生物信息神奇網站系列(十):生物資料庫集合

2021-02-23 基因學苑

生物軟體與生物資料庫是做生物信息兩大利器,前面我們介紹了生物軟體集合網站omictools與mybiosoftware。這次介紹一個生物資料庫的集合。Nucleic Acids Research Database。

專欄一:手把手教你生信分析平臺搭建專欄合集

專欄二:

生物信息神奇網站系列(一):R繪圖Gallery

生物信息神奇網站系列(二):Python繪圖Gallery

生物信息神奇網站系列(三):Seqanswers

生物信息神奇網站系列(四):Biostars

生物信息神奇網站系列(五):文件格式解析

生物信息神奇網站系列(六):Omictools

生物信息神奇網站系列(七):Mybiosoftware

生物信息神奇網站系列(八):SCI-HUB

生物信息神奇網站系列(九):批量下載序列

十:生物資料庫集合

http://www.oxfordjournals.org/nar/database/cap/

OXFORD Journals 在線頁面包含一個常用資料庫的頁面。裡面收集了大量生物學常用的資料庫內容。資料庫按照功能進行分類,可以在oxfordjournals.org找到需要的資料庫。

1、登錄網站,裡面會列出很多資料庫的名字,點擊名字就會連結到對應的資料庫。

2、右上角是資料庫的分類,包括Compilation Paper,Category List,Alphabetical List,
Category/Paper List,Search Summary Papers,NAR Database Summary Paper等。

3、選擇按照Category List進行分類,方便快速找到需要的資料庫。

4、也可以選擇按照字母順序進行分類,那麼最開始列出的就包括常用的16S和23S的資料庫。

5、Nucleic Acids Research database 每年都會對資料庫進行更新,然後發表一篇總進行文章,其實更像一個報告。點擊Compilation Paper就會看到。

總結:這個網站可以讓我們快速方便的找到需要的資料庫,但其實生物資料庫太多既是好事也是壞事,好的方面是可選的資源很多,不好的方面是資料庫存在大量的冗餘和分散。同一個基因,在不同的資料庫中採用不同的ID,非常的混亂,給使用者帶來了很大的學習成本。

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