凌波微課|NCBI數據批量下載,你會了嗎?

NCBI批量下載數據實操

經過分離、實驗室純化培養、基因組測序，小Young終於拿到了心心念念的菌株的基因組序列，迫不及待的要開展分析，呃……16S rRNA、功能基因進化樹來一個，同源基因、共線性分析走起。哎，等等，這些分析都屬於比較基因組分析，需要首先選擇合適的參考物種基因組，可是一個一個查找下載太麻煩，有什麼辦法一鍵批量下載呢？

本期凌波微課為大家介紹兩種數據批量查找和下載的方法，具體操作猛戳上方視頻哦~

 

Batch Entrez簡介

網址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/batchentrez?Batch Entrez是NCBI的一個檢索系統，它提供了批量的ID檢索，在小數據量的時候使用起來是非常方便的。這裡可以通過ID檢索NCBI下面的幾乎所有的子資料庫，包括Nucleotide、Protein、PubMed、Gene等。Batch Entrez下載時最好使用google瀏覽器。

Genome資料庫簡介

網址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/

該資料庫包含了NCBI目前收錄的所有物種的基因組數據，Browse by Organism提供了通過物種拉丁文名稱進行過濾檢索物種信息，並給出了序列登錄和FTP站點地址，適用於大批量的數據查找和下載。

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1.  Batch Entrez下載時最好使用google瀏覽器，準備的list文件使用excel表格編輯，填寫基因組、蛋白質或者基因序列的登錄號ID，保存為制表分隔符的文本文檔，如下：2.  Batch Entrez下載時需要選擇好檢索的子資料庫，例如Nucleotide、Protein、Genome、Gene，一次檢索一類數據。3.  Genome資料庫通過物種拉丁文名稱檢索同源物種數據，得到登錄號之後可以選擇通過Batch Entrez批量下載；或者下載檢索表格，將基因組ftp站點連結整理為一個list，通過linux中wget命令下載，示例命令如下：

wget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/004/214/875/GCF_004214875.1_ASM421487v1/*
wget -c -r -i list
list文件示例如下：
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