最全!植物科學常用資料庫和生物信息學工具

對於所有開展植物科學相關研究的科研工作者和學生群體而言，各類資料庫和分析平臺的建立和更新維護為植物的組學、功能、進化以及遺傳育種等方面研究提供了豐富的資源，具有重要的理論指導意義和應用價值。通過總結目前已有的植物科學相關的資料庫資源和分析平臺，調查其使用頻率和應用程度，可以為大家更好地開展科研工作提供便利。

我們轉載了來自Mol Plant植物科學公眾號的收集和整合的《植物科學常用資料庫和生物信息學工具 2020正式版》分享給大家。

http://bigd.big.ac.cn/databasecommons/

國家基因庫下屬資料庫，涵蓋各種生物的全面公開可用的數據信息

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

美國國家生物技術信息中心的生物醫學和基因組信息門戶網站

https://www.oxfordjournals.org/nar/database/cat/13 

牛津大學出版社提供的植物科學相關資料庫的匯總網站    

http://abc.gao-lab.org/index.php  

北京大學應用生物信息學中心    

https://www.expasy.org/    

瑞士生物信息研究所的生物信息資源門戶網站，涵蓋各種生物研究資料庫和軟體工具    

http://www.bioinfo.wsu.edu/   

作物基因組、遺傳和育種研究的分析計算工具和資料庫    

https://www.agbiodata.org/  

農業生物資料庫和相關資源綜合平臺    

https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html

植物比較基因組學資源庫    

https://bioinformatics.psb.ugent.be/plaza/

植物比較基因組學資料庫    

http://www.plantontology.org  

集成植物基因組學、表型和遺傳學數據的共享型平臺    

http://harvest.ucr.edu/   

作物EST序列及相關分子信息數據平臺    

http://www.gramene.org/   

用於作物和模式物種的比較功能基因組學分析的綜合平臺    

https://www.uniprot.org/   

蛋白質序列和功能信息資源資料庫和分析平臺 

http://urgi.versailles.inra.fr/    

針對有農學意義的植物研究生物信息平臺    

http://systemsbiology.cau.edu.cn/agriGOv2/index.php#   

GO分析工具包和資料庫綜合平臺    

http://www.bioinformatics.nl/AraQTL   

基於Web的用於表達定量性狀位點（eQTL）研究的工作檯和資料庫    

http://www.plantgdb.org/  

植物基因組序列資料庫    

https://mpss.danforthcenter.org/index.php   

二代測序（NGS）資料庫，包括植物的RNA和基因組信息資源    

http://pgsb.helmholtz-muenchen.de/plant/plantsdb.jsp   

植物基因組資料庫    

http://systemsbiology.cau.edu.cn/chromstates/   

植物染色質狀態信息資料庫    

http://bioinf.scri.sari.ac.uk/cgi-bin/plant_snorna/home   

植物snoRNA基因資料庫    

http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/ 

植物順式調控元件、增強子和抑制子資料庫    

http://metacrop.ipk-gatersleben.de   

作物代謝途徑資料庫    

http://podb.nibb.ac.jp/Organellome   

植物器官研究資料庫    

http://www.drastic.org.uk   

植物細胞的信號轉導分析資料庫    

http://www.pathoplant.de  

植物-病原體相互作用的信號轉導相關物質成分資料庫    

http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/

植物轉錄因子資料庫    

http://plntfdb.bio.uni-potsdam.de/v3.0/

植物轉錄因子資料庫    

http://psorf.whu.edu.cn/   

植物小型開放閱讀框架（sORF）數據資源庫 

http://uorflight.whu.edu.cn/   

植物uORF翻譯調控相關資料庫    

https://apex.ipk-gatersleben.de/apex/f?p=116:1  

作物EST資料庫    

https://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/?action=newplace  

植物順式調控DNA元件資料庫    

https://webapps.plantenergy.uwa.edu.au/applications/mpic/  

植物線粒體蛋白運輸元件資料庫    

https://bioinformatics.cse.unr.edu/fat-ptm  

用於分析蛋白質和代謝途徑的翻譯後修飾資料庫 

http://sundarlab.ucdavis.edu/smrnas/

穀物特別是水稻和玉米的小RNA資料庫    

http://ppdb.tc.cornell.edu/default.aspx 

擬南芥和玉米蛋白質組資料庫    

http://atted.jp/    

基於互秩指數統計特性的植物共表達資料庫    

http://ibi.zju.edu.cn/plantcircbase/    

植物Circular RNAs資料庫    

http://plantcrispr.org/cgi-bin/crispr/index.cgi   

植物基因編輯資料庫，收集CRISPR / Cas9技術產生植物的信息    

https://www.try-db.org/TryWeb/Home.php

植物性狀全球資料庫    

http://chibba.agtec.uga.edu/duplication/

植物基因和基因組加倍的資料庫    

http://www.mirbase.org/    

生物microRNA資料庫    

http://bioinformatics.cau.edu.cn/PMRD/  

植物microRNA資料庫    

http://bis.zju.edu.cn/pmirkb/   

模式植物擬南芥和水稻的microRNA資料庫    

http://genome.ppws.vt.edu/cgi-bin/MLST/home.pl    

植物相關微生物的多基因座序列分型和分析資料庫及網站    

http://structuralbiology.cau.edu.cn/PlantGSEA    

植物基因集富集分析平臺    

http://structuralbiology.cau.edu.cn/PNRD 

植物非編碼RNA資料庫    

http://amp.pharm.mssm.edu/datasets2tools/landing/tool/PLncDB    

植物長非編碼RNA資料庫    

http://prgdb.org/prgdb/    

植物抗病R基因資料庫    

https://www.inetbio.org/aranet/    

擬南芥和一些非模式植物的功能基因網絡改進資料庫  http://greenc.sciencedesigners.com/wiki/Main_Page

基於Wiki的植物長非編碼RNAs資料庫    

http://ppdb.agr.gifu-u.ac.jp/ppdb/cgi-bin/index.cgi    

植物啟動子資料庫    

http://www.pmiren.com/    

植物miRNA綜合資料庫    

http://www.mbkbase.org/   

水稻、小麥和大豆的分子育種資源庫    

http://epigenome.genetics.uga.edu/PlantMethylome/   

植物DNA甲基化資料庫    

http//bioinfo.sibs.ac.cn/plant-regulomics 

從植物多組學數據中檢索獲取上遊調控因子的數據驅動平臺    

http://autosnpdb.appliedbioinformatics.com.au/ 

植物SNP檢索資料庫    

http://www.p3db.org/    

植物蛋白磷酸化資料庫    

http://phytamp.pfba-lab-tun.org/main.php   

植物天然抗菌肽資料庫    

http://bis.zju.edu.cn/pcernadb/index.jsp

植物競爭性內源RNA資料庫    

http://www.byanbioinfo.org/plamom/    

用於檢索，分析和預測植物移動大分子包括RNA和蛋白質的資料庫平臺    

https://cvalues.science.kew.org/    

用於獲取和比較植物基因組大小的資料庫    

https://plantreactome.gramene.org/index.php?lang=en  

植物代謝和調控通路資料庫    

http://plantpis.ba.itb.cnr.it/   

植物蛋白酶抑制劑資料庫    

http://plantdhs.org/    

植物DNase I超敏位點資料庫    

http://bis.zju.edu.cn/pnatdb/    

植物天然反義轉錄本（Natural Antisense Transcripts）資料庫    

http://linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=plantprom&group=data&subgroup=plantprom   

植物啟動子資料庫    

http://www.sesame-bioinfo.org/PMDBase/

用於研究植物物種和基因組進化中的微衛星DNA和標記開發的資料庫    

http://pogs.uoregon.edu/#/   

旨在促進有關植物基因功能和基因模型的跨物種推斷的關係資料庫    

http://plants.proteincomplexes.org/   

植物蛋白複合物組分以及蛋白間穩定互作圖譜資料庫    

www.arabidopsis.org  

最為常用的擬南芥遺傳和分子生物學數據資源庫    

http://rarge.gsc.riken.jp/    

擬南芥cDNA、突變體和微陣列資料庫    

https://1001genomes.org/   

1001 Genomes：擬南芥遺傳變異目錄    

https://aragwas.1001genomes.org/#/ 

AraGWAS：用於擬南芥的GWAS標準結果的公共人工管理資料庫    

http://www.athamap.de/    

擬南芥的全基因組範圍的假定的轉錄因子結合位點資料庫    

https://www.gabi-kat.de/    

擬南芥的基於側翼序列標籤（FST）的T-DNA插入突變體查找庫    

http://www.plprot.ethz.ch/    

擬南芥質體蛋白資料庫    

http://seedgenes.org/

擬南芥發育關鍵基因資料庫    

http://suba.live/    

擬南芥蛋白的亞細胞定位資料庫    

http://travadb.org/   

基於RNA-seq分析的擬南芥基因表達譜資料庫    

http://atrm.cbi.pku.edu.cn/    

擬南芥轉錄調控圖譜資料庫

http://wanglab.sippe.ac.cn/rootatlas/ 

擬南芥根部單細胞RNA測序資料庫    

http://ipf.sustech.edu.cn/pub/athrna/

擬南芥RNA-seq數據資源，可探索20,000多種已發布的擬南芥RNA-Seq庫    

http://www.ricedata.cn/index.htm   

國家水稻數據中心    

https://omictools.com/bgi-ris-tool    

BGI-RIS：水稻以及其他穀類作物和植物基因組研究的信息資源和分析平臺    

http://rapdb.dna.affrc.go.jp/    

粳稻日本晴基因組注釋計劃    

http://rice.plantbiology.msu.edu/    

粳稻日本晴基因組注釋計劃    

http://redb.ncpgr.cn/    

水稻EST資料庫    

http://rmd.ncpgr.cn/    

水稻突變體資料庫 

http://signal.salk.edu/cgi-bin/RiceGE   

水稻功能基因組表達資料庫    

https://tos.nias.affrc.go.jp/    

水稻逆轉座子Tos17插入突變資料庫    

http://urgi.versailles.inra.fr/OryzaTagLine/  

水稻T-DNA插入突變資料庫    

http://server.ncgr.ac.cn/ricd/

秈稻cDNA資料庫    

https://shigen.nig.ac.jp/rice/oryzabase/

水稻遺傳學和基因組學資料庫    

https://ricefrend.dna.affrc.go.jp/

水稻基因共表達資料庫    

https://ricephylogenomics.ucdavis.edu/cellwalls/gt/    

水稻糖基轉移酶資料庫    

http://rice.hzau.edu.cn/rice/

秈稻基因組的綜合生物信息學平臺    

https://www.genome.arizona.edu/cgi-bin/rite/index.cgi

稻屬和假稻屬的重複序列和轉座因子（TEs）資料庫    

https://ricexpro.dna.affrc.go.jp/index.html

水稻表達譜資料庫    

http://ricevarmap.ncpgr.cn/v2/    

水稻基因組變異及其功能注釋綜合資料庫    

https://snpseek.irri.org/index.zul    

水稻SNP檢索資料庫    

http://funricegenes.ncpgr.cn/    

水稻已克隆基因的資料庫    

http://ibi.zju.edu.cn/ricerelativesgd/

水稻相關物種基因組資料庫    

http://www.elabcaas.cn/rice/index.html

水稻專屬的表觀組學資料庫    

http://www.wheatgenome.org/ 

小麥基因組信息資料庫    

https://www.wheatgmap.org/    

小麥基因圖譜和數據共享的綜合基因組平臺 

http://wheat.cau.edu.cn/TGT/    

小麥族同源基因資料庫    

https://wheatproteome.org/

小麥蛋白質組資料庫    

http://202.194.139.32/    

小麥組學大數據可視化網站    

http://wheat.pw.usda.gov   

小麥族和燕麥屬的分子和表型信息資料庫

http://wheat.cau.edu.cn/Wheat_SnpHub_Portal/

小麥及其祖先的基因組變異資料庫    

http://earth.nig.ac.jp/~dclust/cgi-bin/index.cgi

大麥種質資源和基因組分析資料庫    

https://apex.ipk-gatersleben.de/apex/f?p=284:10:::::: 

大麥基因組資源平臺    

http://maize.jcvi.org/

玉米基因組資料庫    

https://www.maizegdb.org/

玉米基因組和遺傳分析平臺    

https://www.panzea.org/ 

玉米及其野生近緣種的基因組工程資源庫    

http://bioinformatics.cau.edu.cn/MCENet/

玉米多組學基因網絡分析平臺    

http://www.zeamap.com/  

適應玉米多組學時代的綜合資料庫    

https://soybase.org/

大豆基因組學和分子生物學資料庫    

http://proteome.dc.affrc.go.jp/cgi-bin/2d/2d.cgi   

大豆蛋白質組資料庫    

http://www.ildis.org/LegumeWeb/ 

國際豆科植物資料庫和信息服務    

https://www.cottongen.org/  

棉花基因組學，遺傳學和育種資料庫    

http://structuralbiology.cau.edu.cn/GraP/

棉花功能基因組學數據分析平臺    

http://magen.whu.edu.cn/   

錦葵科比較基因組資料庫    

http://structuralbiology.cau.edu.cn/gossypium/ 

二倍體和多倍體棉花基因網絡與功能模塊比較分析平臺    

http://ted.bti.cornell.edu/ 

番茄功能基因組資料庫    

https://www.inetbio.org/tomatonet/    

番茄的複雜性狀挖掘的全基因組協同網絡平臺    

http://ted.bti.cornell.edu/epigenome/  

番茄表觀基因組資料庫    

http://tea.solgenomics.net/   

番茄基因及其產物的高解析度圖譜和搜索工具    

http://tomexpress.toulouse.inra.fr/ 

番茄轉錄組數據可視化和分析平臺    

https://solgenomics.net/ 

茄科物種基因組測序資料庫    

http://tropgenedb.cirad.fr/    

管理熱帶作物的遺傳和基因組信息的資料庫 

http://medicinalplantgenomics.msu.edu/participants.shtml   

藥用植物基因組和代謝組資源庫    

http://gabipd.org/projects/Pomamo/ 

馬鈴薯生物信息資料庫    

http://vitisgdb.ynau.edu.cn/

葡萄育種和遺傳信息綜合資料庫    

http://structuralbiology.cau.edu.cn/sorghum/

高梁功能基因組學資料庫    

http://structuralbiology.cau.edu.cn/SIFGD/  

穀子功能基因組學資料庫    

http://pepperhub.hzau.edu.cn/pegnm/

辣椒基因組信息資料庫    

https://www.inetbio.org/wheatnet/

麵包小麥的全基因組規模功能基因網絡資料庫    

http://brassicadb.org/brad/ 

重要芸苔屬作物全基因組規模的遺傳資料庫  http://rapeseed.biocloud.net/home

油菜種質資源遺傳信息共享平臺網站    

http://cbi.hzau.edu.cn/bnapus    

甘藍型油菜泛基因組資料庫    

http://www.brassicagenome.net/    

芸苔屬作物基因組資料庫    

http://cucurbitgenomics.org/

葫蘆科植物基因組資料庫    

http://coffee-genome.org/

咖啡基因組學、遺傳學、育種數據和分析工具    

http://tropgenedb.cirad.fr/tropgene/JSP/index.jsp    

管理熱帶作物基因組，遺傳和表型信息的資料庫    

https://www.rosaceae.org/   

薔薇科植物基因組資料庫    

https://bio.tools/    

生物信息學和生命科學軟體工具門戶    

http://abc.gao-lab.org/tools.php   

北京大學應用生物信息學中心工具庫    

https://github.com/CJ-Chen/TBtools/releases

Tbtools：用於生物大數據交互式分析的集成工具包    

http://www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/  

TargetP：亞細胞定位/N端功能肽預測    

http://bioinformatics.cau.edu.cn/easygo/ 

EasyGo：提供一系列待查基因的功能注釋以及微陣列探針信息    

http://smart.embl-heidelberg.de/   

SMART：蛋白保守結構域預測工具    

http://biology-assets.anu.edu.au/GenAlEx/Welcome.html  

GenAlEx：群體遺傳分析軟體    

https://mapman.gabipd.org/mapman-download/ 

MapMan：適用於多組學數據分析的蛋白質分類和注釋框架    

https://genevestigator.com/

GENEVESTIGATOR: 轉錄組數據挖掘比對雲平臺    

http://skl.scau.edu.cn/   

CRISPR-GE: 用於CRISPR基因組編輯的便捷軟體工具包    

http://skl.scau.edu.cn/dsdecode/   

DSDecode：基於Web的用於對目標突變基因型的序列色譜圖進行解碼的工具    

https://github.com/srbehera11/stag-cns

STAG-CNS：一種可用於任意數量物種的順序保守非編碼序列發現工具    

http://www.hi-tom.net/FED

FED：基因組編輯外源成分檢測平臺    

https://m2sb.org/

GeneCloud：使用語義技術來掃描特定基因列表的基因描述    

https://mafft.cbrc.jp/alignment/server/

MAFFT：在線的序列比對工具    

http://wlab.ethz.ch/protter/start/   

Protter：在線蛋白結構繪製工具    

https://www.evolgenius.info/evolview/

EvolView：用於可視化，注釋和管理系統樹的網絡工具    

https://itol.embl.de/   

iTOL：用於顯示，注釋和管理系統發育樹的在線工具    

https://orthovenn2.bioinfotoolkits.net/

OrthoVenn2：多物種直系同源基因簇比較和注釋在線服務工具    

http://bioinformatics.cau.edu.cn/ARSER/ 

ARSER: 生物節律表達譜波形分析    

http://www.bar.utoronto.ca/welcome.htm  

BAR：植物生物學分析工具平臺    

http://crispr.hzau.edu.cn/CRISPR2/   

CRISPR-P: 用於植物基因組編輯的改進的CRISPR / Cas9工具包    

https://www.michalopoulos.net/act/    

ACT：擬南芥共表達分析工具    

http://orygenesdb.cirad.fr/

OryGenesDB：用於水稻反向遺傳學研究的交互式工具    

http://signal.salk.edu/cgi-bin/tdnaexpress

T-DNA Express：擬南芥基因定位工具    

http://plantgrn.noble.org/pssRNAit/   

pssRNAit: 通過全基因組脫靶基因評估設計有效和特異性的植物RNAi siRNA    

http://www.personal.psu.edu/sma3/CLIMtools.html    

CLIMtools：基於網絡的研究擬南芥基因型、表型和環境相關性的交互式資料庫工具  

http://bioinfo.bti.cornell.edu/cgi-bin/MetGenMAP/home.cgi    

Plant MetGenMAP：在生化途徑的背景下全面挖掘和整合基因表達和代謝物變化的網絡工具 

http://itak.feilab.net/cgi-bin/itak/index.cgi  

iTAK：用於識別和分類植物轉錄因子和蛋白激酶的軟體包    

http://plantpan2.itps.ncku.edu.tw/   

PlantPAN：檢測植物轉錄因子結合位點的工具    

http://guoweilong.github.io/SnpHub/  

SnpHub：用於探索大規模基因組變異數據的統一的網絡伺服器框架