。。。。。。。。。。基因篇。。。。。。。。。。
可以說是很難產了。太難啦。。。。。想哭。。。
首先要明白一些基礎知識：
而在真核生物中，啟動子指的是對基因轉錄起始有重要作用的序列，不像原核生物那麼保守，並且啟動子的序列較多。這些序列有不同的功能，其中核心啟動子((core promot-
er)負責與起始複合物結合，負責控制基因是否轉錄，包括TATA框和起始子;還有一些位於核心啟動子上遊的上遊調控元件(UREs)序列。上遊調控元件的有無，對於起始轉錄的效率至關重要，它們負責控制基因轉錄的頻度，可以極大地提高核心啟動子的低水平轉錄活性。比較常見的序列是GC框和CCAAT框。
軟體：Knudsen等開發的Promoter2.0，用人工神經網絡的方法確定TA-TA框、CAAT框、加帽位點和GC框的位置和距離,4個結構相同的人工神經網絡分別識別以上4種元件。
首先你的有基因。基因的選取就是自己的事了。我們還是用老師PPT裡面用到的那個。
1）進入NCBI（網址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed），將頁面設置如下：
2）點擊Search
3）選擇人的
得到完整的APOBEC3Ａ的信息。
4）在頁面下方，找到
5）選擇GenBank.或者直接點FASTA，將所得序列保存為文本文檔APOBEC3A.fasta
6）進入http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/，將APOBEC3B.fasta導入或PASTE到框中
7）直接submit，坐等結果。
「位置」是序列中的一個位置，分數是對出現在上遊100對鹼基對以內的翻譯起始位點的預測得分。（啟動子序列一般位於轉錄起始位點上遊20～ 600個核苷酸的位置。）
所以我們可以直接進入GenBank查到啟動子序列。如果你要進行評價，可以用這一段
看不清的話
很簡單，我就不翻譯了。我們已經得到了起始位點，但是啟動子序列還沒有。我一度遇到瓶頸。直到我看了一篇文章。。。
以及它中間的一個表格
媽呀。。。很激動。這不就是我想要的嗎？於是乎，我找到了NNPP的 網址。嘻嘻嘻
http://www.fruitfly.org/seq_tools/promoter.html
進去之後。把剛才的ＦＡＳＴＡ輸進去。
再ｓｕｂｍｉｔ。坐等親愛的啟動子啦
。。。。。基因功能預測。。。。。。
生物信息學為基因功能的預測提供了一系列方法,序列同源比較是得到新基後預測其功能的第一步,基於如下假設:如果基因A與基因B有相當的同源性,那麼基因A可能具有類似基因B的功能。利用同源比較算法,將待檢測的基因序列在DNA和蛋白質序列資料庫中進行同源檢索,得到一系列與該基因同源性較高的基因或片段,這些基因或片段的已知功能信息就為進一步研究該基因的功能提供了導向。所以我們要幹嘛，要同源比對，俗稱BLAST，然後繪製進化樹啊！！！！
。。。。。。暈暈暈。。。。。。
1）https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed下拉，找到BLAST
2)不知道為什麼基因序列做不出多序列比對，所以用蛋白質吧，同樣的用老師屁屁踢裡的那個基因APOBEC3A來做。我們選擇blastp.因為我們是把蛋白質序列跟蛋白質序列作比較。
3）我就不說怎麼搜索蛋白質序列了，上一篇講過了。找出來輸進去
4）點擊BLAST,得到
往下拉就是比對的同源序列啦。。。
5）選30個就可以了。然後選擇多序列比較。
6）Mutiple alignment
啊？！！！黑人問號臉。。。以前可不是這樣。沒關係，我們先把序列保存成FASTA格式。
點擊Home。
把剛才存的文件放上去，再Align。
返回上方，點download。
選Clustal.然後保存彈出的文件。
畫樹的話，需要下載一個軟體：MEGA 可以下載。我用的是5.10版，也可在公眾號中回復MEGA得到下載方法
1）打開軟體
2）(截不了圖。。。憂桑)File→Convert file to Format to MEGA→選擇剛剛保存的文件。→點ok,這時候要保存文件，把*去掉。然後保存，關閉對話框。只有拍照了。依次是
這裡還有一個文件要保存。
文件名保存為第一次，y要去掉*哈
文件保存後，關閉對話框。
接下來是多序列比對了。挨著做就行了。
在彈出的框中，選擇第三個，Retrieve sequences from file，點OK。
這時候彈出文件選擇框，選擇「第一次」。
就出來了這個。
還是看照片把。截不了圖。
這時候在第一排選擇Alignment中的第一個，W，Align by ClustalW 出現下圖
接下來出現的對話框點ok
接下來是把序列剪整齊。。。
方法是選中不要的，參差不齊的框框，選擇上方的叉叉delete。
然後選擇Data ExportAlignment。FASATA format 保存如下
這個文件很重要，是用來建樹用的。
接下來就是建樹了。
然後出現了下面的界面
就可以啦。。。
過程很繁雜，結果很漂亮拉。。。
亂截得，但是看起來很高級嘛。就夠了。至於分析，自己去查文獻哈，也有很多。