生物信息學從入門到研究完全手冊

       半年前，我開始接觸生物信息學，但學了一段時間，總覺得懸在空中，紙上談兵。經過半年的摸趴滾打，我總算摸索出了一條比較適合學生物出身者的生物信息學的學習只路。（純屬個人觀點，還請大家指正）
第一階段：入門期。
       建議用書：《生物信息學-- 基因和蛋白質分析的實用指南》（下載：
http://www.bio-soft.net/ )  或 《生物信息學》（下載同上）

      該階段目標：弄清生物信息學的一些基本概念，研究內容等，並結合實例親手進行DNA序列的查找，BLAST，FASTA等分析。

第二階段：深入期

     建議用書：Beginning Perl for Bioinformatics、Mastering Perl For Bioinformatics、Oreilly BLAST（下載：http://www.dnathink.org）
         推薦網站：www.bioperl.org

       要真正的領會生物信息學的精髓，必須親自進行應用程式的編寫。目前用於生物信息學軟體開發程序語言有：perl   python  java 等，但perl最流行和較成熟。故筆者推薦PERL。
       該階段目標：掌握PERL語言，結合開放的源程序（如BLAST、BIOPERL   MODULE，特別是幾個經典的module）研究透幾個經典的算法：如Needleman-Wunsch、Smith-Waterman、Dynamic Programming等，並親自編寫、改進程序以適合己用。
       學習編程、算法可能對未接觸過它的生物學生是一個瓶頸，但只有翻過這座山，生物信息學的學習才能上一個檔次。(學習PERL語法，可結合Beginning Perl for Bioinformatics一書和中文教程http://www.webyy.com/xuexi/pc/perl5/
普通例子結合分子生物學例子，更有針對性）
       
   （附：windows環境下的PERL編譯器：ActivePerl  (下載：
http://aspn.activestate.com/ASPN/Downloads/ActivePerl/   )

第三階段：（本人尚處於第二階段，這是我的下一步計劃）
         針對自己的研究領域，選一個相應的生物信息學的發展方向。如本人目前從事PROTEOMICS研究，我打算針對PEPTIDE MASS FINGERPRINT 的資料庫搜索進行一些深入的學習和研究。並進一步的學習一些神經網絡、HMM等複雜算法，看能否應用他們編寫一些實用的程序.