凌波微課|菌種鑑定序列上傳NCBI,so easy!

2021-01-14 凌波微課

 

菌種鑑定序列上傳NCBI實操

物種鑑定中，常見的marker包括細菌16S rRNA，真核生物ITS1、ITS2、18S rRNA、28S rRNA，線粒體16S rRNA、12S rRNA、COX1，葉綠體16S rRNA、23S rRNA等。這些物種鑑定序列的通常是上傳到NCBI Genbank資料庫。

本期凌波微課就手把手帶你輕鬆搞定菌種鑑定序列上傳Genbank資料庫。具體操作猛戳上方視頻~

 


文  字  簡  要  版  如  下


1、在菌鑑結果文件夾中，找到每個樣本的拼接序列，然後將需要上傳的樣本序列整理合併為一個fasta格式的序列（如下圖）。

2、整理每條序列的物種信息表格，包括Sequence_ID、Organism、strain、clone、Isolation_source、Collection_date等。


Step 2

1、登錄NCBI，進入Genbank上傳頁面（https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/genbank/），點擊New submission，新建上傳任務；

2、選擇上傳數據類型；

5、上傳Step1中準備好的fasta格式的序列文件；

6、物種Source來源，進入下一步；

7、選擇上傳Step1中，準備好的每條序列的物種信息表格文件；

8、填寫參考文獻title，如果文獻未發表選擇Unpublished；

9、最後一步是信息總覽，確認無誤後，Submit提交。

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常見問題

上傳之前，選擇相對應的序列類型，例如：16S rRNA、ITS，一類序列可以批量提交；

序列上傳中Sequence_ID必須是特有的；

物種信息中至少包括Organism和strain，更多物種分類信息可參考網址：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/WebSub/html/help/genbank-source-table.html#modifiers


PS：公眾號後臺回復「identify」，即可獲得上傳的示例文件哦~

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