警報。