一.信息類資料庫
1.綜合型資料庫NCBI:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
UCSC:http://genome.ucsc.edu/ (基因組瀏覽器)
Ensembl : http://asia.ensembl.org/index.html
Genecards : https://www.genecards.org/
BioGPS : http://biogps.org/#goto=welcome 大型綜合資料庫
MGD : http://www.informatics.jax.org/ 小鼠基因組
2.蛋白資料庫UniProt :https://www.uniprot.org/ 蛋白信息
SMART : http://smart.embl-heidelberg.de/ 信息/結構域/修飾/互作
CR2Cancer : http://cis.hku.hk/CR2Cancer/ 信息/表達/甲基化/CNV/預後/...
COBALT : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/cobalt/re_cobalt.cgi 保守性
Clustalo : https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/ 保守性
ClustalW : https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/ 保守性
multalin : http://multalin.toulouse.inra.fr/multalin/ 保守性
InterPro : http://www.ebi.ac.uk/interpro/ motif分析
PROSITE : https://prosite.expasy.org/ motif分析
ELM : http://elm.eu.org/ motif分析
NLSdb : https://rostlab.org/services/nlsdb/ 核定位
iACP : http://lin-group.cn/server/iACP 預測抗癌肽
3.-miRNA資料庫miRBase : http://www.mirbase.org/ 信息
Tools4miRs : https://tools4mirs.org 整合型
mirPath :http://snf-515788.vm.okeanos.grnet.gr/ 通路
miRPathDB : https://mpd.bioinf.uni-sb.de/ 通路
HMDD : http://www.cuilab.cn/hmdd pub/疾病
MISIM : http://www.lirmed.com/misim/Home 預測/疾病
Oncomir : http://www.oncomir.org/ 腫瘤/表達預後
miRNACancerMap : http://cis.hku.hk/miRNACancerMAP/ 腫瘤/表達預後
DIANA Tools : http://diana.imis.athena-innovation.gr/DianaTools/index.php?r=site/page&view=software 功能/機制
ENCORI : http://starbase.sysu.edu.cn/ ceRNA
4.lncRNA資料庫noncode : http://www.noncode.org/ 信息
lncrnadb : http://www.lncrnadb.org/ 信息
lncipedia : http://www.lncrnadb.org/ 信息
LncBook : http://bigd.big.ac.cn/lncbook/index 信息
AnnoLnc :http://annolnc.cbi.pku.edu.cn 信息/表達/機制
Rsite2 : http://www.cuilab.cn/rsite2 結構
RNA-MoIP : http://rnamoip.cs.mcgill.ca/ 結構
TANRIC : https://bioinformatics.mdanderson.org/public-software/tanric/ 腫瘤/表達
lnCAR :https://lncar.renlab.org 表達/結構
Lnc2Cancer : http://www.bio-bigdata.net/lnc2cancer/ pub/表達/表型
lncRNADisease : http://www.rnanut.net/lncrnadisease/ pub/疾病
HDncRNA : http://hdncrna.cardiacdev.com/ pub/心血管
iLoc-LncRNA : http://lin-group.cn/server/iLoc-LncRNA/ 定位/預測/Fasta
lncLocator : http://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/lncLocator/# 定位/預測/Fasta
RNAlocate :http://www.rna-society.org/rnalocate/index.html 定位/檢索
lncATLAS : http://lncatlas.crg.eu/定位/基於測序
Co-LncRNA : https://www.lncrnablog.com/tag/co-lncrna/ 功能/相關性
LncBase : http://carolina.imis.athena-innovation.gr/diana_tools/web/index.php?r=lncbasev2/index-predicted ceRNA
LncTar : http://www.cuilab.cn/lnctar lncRNA-RNA
LncTar: a tool for predicting the RNA targets of long noncoding RNAs
Lnc2Meth : http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/Lnc2Meth/ 甲基化
LncRNASNP2 : http://bioinfo.life.hust.edu.cn/lncRNASNP#!/ SNP/CNV/突變
LncRNA2Target : http://www.lncrna2target.org lncRNA-蛋白/miRNA
LNCediting : http://bioinfo.life.hust.edu.cn/LNCediting/ A-to-I
5.circRNA資料庫circBase : http://www.circbase.org/ 信息
circbank : http://www.circbank.cn/help.html 信息/ceRNA
CIRCpedia : https://www.picb.ac.cn/rnomics/circpedia/ 信息/保守性
circAtlas : http://circatlas.biols.ac.cn/ 信息/ceRNA/RBP
CircInteractome : https://circinteractome.nia.nih.gov 信息/ceRNA/RBP/siRNA
circRNADb : http://reprod.njmu.edu.cn/circrnadb 信息/編碼蛋白
CircFunBase : http://bis.zju.edu.cn/CircFunBase/ 信息/功能/蛋白/miRNA
TSCD : http://gb.whu.edu.cn/TSCD/ 組織特異性分析
CSCD : http://gb.whu.edu.cn/CSCD/ 腫瘤特異性分析
circRNADisease : http://cgga.org.cn:9091/circRNADisease/ pub/疾病
TRCirc : http://www.licpathway.net/TRCirc/view/index 轉錄因子-circ
ENCORI : http://starbase.sysu.edu.cn/ ceRNA/RBP
6.外泌體資料庫EVmiRNA : http://bioinfo.life.hust.edu.cn/EVmiRNA#!/ miRNA
exoRBase : http://www.exorbase.org/ 血液/mRNA/lnc/circ
miRandola : http://mirandola.iit.cnr.it/ RNA/疾病-高通量
7.假基因資料庫dreamBase : http://rna.sysu.edu.cn/dreamBase/ 整合型/表達/組蛋白修飾/RNA修飾/蛋白結合/miRNA
8.融合基因資料庫ChimerDB : http://ercsb.ewha.ac.kr/fusiongene/整合型/pub+預測
COSMIC Fusion : https://cancer.sanger.ac.uk/cosmic/fusion pub
9.DNA修飾資料庫AWESOME :http://www.awesome-hust.com/ snp
Pancan-meQTL : http://gong_lab.hzau.edu.cn/Pancan-meQTL/ SNP/甲基化-生存/調控
iDNA6mA-PseKNC : http://lin-group.cn/server/iDNA6mA-PseKNC N6甲基化/Fasta
MethBank : https://bigd.big.ac.cn/methbank/ 甲基化/多物種/注釋庫
10 RNA修飾資料庫RMBase :http://rna.sysu.edu.cn/rmbase/ RNA修飾/SNP
m6AVar : http://m6avar.renlab.org/ m6A
WHISTLE : http://180.208.58.19/whistle/index.html m6A/預測
iRNA-3typeA :http://lin-group.cn/server/iRNA-3typeA.php m1A/m6A/A-to-I/預測
LNCediting : http://bioinfo.life.hust.edu.cn/LNCediting/ A-to-I
11.蛋白修飾資料庫PTMD : http://ptmd.biocuckoo.org/ 修飾-疾病
Phosphonet : http://www.phosphonet.ca/ 磷酸化
PhosphositePlus : https://www.phosphosite.org/homeAction.action 磷酸化
qPhos : http://qphos.cancerbio.info/ 磷酸化
GPS : http://gps.biocuckoo.cn/index.php 磷酸化
GPS-MSP : http://msp.biocuckoo.org/index.php 蛋白甲基化
12.藥物資料庫DGIdb : http://www.dgidb.org/ 藥物-基因
Pubchem : https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/ 化合物/信息/結構
CTD : http://ctdbase.org/ 信息/化合物/互作
NRDTD :http://chengroup.cumt.edu.cn/NRDTD/ 藥物-ncRNA
ETCM : http://www.tcmip.cn/ETCM/ 中藥/靶分子/功能/疾病
BATMAN-TCM : http://bionet.ncpsb.org/batman-tcm/ 中藥/靶分子/功能/疾病
TCMSP : https://lsp.nwu.edu.cn/ 中藥成分/靶分子/疾病
TCMID : http://119.3.41.228:8000/tcmid/ 中藥信息
SymMap : https://www.symmap.org/ 整合型
VigiBase ：https://www.who-umc.org/vigibase/vigilyze/ 藥物不良資料庫
13.疾病資料庫HMDD : http://www.cuilab.cn/hmdd (疾病/miRNA/靶分子)
lncRNADisease : http://www.rnanut.net/lncrnadisease/ (疾病/lncRNA)
circRNADisease : http://cgga.org.cn:9091/circRNADisease/ (疾病/circRNA)
HDncRNA :http://hdncrna.cardiacdev.com (心血管疾病/ncRNA)
OsteoporosAtlas : http://biokb.ncpsb.org/osteoporosis/ (骨質疏鬆/基因/miRNA)
AlzBase : http://alz.big.ac.cn/alzBase(阿爾茨海默症/GEO)
14.其他資料庫Autophagy：http://www.autophagy.lu/index.html 自噬資料庫
eFORGE：https://eforge.altiusinstitute.org/ 表觀遺傳資料庫
CellMarker：http://biocc.hrbmu.edu.cn/CellMarker/ 細胞標誌物資料庫
COSMIC：https://cancer.sanger.ac.uk/cosmic/ 癌症體細胞突變資料庫
GEO : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ (2020)大型/眾多疾病
TCGA : https://portal.gdc.cancer.gov/ (2020)腫瘤
ICGC : https://dcc.icgc.org (2020)腫瘤
CGGA : http://www.cgga.org.cn/download.jsp 膠質瘤
CPTAC : https://cptac-data-portal.georgetown.edu 腫瘤蛋白質組資料庫
Treehouse : https://treehousegenomics.soe.ucsc.edu/public-data/#v9publicpolya 兒童腫瘤
CCEL : https://portals.broadinstitute.org/ccle 腫瘤細胞株
cbioportal : http://www.cbioportal.org/ 腫瘤
Protein Atlas : http://www.proteinatlas.org/ 免疫組化資料庫/腫瘤
GTEx : https://www.gtexportal.org/home/index.html 正常樣本
Cistrome : http://cistrome.org/db/#/ (2020)表觀組數據
ReMap : http://tagc.univ-mrs.fr/remap/index.php ChIPseq數據
HMP : https://portal.hmpdacc.org/ 人類菌群數據
PanglaoDB : https://panglaodb.se/index.html 單細胞轉錄組/表達/亞群marker
2.分析平臺NetworkAnalyst : https://www.networkanalyst.ca /晶片/RNAseq
GREIN : www.ilincs.org/apps/grein/ GEO-array/RNAseq-預分析
BioJupies :https://amp.pharm.mssm.edu/biojupies/ RNAseq
IRIS-EDA : http://bmbl.sdstate.edu/IRIS/ RNAseq/scRNA-seq
iDEP.85 : http://bioinformatics.sdstate.edu/idep/ 晶片/RNAseq
Granatum : http://granatum.dcmb.med.umich.edu:8102/?_state_id_=c11e507cd31c35d0&tab=info 單細胞測序
MicrobiomeAnalyst : https://www.microbiomeanalyst.ca 微生物組學
Microbializer : https://microbializer.tau.ac.il 微生物組學
3.基於GEO/TCGA開發的資料庫GEO2R : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/geo2r/ 差異分析/晶片編號
BART : http://igc1.salk.edu:3838/bart/ 差異分析/晶片編號/原始文件
ImaGEO : http://bioinfo.genyo.es/imageo/ meta/晶片編號
R2 : https://hgserver1.amc.nl/cgi-bin/r2/main.cgi 多種分析
CRN : http://syslab4.nchu.edu.tw/ 腫瘤相關
Lung cancer Explorer：http://lce.biohpc.swmed.edu/lungcancer/index.php#page-top 肺癌
GEPIA : http://gepia.cancer-pku.cn/ 表達/預後/相關性
Oncomine : https://www.oncomine.org/resource/login.html 表達/預後/相關性
UALCAN : http://ualcan.path.uab.edu/index.html 表達/預後/相關/甲基化
LinkedOmics : http://www.linkedomics.org/login.php 表達/相關/甲基化
TRGAted : https://nborcherding.shinyapps.io/TRGAted/ 預後/OS/DFS/DFI
KM plotter : http://kmplot.com/analysis/ 預後/mRNA/miRNA
MethSurv : https://biit.cs.ut.ee/methsurv/ 甲基化預後
MethHC : http://methhc.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php 甲基化-表達
MEXPRESS : https://mexpress.be/ 甲基化
Lung cancer Explorer：http://lce.biohpc.swmed.edu/lungcancer/index.php#page-top 肺癌
HCMDB：http://hcmdb.i-sanger.com/index 人腫瘤轉移數據
LongTarget : http://lncrna.smu.edu.cn/ R-loop
R-loopDB : http://rloop.bii.a-star.edu.sg/ (R-loop)
2.(RNA-RNA) miRNA-RNA資料庫
ENCORI : http://starbase.sysu.edu.cn/ (ceRNA)
TargetScan : http://www.targetscan.org/vert_72/ ceRNA
miRWalk : http://mirwalk.umm.uni-heidelberg.de/ (整合型)
TarBase : http://carolina.imis.athena-innovation.gr/diana_tools/web/index.php?r=tarbasev8%2Findex pub
miRTarBase : http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php (預測)
LncBase : http://carolina.imis.athena-innovation.gr/diana_tools/web/index.php?r=lncbasev2%2Findex 預測/lncRNA
LncACTdb 2.0 : http://www.bio-bigdata.net/LncACTdb/index.html pub/預測/ceRNA
miRTissue : http://150.145.111.118:3838/mirTissue/ 交互的影響
3.蛋白-DNA) 轉錄因子資料庫JASPAR :http://jaspar.genereg.net/ (2020)
AnimalTFDB : http://bioinfo.life.hust.edu.cn/AnimalTFDB/#!/ 找TF
Unibind : https://unibind.uio.no 轉錄因子信息
iTIS-PseTNC : http://lin-group.cn/server/iTIS-PseTNC 預測TSS
dbtoolkit : http://dbtoolkit.cistrome.org/ TF預測
ChIPBase : http://rna.sysu.edu.cn/chipbase/index.php (TF-ncRNA/蛋白/共表達)
ChIP-Atlas : http://chip-atlas.org/ TF找靶分子
TRRUST : www.grnpedia.org/trrust/ pub/預測？
miRGen : http://carolina.imis.athena-innovation.gr/diana_tools/web/index.php?r=mirgenv3%2Findex TF-miRNA
TransmiR : http://www.cuilab.cn/transmir TF-miRNA
mirTrans : https://mcube.nju.edu.cn/jwang/lab/soft/mirtrans/ TF-miRNA
4.(蛋白-DNA) 增強子資料庫EnhancerDB : http://lcbb.swjtu.edu.cn/EnhancerDB/ 增強子-TF-基因/miRNA
HACER : http://bioinfo.vanderbilt.edu/AE/HACER/ 增強子-TF-靶基因
EnhancerAtlas :http://www.enhanceratlas.org/CONTACT 增強子-基因
TiED : https://lcbb.swjtu.edu.cn/TiED 組織特異性/TF/靶分子/SNP
HEDD :http://zdzlab.einstein.yu.edu/1/hedd.php (增強子-疾病)
5.蛋白-蛋白資料庫STRING : https://string-db.org/cgi/input.pl (蛋白-蛋白互作網絡)
BioGRID : https://thebiogrid.org/ pub
APID :http://apid.dep.usal.es (pub/實驗)
OLS:https://www.ebi.ac.uk/ols/ontologies/mi
HDOCK :http://hdock.phys.hust.edu.cn/ (預測/蛋白-蛋白)
InterEvDock2 : https://bioserv.rpbs.univ-paris-diderot.fr/services/InterEvDock2/ 預測
6.藥物-蛋白資料庫DGIdb :http://www.dgidb.org/ (藥物-基因)
NRDTD : (藥物-ncRNA)
ETCM : http://bionet.ncpsb.org/batman-tcm/ 中藥/靶分子/功能/疾病
BATMAN-TCM : http://bionet.ncpsb.org/batman-tcm/ 中藥/靶分子/功能/疾病
TCMSP : https://lsp.nwu.edu.cn/ 中藥成分/靶分子/疾病
SEA:http://sea.bkslab.org/ 預測藥物靶點
SuperPred：http://prediction.charite.de/ 預測藥物靶點
KINOME: https://kinome.dddc.ac.cn/en/ 預測藥物調控激酶
VARIDT：http://varidt.idrblab.net/ttd/ 藥物轉運體資料庫
CIBERSORT : https://cibersort.stanford.edu/ 免疫浸潤
TIMER : http://timer.cistrome.org/ 免疫浸潤
TISIDB : http://cis.hku.hk/TISIDB/ 基因-免疫細胞
CancerSEA : http://biocc.hrbmu.edu.cn/CancerSEA/ 腫瘤單細胞
Metascape : https://metascape.org/gp/index.html 富集分析
DAVID : https://david.ncifcrf.gov/ 富集分析
WebGestalt : http://www.webgestalt.org/ ORA/GSEA/NTA
TAM : http://www.lirmed.com/tam2/ miRNA富集分析
GSEA : https://www.gsea-msigdb.org/gsea/index.jsp GSEA
Enrichr : http://amp.pharm.mssm.edu/Enrichr/ 富集
KOBAS : http://kobas.cbi.pku.edu.cn/index.php 聚類
g: Profiler : https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/ 聚類/ID轉換
OmicsNet : www.omicsnet.ca 網絡構建
FunRich：http://funrich.org/download
2.通路資料庫KEGG : https://www.kegg.jp 通路
Reactome : https://reactome.org/ 通路
Pathview : https://reactome.org/ 通路/可視化
CiteAb : https://www.citeab.com/ 抗體
BenchSci : https://www.benchsci.com 抗體
Labome : https://www.labome.com/index.html 抗體/siRNA
Selleckchem : https://www.selleck.cn/ 抑制劑
CRISPRlnc : http://www.crisprlnc.org/ crispr/lncRNA
MRPrimerW2 : http://mrprimerw2.com/ qPCR引物
ChIPprimersDB : https://www.chipprimers.com ChIP-PCR引物
PrimerBank：https://pga.mgh.harvard.edu/primerbank/ qPCR引物
Addgene：http://www.addgene.org/ 載體信息共享網站
2.實驗protocol資料庫Jove : https://www.jove.com 視頻/權限
bio-protocol : https://bio-protocol.org/cn/default.aspx protocol
Current Protocols : https://currentprotocols.onlinelibrary.wiley.com/ protocol
Nature protocol : https://www.nature.com/nprot/ protocol
Springer Protocols : https://experiments.springernature.com/springer-protocols-closure protocol
Cold Spring Harbor Protocols : http://cshprotocols.cshlp.org/ protocol
最近公眾號改版，為防失聯，加個星標吧，添加星標方法如下：另：我們創建了生物信息學習交流群，如需進群，請長按下方二維碼，添加管理員微信(禁廣告)。
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