全世界科研人都在用的網站，堪稱生物網站中的超級航母

2020-08-27 論資文源

UCSC是一個非常龐大的類似於NCBI的航母式網站，裡面包含了非常多的信息，也有很多非常好用的小工具，無奈這個數據功能太強大，就像NCBI一樣，收錄的信息太多了，不是一兩次能說清楚的，所以今天總結一波小編自己使用這個網站的方法總結。


簡單介紹

網址：

https://genome-asia.ucsc.edu/index.html

UCSC是生物領域裡常用的資料庫之一，由University of California Santa Cruz (UCSC)創立和維護，主要包含了人類、小鼠、果蠅等多種常見物種的基因組信息。

UCSC裡也包括了一系列的分析工具，幫助用戶瀏覽基因信息、查看已有基因組注釋信息和下載基因序列等，用戶可以通過它可靠和迅速地瀏覽基因組的任何一部分，並且同時可以得到與該部分有關的基因組注釋信息，如已知基因，預測基因，表達序列標籤，信使RNA，CpG島，克隆組裝間隙和重疊，染色體帶型，小鼠同源性。


一、查找某基因的具體序列信息

步驟1

瀏覽器打開UCSC官網，滑鼠放置於Genome位置，若想查詢人類基因則點Human GRCh38/hg38，若想查詢小鼠基因則點擊 Mouse GRCm38/mm10。

在此我們以查詢人類基因中的lncRNA CASC15 為例進行介紹。


步驟2

點擊 Human GRCh38/hg38 進入查詢頁面。


當輸入基因名稱的專一性不是很強的時候會出現如下左圖所示界面；然後在如圖所列的基因中選擇需要查詢的基因點擊進入，同樣會進入如下左圖所示界面。

當輸入基因名稱的專一性很強的時候會出現如下右圖所示界面（專一性強的名稱是指網站自動推薦的名稱，如下圖紅色框內所示）


步驟3

目的基因的可視化顯示，如下圖所示。


點擊任意一個轉錄本，進入下一界面（要看具體研究的是哪個轉錄本）


步驟4

目的基因具體序列信息查詢。


步驟5

目的基因具體序列信息查詢時的參數設置。


步驟6

目的基因具體序列信息查詢結果。


二、目的基因的基因組定位及鄰近基因查詢

步驟1

按照第一個功能的方法在搜索框內輸入目的基因（以CASC15為例）點擊go，進入下一界面。


步驟2

查詢結果。


三、目的基因表達豐度查詢

步驟1

按照第一個功能的方法在搜索框內輸入目的基因（以CASC15為例）點擊go,進入下一界面。


步驟2

查詢結果-可視化


步驟3

查詢結果-量化


滑鼠下拉後還能看到其他類型的量化結果，如下圖所示。


四、目的基因的保守性查詢

步驟1

按照第一個功能的方法在搜索框內輸入目的基因（以CASC15為例）點擊go,進入下一界面。


步驟2

查詢結果-可視化。


步驟3

同源性查詢結果。


五、其他功能

1、目的基因位置附近存在SNP位點。


2、BLAT功能

BLAT功能就是查詢某段鹼基序列在基因組中的定位，將其匹配到基因組中。


3、外顯子引物設計


以上就是我平時使用UCSC網站的方法總結，UCSC中還有很多強大的功能值得我們繼續探索，後期有經驗總結還會繼續跟大家分享！


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