植物研究必備!常用資料庫和生物信息學工具,值得收藏

2021-02-26 iPlants

http://www.bioinfo.wsu.edu/

作物基因組、遺傳和育種研究的分析計算工具和資料庫

https://www.agbiodata.org/

農業生物資料庫和相關資源綜合平臺

https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html

植物比較基因組學資源庫

http://www.plantontology.org

集成植物基因組學、表型和遺傳學數據的共享型平臺

http://harvest.ucr.edu/

作物EST序列及相關分子信息數據平臺

http://www.gramene.org/ 

Gramene：用於作物和模式物種的比較功能基因組學分析的綜合平臺

https://www.uniprot.org/

蛋白質序列和功能信息資源資料庫和分析平臺

http://urgi.versailles.inra.fr/

URGI：針對有農學意義的植物研究生物信息平臺

http://systemsbiology.cau.edu.cn/agriGOv2/index.php#

agriGO：GO分析工具包和資料庫綜合平臺

http://www.bioinformatics.nl/AraQTL

基於Web的用於表達定量性狀位點（eQTL）研究的工作檯和資料庫

http://www.plantgdb.org/

植物基因組序列資料庫

https://mpss.danforthcenter.org/index.php

二代測序（NGS）資料庫，包括植物的RNA和基因組信息資源

http://pgsb.helmholtz-muenchen.de/plant/plantsdb.jsp

植物基因組資料庫

http://bioinf.scri.sari.ac.uk/cgi-bin/plant_snorna/home

植物snoRNA基因資料庫

http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/

植物順式調控元件、增強子和抑制子資料庫

http://metacrop.ipk-gatersleben.de

作物代謝途徑資料庫

http://podb.nibb.ac.jp/Organellome

植物器官研究資料庫

 http://www.drastic.org.uk

植物細胞的信號轉導分析資料庫

http://www.pathoplant.de

植物-病原體相互作用的信號轉導相關物質成分資料庫

http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/

植物轉錄因子資料庫

http://plntfdb.bio.uni-potsdam.de/v3.0/

植物轉錄因子資料庫

https://apex.ipk-gatersleben.de/apex/f?p=116:1

作物EST資料庫

https://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/?action=newplace

植物順式調控DNA元件資料庫

https://webapps.plantenergy.uwa.edu.au/applications/mpic/

植物線粒體蛋白運輸元件資料庫

http://www.mirbase.org/ 

生物microRNA資料庫

https://bioinformatics.cse.unr.edu/fat-ptm

FAT-PTM：用於分析蛋白質和代謝途徑的翻譯後修飾資料庫

http://sundarlab.ucdavis.edu/smrnas/

穀物特別是水稻和玉米的小RNA資料庫

http://ppdb.tc.cornell.edu/default.aspx

擬南芥和玉米蛋白質組資料庫

http://atted.jp/

ATTED-II ：基於互秩指數統計特性的植物共表達資料庫

http://ibi.zju.edu.cn/plantcircbase/

植物Circular RNAs資料庫

http://plantcrispr.org/cgi-bin/crispr/index.cgi

植物基因編輯資料庫，收集CRISPR / Cas9技術產生植物的信息

https://www.try-db.org/TryWeb/Home.php

植物性狀全球資料庫

http://chibba.agtec.uga.edu/duplication/

植物基因和基因組重複的資料庫

http://bioinformatics.cau.edu.cn/PMRD/

植物microRNA資料庫

http://genome.ppws.vt.edu/cgi-bin/MLST/home.pl

植物相關微生物的多基因座序列分型和分析資料庫及網站

http://structuralbiology.cau.edu.cn/PNRD

植物非編碼RNA資料庫

http://amp.pharm.mssm.edu/datasets2tools/landing/tool/PLncDB

植物長非編碼RNA資料庫

http://prgdb.org/prgdb/

植物抗病R基因資料庫

https://www.inetbio.org/aranet/

擬南芥和一些非模式植物的功能基因網絡改進資料庫

http://greenc.sciencedesigners.com/wiki/Main_Page

基於Wiki的植物長非編碼RNAs資料庫

http://ppdb.agr.gifu-u.ac.jp/ppdb/cgi-bin/index.cgi

植物啟動子資料庫

 

http://rarge.gsc.riken.jp/

擬南芥cDNA、突變體和微陣列資料庫

http://www.athamap.de/

擬南芥的全基因組範圍的假定的轉錄因子結合位點資料庫

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擬南芥的基於側翼序列標籤（FST）的T-DNA插入突變體查找庫

http://www.plprot.ethz.ch/

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http://rapdb.dna.affrc.go.jp/

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粳稻日本晴基因組注釋計劃

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水稻功能基因組表達資料庫

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水稻T-DNA插入突變資料庫

http://server.ncgr.ac.cn/ricd/

秈稻cDNA資料庫

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水稻基因共表達資料庫

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水稻糖基轉移酶資料庫

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小麥基因組信息資料庫

https://wheatproteome.org/

小麥蛋白質組資料庫

http://wheat.pw.usda.gov

小麥族和燕麥屬的分子和表型信息資料庫

http://earth.nig.ac.jp/~dclust/cgi-bin/index.cgi

大麥種質資源和基因組分析數據

https://apex.ipk-gatersleben.de/apex/f?p=284:10::::::

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http://maize.jcvi.org/

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TargetP：亞細胞定位/N端功能肽預測

http://bioinformatics.cau.edu.cn/easygo/

EasyGo：提供一系列待查基因的功能注釋以及微陣列探針信息

http://smart.embl-heidelberg.de/

SMART：蛋白保守結構域預測工具

http://biology-assets.anu.edu.au/GenAlEx/Welcome.html

GenAlEx：群體遺傳分析軟體

https://mapman.gabipd.org/mapman-download/

MapMan：適用於多組學數據分析的蛋白質分類和注釋框架

https://genevestigator.com/

GENEVESTIGATOR: 轉錄組數據挖掘比對雲平臺

http://www.bar.utoronto.ca/welcome.htm

BAR：植物生物學分析工具平臺

http://skl.scau.edu.cn/

CRISPR-GE: 用於CRISPR基因組編輯的便捷軟體工具包

http://crispr.hzau.edu.cn/CRISPR2/

CRISPR-P: 用於植物基因組編輯的改進的CRISPR / Cas9工具包

https://www.michalopoulos.net/act/

ACT：擬南芥共表達分析工具

http://orygenesdb.cirad.fr/

OryGenesDB：用於水稻反向遺傳學研究的交互式工具

http://signal.salk.edu/cgi-bin/tdnaexpress

T-DNA Express：擬南芥基因定位工具

http://plantgrn.noble.org/pssRNAit/

pssRNAit: 通過全基因組脫靶基因評估設計有效和特異性的植物RNAi siRNA

http://skl.scau.edu.cn/dsdecode/

DSDecode：基於Web的用於對目標突變基因型的序列色譜圖進行解碼的工具

https://github.com/srbehera11/stag-cns

STAG-CNS：一種可用於任意數量物種的順序保守非編碼序列發現工具

http://www.hi-tom.net/FED

FED：基因組編輯外源成分檢測平臺

https://m2sb.org/

GeneCloud：使用語義技術來掃描特定基因列表的基因描述

參考來源：該文由MP植物科學整理，如需補充請反饋

https://zhuanlan.zhihu.com/p/79626339

https://www.jianshu.com/p/e09dd3db76c3?utm_campaign=haruki&utm_content=note&utm_medium=reader_share&utm_source=weixin_timeline&from=timeline

http://wangyufeng222.blog.163.com/blog/static/128222070201510433511330/

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    》的主題分享，他從大數據領域背景和有關科研工作（大數據在生物信息學方面的教學和研究工作）兩大方面展開敘述。當前生物信息學發展的主要推動力來自於分子生物學，生物信息學的研究主要集中於核苷酸和胺基酸序列的存儲、分類、檢索和分析等方面。因此，目前的生物信息學可以狹義的定義為將計算機科學和數學應用於生物大分子信息的獲取、加工、存儲、分類、檢索與分析，以達到理解這些生物大分子信息的生物學意義的交叉學科，實質是理論概念與實踐應用並重的學科。
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    國際上已建立起許多公共生物分子資料庫，包括基區組圖譜資料庫、核酸序列資料庫、蛋白質序列資料庫、生物大分子結構資料庫等。這些資料庫由專門的機構建立和維護，他們負責收集組織、管理和發布生物分子數據，並提供數據檢索和分析工具，向生物學研究人員提供大量有用的信息，最大限度地滿足他們研究和應用的需要，為他們的研究服務。