生物信息神奇網站系列(九):批量下載序列

在《手把手教你生信分析平臺搭建專欄》中，我們介紹過利用Aspera快速下載生物數據，例如下載某個物種基因組數據。但是如果想下載來自多個物種的不同基因序列，例如給定一個基因列表list，如何下載到這些序列呢？這就需要用到Batchentrez。

專欄一：手把手教你生信分析平臺搭建專欄合集

專欄二：

生物信息神奇網站系列（一）：R繪圖Gallery

生物信息神奇網站系列（二）：Python繪圖Gallery

生物信息神奇網站系列（三）：Seqanswers

生物信息神奇網站系列（四）：Biostars

生物信息神奇網站系列（五）：文件格式解析

生物信息神奇網站系列（六）：Omictools

生物信息神奇網站系列（七）：Mybiosoftware

生物信息神奇網站系列（八）：SCI-HUB

九：批量下載序列Batchentrez

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/batchentrez

批量下載基因序列有多種方式，可以通過編程實現，也可以通過固定模塊例如bioperl，biopython等。如果不會編程，batchentrez就是最好的選擇了。Entrez是NCBI官方的數據檢索系統，Batch Entrez顯然就是批量檢索。越到這種問題，真的有人一條條序列下載，這樣不僅浪費時間，而且容易出錯。（我以前就是手工一條條序列下載）

1、首先登陸網站，首次使用請注意閱讀說明和注意事項。

2、網站的使用其實並不難，首先選擇要使用的資料庫，然後點擊選擇上傳ID文件，序列的ID可以是accession numbers或者identifiers。

3、這裡我們利用GI號，下載8個基因的序列，文件格式如圖所示。

4、資料庫需要選擇默認的，上傳文件，點擊Retrieve。

5、batchentrez會檢查文件中序列ID信息，並且會去除重複，返回檢索結果，這裡有5個檢索不到序列。

6、點擊圖中藍色連結，連結到新的頁面，選中要下載的序列，然後在Sent to中進行選擇，包括輸出文件內容和文件格式等。

7、點擊Create FIle，這樣序列就下載好了。

Tips：1,、注意輸入文件格式，ID只能使用accession numbers or identifiers。

2、選擇的資料庫要和輸入的序列ID相一致。

3、序列ID後面不要加空格，注意不同系統中換行符問題。

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